115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1001 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1001  arginine deiminase  100 
 
 
417 aa  863    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1145  arginine deiminase  76.32 
 
 
418 aa  687    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2684  arginine deiminase  77.27 
 
 
418 aa  689    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2128  arginine deiminase  76.32 
 
 
418 aa  687    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.853233  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4386  arginine deiminase  81.58 
 
 
418 aa  714    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.252294  normal  0.182376 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2384  arginine deiminase  76.32 
 
 
418 aa  686    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.427105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68330  arginine deiminase  84.45 
 
 
418 aa  760    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0305167  normal  0.140954 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1585  arginine deiminase  76.08 
 
 
425 aa  686    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593064  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0244  arginine deiminase  76.32 
 
 
418 aa  687    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.177329  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1968  arginine deiminase  76.32 
 
 
425 aa  688    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1987  arginine deiminase  76.32 
 
 
425 aa  688    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223306  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0915  arginine deiminase  76.32 
 
 
425 aa  688    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.199485  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1108  arginine deiminase  77.29 
 
 
416 aa  688    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1038  arginine deiminase  99.04 
 
 
417 aa  856    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5911  arginine deiminase  84.45 
 
 
418 aa  761    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1000  arginine deiminase  98.33 
 
 
419 aa  831    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4223  arginine deiminase  97.36 
 
 
417 aa  825    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4537  arginine deiminase  72.01 
 
 
418 aa  657    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.130916  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1090  arginine deiminase  77.99 
 
 
419 aa  699    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.787817 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6443  arginine deiminase  73.92 
 
 
417 aa  654    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.120406  normal  0.422069 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2424  arginine deiminase  64.44 
 
 
431 aa  546  1e-154  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1391  arginine deiminase  63.68 
 
 
417 aa  536  1e-151  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00832109  normal  0.639371 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5202  arginine deiminase  60.93 
 
 
409 aa  531  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1975  arginine deiminase  59.13 
 
 
413 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4646  arginine deiminase  60.39 
 
 
408 aa  508  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2241  arginine deiminase  58.92 
 
 
408 aa  494  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.420551  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1877  arginine deiminase  60.24 
 
 
405 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0146  Arginine deiminase  57.28 
 
 
418 aa  493  9.999999999999999e-139  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.152156  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5575  arginine deiminase  59.41 
 
 
405 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2175  arginine deiminase  56.86 
 
 
407 aa  480  1e-134  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0432  arginine deiminase  54.48 
 
 
409 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.277961  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0746  arginine deiminase  55.15 
 
 
407 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0880775 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03644  arginine deiminase  45.87 
 
 
406 aa  368  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002421  arginine deiminase  44.9 
 
 
406 aa  361  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5730  Arginine deiminase  45.63 
 
 
434 aa  357  1.9999999999999998e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0452  arginine deiminase  46.6 
 
 
406 aa  351  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0154087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4751  arginine deiminase  45.87 
 
 
406 aa  350  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4869  arginine deiminase  45.63 
 
 
406 aa  349  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.99557  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4850  arginine deiminase  45.63 
 
 
406 aa  349  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4721  arginine deiminase  45.39 
 
 
406 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.160752 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4814  arginine deiminase  45.39 
 
 
406 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.514213  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3978  Arginine deiminase  44.6 
 
 
419 aa  341  2e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103807  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2842  arginine deiminase  45.7 
 
 
407 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0521  arginine deiminase  42.09 
 
 
406 aa  334  2e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1993  arginine deiminase  42.23 
 
 
409 aa  317  3e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2800  Arginine deiminase  41.83 
 
 
414 aa  316  6e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551978  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0096  Arginine deiminase  40 
 
 
397 aa  300  4e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0083  arginine deiminase  40.44 
 
 
415 aa  295  8e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06020  arginine deiminase  41.2 
 
 
409 aa  290  3e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0245  Arginine deiminase  37.71 
 
 
407 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00980  arginine deiminase  37.9 
 
 
418 aa  284  2.0000000000000002e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4517  arginine deiminase  37.96 
 
 
419 aa  280  4e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5027  arginine deiminase  38.24 
 
 
436 aa  279  7e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0721497 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4276  arginine deiminase  39.22 
 
 
399 aa  278  9e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4362  arginine deiminase  39.22 
 
 
399 aa  278  9e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0268184 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4655  arginine deiminase  39.22 
 
 
399 aa  278  9e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1923  arginine deiminase  38.44 
 
 
402 aa  274  3e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.849208  normal  0.654311 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6447  Arginine deiminase  37.2 
 
 
401 aa  272  7e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.762737  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1483  arginine deiminase  37.47 
 
 
417 aa  271  2e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00921996  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11020  arginine deiminase  37.07 
 
 
402 aa  265  1e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00481648  normal  0.252626 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4810  arginine deiminase  38.69 
 
 
402 aa  263  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0348  arginine deiminase  36.52 
 
 
410 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0058  arginine deiminase  35.61 
 
 
407 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0420  arginine deiminase  35.97 
 
 
410 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4898  arginine deiminase  35.97 
 
 
410 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0472  arginine deiminase  35.97 
 
 
410 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.861863  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12360  arginine deiminase  38.54 
 
 
410 aa  253  6e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.440764  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0341  arginine deiminase  35.49 
 
 
410 aa  251  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0407  arginine deiminase  35.49 
 
 
410 aa  251  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.751468 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0166  arginine deiminase  34.61 
 
 
407 aa  249  7e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1118  arginine deiminase  34.12 
 
 
414 aa  246  4.9999999999999997e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00592031  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3384  amidinotransferase  35.48 
 
 
410 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0089  arginine deiminase  35.56 
 
 
403 aa  239  1e-61  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2659  arginine deiminase  35.42 
 
 
411 aa  237  3e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2715  arginine deiminase  35.42 
 
 
411 aa  237  3e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0445  arginine deiminase  33.09 
 
 
410 aa  234  3e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000529267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0483  arginine deiminase  32.44 
 
 
408 aa  234  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000467571  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06650  arginine deiminase  32.61 
 
 
410 aa  232  1e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000122198  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0871  arginine deiminase  32.69 
 
 
410 aa  229  8e-59  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0203728  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2250  arginine deiminase  33.73 
 
 
411 aa  226  7e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0451  arginine deiminase  33.09 
 
 
410 aa  225  9e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0131772  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1457  arginine deiminase  31.78 
 
 
410 aa  223  4.9999999999999996e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00237571  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0258  Arginine deiminase  34.38 
 
 
401 aa  221  3e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01620  arginine deiminase  31.97 
 
 
407 aa  218  1e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000811385 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1949  arginine deiminase  31.25 
 
 
405 aa  218  1e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000474348  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0181  Arginine deiminase  34.3 
 
 
405 aa  217  2.9999999999999998e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0902  arginine deiminase  31.54 
 
 
406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06540  arginine deiminase  31.73 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00222308  normal  0.406316 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2163  arginine deiminase  32.28 
 
 
410 aa  216  5e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22360  arginine deiminase  31.97 
 
 
406 aa  216  8e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0153  arginine deiminase  30.05 
 
 
405 aa  209  7e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0161  arginine deiminase  31.01 
 
 
413 aa  201  3e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02360  arginine deiminase  32.3 
 
 
417 aa  200  3e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0263165  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0157  arginine deiminase  30.77 
 
 
413 aa  199  6e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf873  arginine deiminase  30.79 
 
 
409 aa  188  1e-46  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2490  Arginine deiminase  29.93 
 
 
420 aa  177  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07960  arginine deiminase  30.98 
 
 
403 aa  176  9e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000386602 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0192  Arginine deiminase  27.72 
 
 
501 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.172531  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0565  Arginine deiminase  29 
 
 
453 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5777  Arginine deiminase  27.12 
 
 
488 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>