More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1080 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008740  Maqu_0643  formate dehydrogenase  48.48 
 
 		 764 aa  682    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1080  molydopterin dinucleotide-binding region  100 
 
 		 702 aa  1436    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.753131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1074  molybdopterin oxidoreductase  47.51 
 
 		 717 aa  670    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4332  molydopterin dinucleotide-binding region  95.73 
 
 		 702 aa  1355    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4162  oxidoreductase, molybdopterin-binding protein  77.95 
 
 		 732 aa  1118    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3899  molybdopterin oxidoreductase:molydopterin dinucleotide-binding region  78.74 
 
 		 702 aa  1130    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.945677 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1121  molydopterin dinucleotide-binding region  99.29 
 
 		 702 aa  1428    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.103516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4525  molybdopterin oxidoreductase  76.92 
 
 		 701 aa  1109    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840542 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2405  molydopterin dinucleotide-binding region  46.45 
 
 		 1299 aa  672    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.598133  hitchhiker  0.00155962 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1109  molydopterin dinucleotide-binding region  88.03 
 
 		 702 aa  1281    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3340  molydopterin dinucleotide-binding region  78.63 
 
 		 702 aa  1128    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.203215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03498  Anaerobic dehydrogenase  46.57 
 
 		 729 aa  669    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0167  molydopterin dinucleotide-binding region  49.65 
 
 		 741 aa  707    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2236  formate dehydrogenase  45.76 
 
 		 726 aa  663    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2059  molybdopterin oxidoreductase  47.03 
 
 		 704 aa  647    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18640  putative oxidoreductase  76.78 
 
 		 702 aa  1102    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0882727 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2925  molydopterin dinucleotide-binding region  52.84 
 
 		 691 aa  737    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0793208  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1613  putative oxidoreductase  76.21 
 
 		 702 aa  1096    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2776  molydopterin dinucleotide-binding region  48.86 
 
 		 687 aa  632  1e-180  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6518  molybdopterin dinucleotide-binding region  46.98 
 
 		 773 aa  623  1e-177  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2947  molydopterin dinucleotide-binding region  47.62 
 
 		 731 aa  612  9.999999999999999e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.975721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1497  molydopterin dinucleotide-binding region  44.08 
 
 		 713 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2565  molybdopterin oxidoreductase  46.12 
 
 		 747 aa  593  1e-168  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0260966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3848  molybdopterin oxidoreductase  46.44 
 
 		 738 aa  592  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0816  molybdopterin dinucleotide-binding region  45.07 
 
 		 732 aa  585  1e-166  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0515  molybdopterin dinucleotide-binding region  45.58 
 
 		 721 aa  576  1.0000000000000001e-163  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4810  molybdopterin dinucleotide-binding region  44.32 
 
 		 739 aa  568  1e-160  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5376  molydopterin dinucleotide-binding region  43.77 
 
 		 739 aa  540  9.999999999999999e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1413  molydopterin dinucleotide-binding region  43.03 
 
 		 739 aa  517  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.395603  normal  0.324246 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1721  molydopterin dinucleotide-binding region  39.63 
 
 		 753 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.54844  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3610  molybdopterin dinucleotide-binding region  39.39 
 
 		 733 aa  478  1e-133  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.992314  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4457  molydopterin dinucleotide-binding region  39.95 
 
 		 757 aa  467  9.999999999999999e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2187  molybdopterin oxidoreductase  37.41 
 
 		 725 aa  410  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000199348  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2055  formate dehydrogenase  37.13 
 
 		 733 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1990  molybdopterin oxidoreductase  36.77 
 
 		 743 aa  405  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2009  formate dehydrogenase  37.02 
 
 		 715 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4342  molydopterin dinucleotide-binding region  34.55 
 
 		 727 aa  390  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.303774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2003  molybdopterin oxidoreductase  34.95 
 
 		 726 aa  380  1e-104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.447732 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5802  molybdopterin oxidoreductase  44.97 
 
 		 768 aa  379  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.203441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3942  formate dehydrogenase  33.65 
 
 		 721 aa  349  9e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4016  formate dehydrogenase  33.65 
 
 		 721 aa  349  9e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3956  formate dehydrogenase  33.65 
 
 		 721 aa  347  6e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0923262  decreased coverage  0.00564803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2249  formate dehydrogenase  32.1 
 
 		 720 aa  326  1e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.404887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4442  molydopterin dinucleotide-binding region  32.29 
 
 		 720 aa  323  8e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.510451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1778  molydopterin dinucleotide-binding region  27.12 
 
 		 738 aa  208  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0588  molybdopterin oxidoreductase  25.32 
 
 		 671 aa  202  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4198  formate dehydrogenase  30.03 
 
 		 679 aa  194  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.216188 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0313  molybdopterin oxidoreductase  27.35 
 
 		 698 aa  190  7e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.16634  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1621  nitrate reductase  26.94 
 
 		 746 aa  186  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.161606  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29050  putative molybdopterin oxidoreductase  30.12 
 
 		 769 aa  183  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000388245 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1975  molybdopterin oxidoreductase family protein  27.93 
 
 		 769 aa  180  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595995  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2997  molybdopterin dinucleotide-binding region  32.44 
 
 		 757 aa  180  8e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.312767 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10199  oxidoreductase  28.57 
 
 		 749 aa  180  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.29998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3288  formate dehydrogenase  29.39 
 
 		 753 aa  177  9e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.138891  normal  0.334154 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2551  molybdopterin oxidoreductase  28.63 
 
 		 777 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.163664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3201  molybdopterin oxidoreductase family protein  28.63 
 
 		 777 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.938387  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1387  molybdopterin oxidoreductase family protein  28.63 
 
 		 804 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.397965  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2114  molybdopterin oxidoreductase family protein  28.63 
 
 		 804 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2497  molybdopterin oxidoreductase  28.63 
 
 		 804 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512402  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1612  molybdopterin oxidoreductase family protein  28.63 
 
 		 773 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.915489  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2639  molybdopterin oxidoreductase family protein  28.63 
 
 		 849 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0913  formate dehydrogenase, alpha subunit  27.44 
 
 		 668 aa  173  9e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2701  anaerobic dehydrogenase, acetylene hydratase-like  24.21 
 
 		 692 aa  169  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00185864  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3010  formate dehydrogenase  29.14 
 
 		 754 aa  169  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189553  normal  0.616096 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  24.57 
 
 		 917 aa  165  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1003  molybdopterin oxidoreductase  27 
 
 		 700 aa  164  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2721  formate dehydrogenase  28.51 
 
 		 752 aa  164  6e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.94379  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2765  formate dehydrogenase  28.51 
 
 		 752 aa  164  6e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0814  assimilatory nitrate reductase (NADH) alpha subunit apoprotein  25.9 
 
 		 907 aa  163  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000793211  hitchhiker  0.00060648 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1166  formate dehydrogenase  28.79 
 
 		 750 aa  163  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2751  formate dehydrogenase  28.31 
 
 		 752 aa  163  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.215233  normal  0.0781523 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1073  molydopterin dinucleotide-binding region  26.9 
 
 		 835 aa  163  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  26.01 
 
 		 745 aa  162  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1350  molybdopterin oxidoreductase  25.64 
 
 		 711 aa  161  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000109078  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  25.57 
 
 		 948 aa  161  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2648  molybdopterin oxidoreductase  29.05 
 
 		 747 aa  160  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.104156  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  25.5 
 
 		 948 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3527  assimilatory nitrate reductase  28.28 
 
 		 906 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.217829  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  23.82 
 
 		 688 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0126  formate dehydrogenase  23.4 
 
 		 685 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0633  molybdopterin oxidoreductase  26.72 
 
 		 759 aa  157  7e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0644016 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.7 
 
 		 927 aa  157  8e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2559  molybdopterin oxidoreductase  26.42 
 
 		 958 aa  156  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  25.4 
 
 		 948 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  23.19 
 
 		 687 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  24.1 
 
 		 957 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41560  assimilatory nitrate reductase  27.51 
 
 		 908 aa  155  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2676  molybdopterin oxidoreductase  26.32 
 
 		 715 aa  154  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23350  assimilatory nitrate reductase, NasB  27.34 
 
 		 901 aa  154  5.9999999999999996e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1443  molybdopterin oxidoreductase  26.11 
 
 		 729 aa  154  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2208  molybdopterin oxidoreductase  23.77 
 
 		 726 aa  154  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.881316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  24.57 
 
 		 982 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  25.8 
 
 		 948 aa  153  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1932  molybdopterin oxidoreductase  24.75 
 
 		 726 aa  153  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.496239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  26.73 
 
 		 886 aa  153  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  25.76 
 
 		 960 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4642  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.98 
 
 		 886 aa  152  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0800652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2539  formate dehydrogenase, alpha subunit  25.39 
 
 		 766 aa  152  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3566  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.98 
 
 		 886 aa  152  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0757584 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  25.51 
 
 		 904 aa  152  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>