17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1754 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1754  hypothetical protein  100 
 
 		 386 aa  811    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3960  hypothetical protein  98.96 
 
 		 405 aa  803    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0698754  normal  0.0204382 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1017  protein of unknown function DUF1080  36.17 
 
 		 786 aa  231  1e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0838366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  34.2 
 
 		 675 aa  202  7e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3959  hypothetical protein  29.71 
 
 		 1066 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  26.48 
 
 		 739 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  26.22 
 
 		 739 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3946  hypothetical protein  30.33 
 
 		 555 aa  85.1  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01652  putative transmembrane protein  23.85 
 
 		 767 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.993678  normal  0.0258768 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  26.23 
 
 		 757 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0704  Fibronectin type III domain protein  25.46 
 
 		 718 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2760  hypothetical protein  23.93 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.120597 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2675  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  25.94 
 
 		 834 aa  57.8  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343316 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07279  GPI anchored protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G01300)  24.35 
 
 		 387 aa  50.8  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6601  LamG domain-containing protein  22.25 
 
 		 741 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.595168 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5754  LamG-like jellyroll fold  22.44 
 
 		 741 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6119  LamG domain-containing protein  22.44 
 
 		 741 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.153451 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>