More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1917 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1917  4-amino-4-deoxychorismate lyase  100 
 
 
271 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307364  unclonable  0.000000254306 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3797  4-amino-4-deoxychorismate lyase  97.42 
 
 
271 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.172255  normal  0.333642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1493  4-amino-4-deoxychorismate lyase  92.25 
 
 
271 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1528  4-amino-4-deoxychorismate lyase  84.87 
 
 
271 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1650  4-amino-4-deoxychorismate lyase  70.74 
 
 
271 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159709  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3829  4-amino-4-deoxychorismate lyase  69.63 
 
 
271 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0203451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4154  4-amino-4-deoxychorismate lyase  71.48 
 
 
271 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0929284  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1631  4-amino-4-deoxychorismate lyase  66.17 
 
 
271 aa  353  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14950  4-amino-4-deoxychorismate lyase  66.79 
 
 
271 aa  348  8e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2197  4-amino-4-deoxychorismate lyase  61.11 
 
 
271 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25710  4-amino-4-deoxychorismate lyase  61.48 
 
 
271 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0077515  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1662  aminotransferase, class IV  48.12 
 
 
273 aa  241  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101925  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1418  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  50 
 
 
285 aa  235  5.0000000000000005e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.711679 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1502  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  46.74 
 
 
271 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0156373  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1831  4-amino-4-deoxychorismate lyase  48.97 
 
 
270 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0004  aminotransferase, class IV  46.21 
 
 
288 aa  209  4e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000202983  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1998  4-amino-4-deoxychorismate lyase  42.8 
 
 
276 aa  198  9e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1604  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  44.32 
 
 
271 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0300662  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1545  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  42.08 
 
 
268 aa  169  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.185803  normal  0.071665 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02905  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.11 
 
 
271 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1577  aminotransferase, class IV  37.5 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2243  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35 
 
 
268 aa  162  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000604374  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002999  aminodeoxychorismate lyase  36.23 
 
 
271 aa  158  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0085011  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1909  4-amino-4-deoxychorismate lyase  40.08 
 
 
265 aa  156  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  decreased coverage  0.000000690882 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1274  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.55 
 
 
269 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.593552 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1764  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  35.14 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2615  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.23 
 
 
269 aa  155  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1890  aminodeoxychorismate lyase  35.06 
 
 
269 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0235041  normal  0.0459929 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2119  aminotransferase, class IV  35.07 
 
 
271 aa  153  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00194364  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2216  aminotransferase, class IV  34.32 
 
 
269 aa  152  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2454  aminotransferase class IV  35.06 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00581034  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1659  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  36.02 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0501758  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2461  aminotransferase, class IV  35.06 
 
 
269 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000415666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2574  aminodeoxychorismate lyase  35.06 
 
 
269 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.0405986 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1734  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  36.02 
 
 
269 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0256698  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2300  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.08 
 
 
268 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187606  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1980  aminodeoxychorismate lyase  33.72 
 
 
271 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0416035  hitchhiker  0.00481294 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2242  aminotransferase, class IV  33.08 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1297  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.25 
 
 
269 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0225014  hitchhiker  1.45704e-16 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1988  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.25 
 
 
269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000218178  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0432  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.6 
 
 
267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.217429  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2171  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.25 
 
 
269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.216662  decreased coverage  0.000000000000025967 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1475  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
269 aa  145  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000862113  hitchhiker  0.00000000000021335 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1092  aminotransferase, class IV  37.3 
 
 
278 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01092  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
269 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000953076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2505  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
269 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0018668  unclonable  0.0000000105414 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1312  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
269 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.0000000000000833328 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1218  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
269 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350688  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01100  hypothetical protein  34.87 
 
 
269 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000707213  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1217  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
269 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222751  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2053  aminotransferase, class IV  36.4 
 
 
294 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2228  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
269 aa  143  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000140571  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2031  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
269 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000010849  hitchhiker  0.00000935135 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2551  aminodeoxychorismate lyase  34.48 
 
 
269 aa  142  7e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1626  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.12 
 
 
267 aa  142  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2500  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
265 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00140105  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2650  aminotransferase, class IV  34.22 
 
 
271 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23684 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1590  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.54 
 
 
267 aa  136  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0229807  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1921  aminodeoxychorismate lyase  33.22 
 
 
300 aa  135  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2269  aminotransferase class IV  34.8 
 
 
275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.4966  normal  0.194503 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0716  aminotransferase, class IV  34.63 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0327665  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1911  4-amino-4-deoxychorismate lyase, putative  37.73 
 
 
277 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.129492  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1586  aminodeoxychorismate lyase  37.73 
 
 
277 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0753996 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1864  aminodeoxychorismate lyase  40.08 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.358986  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1255  aminodeoxychorismate lyase  37.39 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.489867  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1604  4-amino-4-deoxychorismate lyase  30.57 
 
 
277 aa  128  9.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120574  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2045  aminodeoxychorismate lyase  35.83 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3495  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.47 
 
 
268 aa  126  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000429214  hitchhiker  0.00824664 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1611  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.29 
 
 
271 aa  126  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1581  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.88 
 
 
268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000587393  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1689  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.47 
 
 
268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00992906  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2804  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.13 
 
 
265 aa  125  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00411818  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02332  4-amino-4-deoxychorismate lyase  29.96 
 
 
282 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1545  aminotransferase class IV  30.35 
 
 
298 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2675  branched-chain amino acid aminotransferase  28.57 
 
 
288 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2232  branched-chain amino acid aminotransferase  28.21 
 
 
295 aa  105  8e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1632  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  30.92 
 
 
289 aa  105  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.114958  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2794  D-amino-acid transaminase  32.17 
 
 
310 aa  104  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0461  aminotransferase class IV  32.86 
 
 
311 aa  105  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.893728 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1364  Aminodeoxychorismate lyase  30.28 
 
 
307 aa  103  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2109  branched chain amino acid: 2-keto-4-methylthiobutyrate aminotransferase  33.58 
 
 
277 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1920  aminodeoxychorismate lyase  34.33 
 
 
305 aa  102  9e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130955  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1735  branched-chain amino acid aminotransferase  29.12 
 
 
289 aa  100  2e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3544  branched-chain amino acid aminotransferase  30.35 
 
 
288 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.08959  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0760  aminotransferase, class IV  34.39 
 
 
296 aa  99.8  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00445325  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0664  branched-chain amino acid aminotransferase  26.33 
 
 
293 aa  99.4  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000154508  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0525  putative branched-chain amino acid aminotransferase  31.03 
 
 
281 aa  99.4  6e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2260  branched-chain amino acid aminotransferase  29.39 
 
 
292 aa  99.4  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.576365 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1654  branched-chain amino acid aminotransferase  31.03 
 
 
287 aa  99  7e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0141  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  29.49 
 
 
319 aa  98.2  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.186701  normal  0.0223264 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3367  Branched-chain-amino-acid transaminase  30.77 
 
 
291 aa  98.2  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0152  putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase  27.86 
 
 
336 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2788  aminotransferase class IV  31.25 
 
 
286 aa  96.7  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1218  aminotransferase class IV  29.23 
 
 
286 aa  95.5  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0853  branched-chain amino acid aminotransferase  25.74 
 
 
299 aa  95.9  7e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0066  4-amino-4-deoxychorismate lyase  28.91 
 
 
285 aa  95.5  7e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1364  branched-chain amino acid aminotransferase  28.35 
 
 
295 aa  95.5  8e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000849481  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0351  branched-chain amino acid aminotransferase  28.37 
 
 
293 aa  95.1  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.544925  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4189  aminotransferase class IV  32.47 
 
 
300 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2483  aminotransferase class IV  31.12 
 
 
292 aa  94  3e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.196107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>