More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0887 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0887  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 450 aa  909    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  96.89 
 
 		 418 aa  775    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0926  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  99.76 
 
 		 418 aa  839    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0820  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  81.1 
 
 		 420 aa  654    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.197209  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0930  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  99.52 
 
 		 418 aa  835    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4554  sensor histidine kinase  78.71 
 
 		 419 aa  623  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4231  sensor histidine kinase  78.23 
 
 		 419 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12550  periplasmic sensory histidine protein kinase  70.73 
 
 		 414 aa  566  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.418352  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0847  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  72.84 
 
 		 417 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58320  putative two-component sensor  70.24 
 
 		 422 aa  521  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5108  putative two-component sensor  70 
 
 		 422 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.655893  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1827  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  44.36 
 
 		 423 aa  332  1e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000139866  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0008  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.59 
 
 		 421 aa  289  8e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2735  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 		 424 aa  261  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.503254  hitchhiker  0.00000000176943 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3136  sensor histidine kinase  34.66 
 
 		 417 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0506729  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1642  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 		 479 aa  256  6e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2689  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.67 
 
 		 419 aa  249  6e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1586  sensor histidine kinase  39.75 
 
 		 419 aa  245  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144463  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2977  sensor histidine kinase  33.03 
 
 		 449 aa  231  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2201  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 		 430 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0136  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 		 459 aa  199  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3712  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 		 448 aa  195  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0173  sensor histidine kinase  35.22 
 
 		 451 aa  194  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00702706  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0039  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  34.7 
 
 		 448 aa  192  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3389  histidine kinase  33.67 
 
 		 448 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0383  sensor kinase protein  34.53 
 
 		 426 aa  190  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326302  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0162  sensor histidine kinase  34.29 
 
 		 426 aa  190  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2176  sensor histidine kinase  34.29 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2913  sensor histidine kinase  34.29 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340179  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0198  sensor histidine kinase  34.29 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3251  sensor histidine kinase  34.29 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110241  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0188  sensor histidine kinase  34.29 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3435  sensor histidine kinase  34.29 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0300  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 		 423 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2480  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 		 476 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00569401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3094  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 		 476 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0688371  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3111  histidine kinase  35.84 
 
 		 476 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344952 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2270  histidine kinase  30.73 
 
 		 447 aa  183  6e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3141  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 		 468 aa  183  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3090  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 		 467 aa  182  7e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6445  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 		 472 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3003  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 468 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 		 434 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.541426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4051  histidine kinase  30.22 
 
 		 465 aa  180  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.510066  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2780  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 		 446 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.892917 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.24 
 
 		 436 aa  177  3e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0719781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3894  histidine kinase  30.45 
 
 		 442 aa  177  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.927411 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0340  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.49 
 
 		 436 aa  176  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2881  putative two-component sensor  30.14 
 
 		 436 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0738997  hitchhiker  0.00159828 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4383  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 		 436 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5544  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.5 
 
 		 420 aa  170  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2035  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regB  28.23 
 
 		 450 aa  170  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1739  two-component sensor histidine kinase  29.05 
 
 		 443 aa  168  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3343  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 		 415 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.112978 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0665  histidine kinase  34.3 
 
 		 442 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2218  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.298182 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4818  sensor histidine kinase  30.89 
 
 		 422 aa  163  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.904783  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2206  histidine kinase  31.68 
 
 		 429 aa  163  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.979834  normal  0.192236 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1606  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 		 457 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0150845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0237  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 		 437 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.349779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2344  histidine kinase  32.59 
 
 		 452 aa  156  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.349621  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0589  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 		 422 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 		 408 aa  154  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3187  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 423 aa  147  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0600  ATP-binding region, ATPase-like  28.75 
 
 		 449 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4318  histidine kinase  30 
 
 		 442 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0183324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0017  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 		 468 aa  145  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00494358 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3324  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 		 448 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.755695  normal  0.0681596 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0305  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 444 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354787  normal  0.0755864 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0322  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 		 444 aa  145  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0381069 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 		 436 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 		 442 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4062  histidine kinase  30.82 
 
 		 433 aa  143  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081892  normal  0.353238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2957  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 		 462 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0602735 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0601  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.62 
 
 		 462 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4889  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 		 461 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289635  decreased coverage  0.00139676 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1835  histidine kinase  29.31 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.426972  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4173  sensor histidine kinase  31.37 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 		 452 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0463  histidine kinase  31.23 
 
 		 436 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1520  sensor histidine kinase PrrB (RegB)  27.6 
 
 		 462 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.467191  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0172  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.6 
 
 		 462 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100518  normal  0.877828 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4070  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 416 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2864  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 		 441 aa  137  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0537405  normal  0.483733 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0453  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.96 
 
 		 436 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1843  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87984  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0133  sensor histidine kinase  27.75 
 
 		 430 aa  137  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 		 436 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0425  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 429 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4364  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 		 463 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2840  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.44 
 
 		 465 aa  134  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.916749 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00798  two-component system sensor protein  32.18 
 
 		 408 aa  134  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.170926  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0128  sensor histidine kinase  27.51 
 
 		 430 aa  134  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00320906  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 430 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0552  histidine kinase  30.4 
 
 		 440 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3708  ATPase domain-containing protein  32.32 
 
 		 429 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3530  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 		 429 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0595  ATPase domain-containing protein  30.51 
 
 		 464 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.90149  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0606  histidine kinase  30.51 
 
 		 464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0907998  normal  0.131642 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>