18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1879 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1879  hypothetical protein  100 
 
 
504 aa  1028    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.363946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1488  hypothetical protein  37.69 
 
 
488 aa  297  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306938  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2035  hypothetical protein  36.67 
 
 
512 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.045706  normal  0.2483 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2226  hypothetical protein  33.12 
 
 
515 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0148711  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3826  hypothetical protein  31.2 
 
 
485 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1464  hypothetical protein  28.54 
 
 
487 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.196892  normal  0.619113 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1492  hypothetical protein  31.6 
 
 
617 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2007  hypothetical protein  26.84 
 
 
618 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1883  hypothetical protein  24.15 
 
 
635 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.393139  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2232  hypothetical protein  28.86 
 
 
607 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.603835  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2009  hypothetical protein  25.09 
 
 
539 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.401812  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3409  hypothetical protein  24.84 
 
 
609 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.252651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1490  hypothetical protein  25.4 
 
 
664 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3832  hypothetical protein  26.15 
 
 
602 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.595865 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3410  hypothetical protein  22.33 
 
 
877 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00835296  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3828  hypothetical protein  20.83 
 
 
669 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1881  hypothetical protein  21.94 
 
 
674 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.393635 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2041  hypothetical protein  27.8 
 
 
1430 aa  43.5  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.153705 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>