More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0712 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0712  hypothetical protein  100 
 
 
271 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0746  hypothetical protein  99.26 
 
 
271 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430861  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0750  hypothetical protein  92.65 
 
 
272 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4471  hypothetical protein  85.66 
 
 
272 aa  480  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2051  hypothetical protein  75.39 
 
 
273 aa  409  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.699312  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2647  hypothetical protein  74.81 
 
 
274 aa  410  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1377  hypothetical protein  72.37 
 
 
274 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1170  protein of unknown function DUF344  66.54 
 
 
278 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0866985 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4193  hypothetical protein  70.82 
 
 
278 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2307  hypothetical protein  68.22 
 
 
276 aa  367  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.127828 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1707  hypothetical protein  68.99 
 
 
272 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00527204  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5508  hypothetical protein  67.7 
 
 
283 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.980211 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3502  hypothetical protein  65.13 
 
 
273 aa  362  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4120  protein of unknown function DUF344  63.42 
 
 
277 aa  345  3e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.794478  hitchhiker  0.00182923 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0146  hypothetical protein  64.56 
 
 
288 aa  318  5e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.805007 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4075  hypothetical protein  59.53 
 
 
271 aa  318  7e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4100  protein of unknown function DUF344  59.69 
 
 
280 aa  315  5e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1297  protein of unknown function DUF344  57.51 
 
 
280 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1138  hypothetical protein  57.51 
 
 
280 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01037  hypothetical protein  60.41 
 
 
256 aa  311  5.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1564  hypothetical protein  56.65 
 
 
279 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6914  protein of unknown function DUF344  57.98 
 
 
280 aa  306  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2173  hypothetical protein  55.34 
 
 
270 aa  305  6e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0631344  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0877  hypothetical protein  57.14 
 
 
277 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.114616  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0262  hypothetical protein  57.2 
 
 
258 aa  303  2.0000000000000002e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.322774  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3630  hypothetical protein  55.34 
 
 
305 aa  296  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0975997 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1311  hypothetical protein  55.28 
 
 
359 aa  296  3e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.833916  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4178  hypothetical protein  56.3 
 
 
324 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.622827  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004376  hypothetical protein  58.78 
 
 
258 aa  295  5e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.106116  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1067  hypothetical protein  55.74 
 
 
337 aa  295  6e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.37617  normal  0.971255 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4078  hypothetical protein  57.5 
 
 
310 aa  291  5e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3879  hypothetical protein  56.56 
 
 
280 aa  291  7e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.006631 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2784  protein of unknown function DUF344  56.91 
 
 
276 aa  291  8e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.669041  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1841  hypothetical protein  52.78 
 
 
318 aa  291  9e-78  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.0091091  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0273  hypothetical protein  56.97 
 
 
307 aa  291  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.890327  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4287  hypothetical protein  55.12 
 
 
324 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.322073  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4669  protein of unknown function DUF344  60.35 
 
 
320 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.320669  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6349  protein of unknown function DUF344  52.21 
 
 
304 aa  289  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5190  hypothetical protein  60 
 
 
285 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19577  normal  0.463568 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4575  protein of unknown function DUF344  52.21 
 
 
304 aa  288  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0554102  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4042  protein of unknown function DUF344  56.73 
 
 
281 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1708  protein of unknown function DUF344  51.82 
 
 
281 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000362162  normal  0.0572402 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5283  hypothetical protein  55.37 
 
 
306 aa  285  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.193037  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3709  hypothetical protein  51.71 
 
 
302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.557269  normal  0.783471 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1274  hypothetical protein  56.49 
 
 
305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6439  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14980  hypothetical protein  54.81 
 
 
305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal  0.621032 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14061  hypothetical protein  51.6 
 
 
309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.230834 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1583  hypothetical protein  54.33 
 
 
301 aa  282  4.0000000000000003e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.60862  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4019  protein of unknown function DUF344  55.2 
 
 
306 aa  282  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34890  hypothetical protein  56.78 
 
 
305 aa  281  7.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0574306  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4304  protein of unknown function DUF344  53.01 
 
 
308 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2825  hypothetical protein  55.1 
 
 
304 aa  280  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243756  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1729  putative transcriptional regulator  55.23 
 
 
308 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0830363  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0286  polyphosphate kinase 2 family protein  53.41 
 
 
513 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.520623  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0814  hypothetical protein  51.43 
 
 
292 aa  280  2e-74  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0703207  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0632  hypothetical protein  53.01 
 
 
308 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0780387  normal  0.0234683 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0550  hypothetical protein  57.81 
 
 
316 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1572  hypothetical protein  52.9 
 
 
322 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0713736  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0278  polyphosphate kinase 2  55.23 
 
 
308 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0915897  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1318  putative transcriptional regulator  55.23 
 
 
308 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4413  hypothetical protein  53.25 
 
 
314 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1142  hypothetical protein  55.23 
 
 
310 aa  280  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.780408  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1813  polyphosphate kinase 2 family protein  54.81 
 
 
308 aa  278  5e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563855  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4069  hypothetical protein  54.39 
 
 
316 aa  278  6e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00361553  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33240  hypothetical protein  54.69 
 
 
304 aa  278  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.476246  normal  0.0402084 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0614  hypothetical protein  53.6 
 
 
307 aa  277  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3594  hypothetical protein  53.97 
 
 
316 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.894473  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3326  hypothetical protein  54.39 
 
 
316 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.225853  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3855  hypothetical protein  56.22 
 
 
308 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.438495  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4175  hypothetical protein  54.39 
 
 
316 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.860714  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4701  hypothetical protein  55.93 
 
 
285 aa  276  2e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.44507  decreased coverage  0.00228171 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3148  hypothetical protein  52.76 
 
 
305 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4191  hypothetical protein  54.39 
 
 
316 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4422  hypothetical protein  52.8 
 
 
338 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195856  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2424  protein of unknown function DUF344  54.1 
 
 
304 aa  276  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2997  hypothetical protein  54.1 
 
 
304 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.628972  normal  0.723362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1416  hypothetical protein  51.36 
 
 
305 aa  276  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0078754  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3567  protein of unknown function DUF344  53.97 
 
 
300 aa  275  6e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.383646  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13261  transcriptional regulatory protein pvdS  53.06 
 
 
295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.422206 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4264  hypothetical protein  56.3 
 
 
310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1834  hypothetical protein  52.44 
 
 
316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1774  hypothetical protein  53.28 
 
 
309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2784  hypothetical protein  51.21 
 
 
269 aa  267  1e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.36222  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2560  hypothetical protein  50.6 
 
 
304 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3243  protein of unknown function DUF344  57.48 
 
 
300 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0324  hypothetical protein  56.5 
 
 
369 aa  261  6e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000113156 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3838  protein of unknown function DUF344  54.67 
 
 
310 aa  261  8.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314507  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2513  protein of unknown function DUF344  55.7 
 
 
405 aa  260  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197532  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1846  hypothetical protein  52.89 
 
 
297 aa  258  5.0000000000000005e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.259888  normal  0.104135 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0730  protein of unknown function DUF344  53.33 
 
 
316 aa  256  3e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0972  protein of unknown function DUF344  48.63 
 
 
265 aa  255  5e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01730  hypothetical protein  54.95 
 
 
298 aa  255  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0103063  normal  0.483581 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1162  hypothetical protein  54.67 
 
 
365 aa  255  6e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0751  protein of unknown function DUF344  53.71 
 
 
314 aa  255  6e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000230323  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0123  protein of unknown function DUF344  55.8 
 
 
296 aa  255  7e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0218  hypothetical protein  55.3 
 
 
357 aa  254  8e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.816676  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1088  PvdS  54.67 
 
 
276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000186123  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1833  hypothetical protein  53.1 
 
 
263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.795184  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16850  hypothetical protein  52.89 
 
 
329 aa  253  2.0000000000000002e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.502638  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24090  hypothetical protein  51.63 
 
 
301 aa  252  4.0000000000000004e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.160014  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>