More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1388 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  96.47 
 
 		 483 aa  874    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146647  normal  0.357206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1388  EmrB/QacA family drug resistance transporter  100 
 
 		 483 aa  939    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  91.72 
 
 		 483 aa  837    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.634124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4335  EmrB/QacA family drug resistance transporter  98.34 
 
 		 483 aa  923    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  69.86 
 
 		 505 aa  626  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4300  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  66.6 
 
 		 504 aa  591  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4004  EmrB/QacA family drug resistance transporter  65.99 
 
 		 498 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03040  putative MFS transporter  65.02 
 
 		 501 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.479989  hitchhiker  0.0000743098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0331  MFS family transporter  65.02 
 
 		 515 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4266  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  48.57 
 
 		 526 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.657921 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4154  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  48.57 
 
 		 526 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5244  major facilitator superfamily transporter  47.43 
 
 		 513 aa  412  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_003296  RS05301  integral membrane transmembrane protein  48.26 
 
 		 520 aa  393  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5086  major facilitator transporter  51.18 
 
 		 529 aa  363  4e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0190759  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.94 
 
 		 569 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05770  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.26 
 
 		 528 aa  295  2e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.148276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.58 
 
 		 522 aa  289  7e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2169  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.77 
 
 		 554 aa  288  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0017  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.67 
 
 		 528 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0241  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.59 
 
 		 523 aa  287  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.232516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1405  major facilitator transporter  38.87 
 
 		 519 aa  280  4e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.44 
 
 		 525 aa  278  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3291  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.67 
 
 		 666 aa  278  2e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.47407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2437  major facilitator transporter  34.39 
 
 		 494 aa  277  3e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.516021  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4672  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.67 
 
 		 593 aa  277  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349364  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1314  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  37.01 
 
 		 535 aa  275  9e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00952843  normal  0.308238 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.7 
 
 		 565 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2612  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.73 
 
 		 565 aa  274  3e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000331464  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1424  major facilitator family transporter  36.47 
 
 		 537 aa  273  6e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000410629  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3058  major facilitator superfamily permease  41.69 
 
 		 527 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0549474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0041  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.76 
 
 		 530 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.216862  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.65 
 
 		 539 aa  270  4e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.53 
 
 		 682 aa  270  5e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3496  MFS transporter  41.08 
 
 		 531 aa  269  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.21 
 
 		 682 aa  269  7e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.21 
 
 		 682 aa  269  7e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0043  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.75 
 
 		 504 aa  269  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.258133  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0574  multidrug resistance protein B; sugar (and other) transporter  34.15 
 
 		 537 aa  268  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0573  multidrug-efflux transporter  34.15 
 
 		 537 aa  268  1e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0295676  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0720  putative multidrug resistance protein  34.15 
 
 		 537 aa  268  1e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.55065e-20 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1152  major facilitator transporter  40.7 
 
 		 516 aa  268  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0257451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.94 
 
 		 685 aa  269  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0731  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.15 
 
 		 537 aa  268  2e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0792  putative multidrug resistance protein  34.08 
 
 		 537 aa  268  2e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000149033  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0630  multidrug-efflux transporter  34.08 
 
 		 476 aa  268  2e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0118993  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.39 
 
 		 697 aa  268  2e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3945  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.8 
 
 		 528 aa  267  2.9999999999999995e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00181565  hitchhiker  0.00620132 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0763  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.94 
 
 		 641 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.28 
 
 		 504 aa  267  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0695  putative multidrug resistance protein  33.93 
 
 		 537 aa  267  4e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0299481  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0237  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.69 
 
 		 621 aa  266  5e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0558  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.8 
 
 		 538 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000222683  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3321  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.06 
 
 		 650 aa  265  1e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.157992  normal  0.0742968 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4643  putative multidrug resistance protein  33.78 
 
 		 537 aa  265  1e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119486  unclonable  1.5256899999999999e-25 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4090  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.59 
 
 		 523 aa  265  1e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.588022  normal  0.0353646 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2703  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.74 
 
 		 511 aa  265  2e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445725  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4051  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.15 
 
 		 513 aa  263  4e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000130909  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4122  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  34.15 
 
 		 513 aa  263  4e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000107671  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2339  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.29 
 
 		 918 aa  263  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00297311  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.72 
 
 		 685 aa  263  6e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1134  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  33.91 
 
 		 513 aa  262  8e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000214385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4105  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  33.91 
 
 		 513 aa  262  8e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00176585  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3910  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.91 
 
 		 513 aa  262  1e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000020213  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3758  multidrug-efflux transporter  33.91 
 
 		 513 aa  261  1e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000783495  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4018  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  33.91 
 
 		 513 aa  261  1e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4216  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.91 
 
 		 513 aa  262  1e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000209346  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3742  multidrug-efflux transporter  33.91 
 
 		 513 aa  261  2e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000625397  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.04 
 
 		 535 aa  261  2e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1958  major facilitator transporter  41.01 
 
 		 530 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0740  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.65 
 
 		 615 aa  260  4e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000446229  decreased coverage  0.00171071 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0326  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.45 
 
 		 539 aa  260  4e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2086  major facilitator superfamily MFS_1  40.28 
 
 		 547 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.389714  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0577  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.33 
 
 		 537 aa  259  6e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4024  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.64 
 
 		 509 aa  259  9e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179138  normal  0.623334 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3298  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.05 
 
 		 538 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3147  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.82 
 
 		 541 aa  259  1e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3829  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.25 
 
 		 513 aa  258  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000236934  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.67 
 
 		 680 aa  258  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5139  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.14 
 
 		 519 aa  257  3e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.306727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4024  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.64 
 
 		 562 aa  257  4e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.736768  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4163  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.08 
 
 		 676 aa  256  6e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1299  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.6 
 
 		 504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0279  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.6 
 
 		 504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2584  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.35 
 
 		 504 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0306  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.54 
 
 		 555 aa  255  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3285  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.85 
 
 		 501 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.791434 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1356  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.6 
 
 		 504 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.991135  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1016  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.35 
 
 		 504 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80336  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0550  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.35 
 
 		 504 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.976745  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2533  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.35 
 
 		 519 aa  253  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.58 
 
 		 509 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1258  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.02 
 
 		 485 aa  253  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.58 
 
 		 509 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1036  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.64 
 
 		 672 aa  253  7e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4512  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.58 
 
 		 504 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.83 
 
 		 504 aa  252  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1278  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.35 
 
 		 504 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4056  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.32 
 
 		 509 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.010273  normal  0.647251 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0717  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.16 
 
 		 558 aa  249  6e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.770491 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3372  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.82 
 
 		 476 aa  249  6e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000356155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>