More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1087 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1087  OmpA family outer membrane protein  100 
 
 
317 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1128  OmpA/MotB domain-containing protein  99.04 
 
 
313 aa  631  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4325  OmpA/MotB domain-containing protein  88.75 
 
 
308 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1116  OmpA/MotB domain-containing protein  86.89 
 
 
324 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3893  OmpA/MotB  69.8 
 
 
300 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.369181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4518  OmpA/MotB  69.8 
 
 
302 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4156  sodium-type flagellar protein MotY, putative  70.69 
 
 
301 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.37097  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1393  OmpA/MotB domain-containing protein  64.08 
 
 
315 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.567288 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18720  OmpA family membrane protein  63.18 
 
 
321 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.746177  normal  0.130207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1621  outer membrane protein  63.54 
 
 
321 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0517761  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1532  OmpA/MotB domain-containing protein  37.69 
 
 
296 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.975631  normal  0.253081 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2504  OmpA/MotB domain-containing protein  35.4 
 
 
309 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2427  putative outer membrane protein  31.36 
 
 
322 aa  160  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3034  hypothetical protein  30.88 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2892  hypothetical protein  30.18 
 
 
294 aa  125  9e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0080  hypothetical protein  28.62 
 
 
304 aa  123  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.580583  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02741  sodium-type flagellar protein MotY  27.59 
 
 
290 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1863  sodium-type flagellar protein MotY precursor  28.32 
 
 
292 aa  119  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0086  OmpA/MotB domain-containing protein  28.33 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1400  OmpA/MotB  28.62 
 
 
287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000117865  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3471  sodium-type flagellar protein MotY  26.99 
 
 
291 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0529  sodium-type flagellar protein MotY  30.04 
 
 
294 aa  116  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000708227  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1521  OmpA/MotB domain-containing protein  28.11 
 
 
286 aa  113  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.227378  normal  0.710419 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2544  OmpA/MotB domain protein  26.64 
 
 
289 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000320218  hitchhiker  0.000000131905 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1736  OmpA/MotB domain-containing protein  26.64 
 
 
289 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000267219  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1779  OmpA/MotB domain-containing protein  26.64 
 
 
289 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000149804  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2092  OmpA/MotB  28.29 
 
 
289 aa  112  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000014464  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1740  OmpA/MotB domain-containing protein  26.64 
 
 
289 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000240538  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002940  sodium-type flagellar protein MotY precursor  29.37 
 
 
293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000866037  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2738  OmpA/MotB domain-containing protein  26.89 
 
 
289 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00376202  hitchhiker  0.000469935 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04970  hypothetical protein  29.32 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1457  OmpA/MotB domain-containing protein  26.5 
 
 
289 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.298949  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2539  OmpA/MotB domain-containing protein  25.95 
 
 
290 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000053368  normal  0.84389 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02990  hypothetical protein  28.97 
 
 
293 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001183  putative sodium-type flagellar protein MotY precursor  25.34 
 
 
339 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1851  OmpA/MotB domain-containing protein  27.78 
 
 
297 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000146772  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1601  OmpA/MotB domain-containing protein  25.35 
 
 
289 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000019607  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2374  OmpA/MotB domain-containing protein  25.86 
 
 
290 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000819929  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1398  OmpA/MotB  26.5 
 
 
289 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000824208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2570  OmpA/MotB domain-containing protein  25.36 
 
 
289 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000124837  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2446  OmpA/MotB domain-containing protein  25.61 
 
 
290 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000191416  normal  0.274146 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3567  OmpA/MotB domain-containing protein  26.86 
 
 
295 aa  94  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2453  sodium-type flagellar protein MotY, putative  27.6 
 
 
280 aa  90.5  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.230815  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5108  OmpA/MotB domain-containing protein  43.27 
 
 
224 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.889998  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0644  OmpA/MotB domain protein  38 
 
 
306 aa  75.9  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.927259  normal  0.0953573 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4576  OmpA/MotB domain-containing protein  42.31 
 
 
224 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7373  OmpA/MotB family outer membrane protein  42.27 
 
 
220 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0351523  normal  0.436422 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1819  outer membrane protein A  38.1 
 
 
367 aa  72  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00533384  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6475  OmpA/MotB domain-containing protein  40.38 
 
 
220 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539086  normal  0.133518 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1570  OmpA/MotB domain-containing protein  34.95 
 
 
498 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583575 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0282  OmpA/MotB domain protein  39.22 
 
 
230 aa  71.6  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000802819  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5618  OmpA/MotB  40.38 
 
 
220 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.271834  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5982  OmpA/MotB domain-containing protein  40.38 
 
 
220 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.078439  hitchhiker  0.000830094 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0087  OmpA/MotB domain protein  35 
 
 
638 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3735  outer membrane protein  36.21 
 
 
670 aa  70.1  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3476  OmpA/MotB domain-containing protein  40.38 
 
 
220 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.92305  normal  0.488327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1221  OmpA/MotB  36.73 
 
 
240 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000499  outer membrane protein A precursor  34.75 
 
 
330 aa  69.3  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000000410155  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6364  OmpA/MotB domain-containing protein  36.46 
 
 
231 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.1144  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5931  OmpA/MotB domain-containing protein  38.46 
 
 
220 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.639892 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3804  OmpA/MotB domain protein  34.58 
 
 
543 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6202  OmpA/MotB domain-containing protein  38.46 
 
 
239 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0965154  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4921  OmpA/MotB domain protein  44.58 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.730269  normal  0.0282337 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  38 
 
 
321 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1819  OmpA domain-containing protein  34.43 
 
 
179 aa  67.8  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.246391  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3635  OmpA family domain-containing protein  45.78 
 
 
310 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.837065  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2554  OmpA/MotB domain protein  35.96 
 
 
221 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.900658 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1196  OmpA/MotB domain-containing protein  33.33 
 
 
459 aa  67.8  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2813  OmpA/MotB domain protein  35.96 
 
 
221 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2828  OmpA domain-containing protein  45.78 
 
 
310 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1715  ompA family protein  45.78 
 
 
310 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.706939  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0753  OmpA domain-containing protein  33.94 
 
 
464 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.767935 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3149  ompA family protein  45.78 
 
 
310 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2956  OmpA domain-containing protein  39 
 
 
311 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3888  OmpA/MotB domain protein  34.58 
 
 
544 aa  67.8  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.457406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0052  ompA family protein  45.78 
 
 
310 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757478  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4338  hypothetical protein  38.38 
 
 
210 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288471  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04793  OmpA family protein  47.89 
 
 
241 aa  67  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3627  ompA family protein  45.78 
 
 
310 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.574456  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3652  ompA family protein  45.78 
 
 
310 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0672699  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50880  hypothetical protein  38.38 
 
 
210 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000407187 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1932  outer membrane protein  32.43 
 
 
424 aa  67  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.259358 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1122  OmpA/MotB domain protein  37.14 
 
 
264 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0205488  hitchhiker  0.00000560377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3649  OmpA/MotB domain-containing protein  45.21 
 
 
218 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3747  OmpA/MotB family outer membrane protein  33.64 
 
 
542 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.598443  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0553  OmpA/MotB domain-containing protein  37.25 
 
 
224 aa  66.6  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2795  outer membrane protein  37.78 
 
 
266 aa  66.2  0.0000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0634  OmpA/MotB domain protein  33.1 
 
 
271 aa  66.2  0.0000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0267799  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1121  OmpA/MotB domain protein  36.45 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.372182  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1157  OmpA/MotB domain-containing protein  36.45 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4687  hypothetical protein  40.48 
 
 
237 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.427745  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0823  OmpA/MotB  37.5 
 
 
248 aa  65.9  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0815  putative lipoprotein  34.62 
 
 
223 aa  65.9  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4294  OmpA/MotB domain-containing protein  37.14 
 
 
239 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2769  OmpA/MotB domain protein  39.08 
 
 
215 aa  65.9  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1158  OmpA/MotB domain-containing protein  37.14 
 
 
239 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.112434  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1164  ompA family protein  42.47 
 
 
229 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.867796  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3975  OmpA/MotB domain protein  41.03 
 
 
1026 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0116692  normal  0.107099 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4295  OmpA/MotB domain-containing protein  35.51 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331314  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1787  OmpA/MotB domain-containing protein  40.78 
 
 
569 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>