More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0680 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0680  ATP-dependent protease, putative  100 
 
 		 812 aa  1654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0697551  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2600  ATP-dependent protease, putative  50.13 
 
 		 784 aa  760    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1724  putative ATP-dependent protease LA  45.01 
 
 		 802 aa  734    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2264  putative ATP-dependent protease  55.24 
 
 		 827 aa  906    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.412132 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4585  ATP-dependent protease, putative  87.22 
 
 		 811 aa  1424    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.560792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1200  ATP-dependent protease-like protein  81.94 
 
 		 829 aa  1347    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000280038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5216  putative ATP-dependent protease  81.98 
 
 		 817 aa  1322    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0128241  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4259  ATP-dependent protease, putative  87.72 
 
 		 811 aa  1429    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4869  ATP-dependent protease, putative  87.68 
 
 		 812 aa  1443    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0711  ATP-dependent protease-like protein  100 
 
 		 812 aa  1654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.807483  normal  0.0469717 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4505  ATP-dependent protease  98.03 
 
 		 812 aa  1624    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.552319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1929  ATP-dependent protease, putative  44.33 
 
 		 803 aa  663    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.355621  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1567  peptidase S16, lon-like  51.51 
 
 		 795 aa  806    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617903  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0712  peptidase S16 lon domain-containing protein  98.65 
 
 		 812 aa  1633    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0968919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40850  ATP-dependent protease  82.73 
 
 		 806 aa  1337    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.887392  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01670  putative ATP-dependent protease  49.21 
 
 		 798 aa  796    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60550  putative ATP-dependent protease  81.39 
 
 		 817 aa  1325    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000190138  normal  0.722449 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1920  peptidase S16 lon domain protein  39.2 
 
 		 808 aa  633  1e-180  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1717  peptidase S16, lon domain-containing protein  42.44 
 
 		 801 aa  631  1e-179  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2123  peptidase S16 lon domain protein  39.35 
 
 		 809 aa  629  1e-179  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00311978 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1517  peptidase S16, lon domain-containing protein  42.49 
 
 		 813 aa  631  1e-179  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.30513  normal  0.334171 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0831  ATP-dependent protease, putative  40.91 
 
 		 811 aa  623  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.726223  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0259  peptidase S16 lon domain protein  41.22 
 
 		 832 aa  616  1e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2433  ATP-dependent protease, putative  40.65 
 
 		 821 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0787  ATP-dependent protease  41.79 
 
 		 861 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202315  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3006  ATP-dependent protease-like protein  41.76 
 
 		 815 aa  607  9.999999999999999e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2107  peptidase S16 lon domain-containing protein  41.76 
 
 		 806 aa  603  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.801534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0298  ATP-dependent protease, putative  39.16 
 
 		 799 aa  600  1e-170  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242114 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0853  ATP-dependent protease, putative  39.52 
 
 		 844 aa  593  1e-168  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105216  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2746  peptidase S16, lon-like  39.14 
 
 		 811 aa  595  1e-168  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000135674  normal  0.815417 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0177  peptidase S16 lon domain protein  40.86 
 
 		 818 aa  587  1e-166  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.16877  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2088  peptidase S16 lon domain protein  38.13 
 
 		 803 aa  587  1e-166  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0740  peptidase S16 lon domain-containing protein  38.34 
 
 		 843 aa  585  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0708  peptidase S16, lon domain protein  38.25 
 
 		 819 aa  578  1e-164  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1270  peptidase S16, lon domain-containing protein  38.86 
 
 		 805 aa  579  1e-164  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0720  peptidase S16, lon domain protein  38.25 
 
 		 819 aa  582  1e-164  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.59212e-16 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1773  peptidase S16, lon-like protein  36.55 
 
 		 814 aa  581  1e-164  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2079  peptidase S16, lon domain-containing protein  39.67 
 
 		 802 aa  580  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1359  peptidase S16, lon domain-containing protein  38.44 
 
 		 807 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1417  peptidase S16 lon domain protein  41.38 
 
 		 819 aa  578  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.185581  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0802  peptidase S16, lon-like protein  36.19 
 
 		 801 aa  575  1.0000000000000001e-163  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1543  peptidase S16, lon domain-containing protein  39.58 
 
 		 865 aa  570  1e-161  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2449  peptidase S16 lon domain protein  39.97 
 
 		 809 aa  566  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849825  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1297  peptidase S16, lon domain-containing protein  37.48 
 
 		 786 aa  567  1e-160  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000625582  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0823  peptidase S16 lon domain protein  38.92 
 
 		 813 aa  565  1e-160  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.112551  normal  0.517782 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3069  ATP-dependent protease, putative  38.14 
 
 		 813 aa  565  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1020  ATP-dependent protease  38.83 
 
 		 803 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3051  peptidase S16 lon domain protein  36.68 
 
 		 825 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2793  ATP-dependent protease, putative  39.76 
 
 		 814 aa  561  1e-158  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.281078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2430  ATP-dependent protease, putative  37.89 
 
 		 798 aa  556  1e-157  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2347  peptidase S16, lon domain-containing protein  38.52 
 
 		 805 aa  556  1e-157  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2309  peptidase S16 lon domain protein  35.64 
 
 		 817 aa  553  1e-156  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0981  peptidase S16 lon domain protein  35.49 
 
 		 831 aa  554  1e-156  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000165888  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1662  peptidase S16 lon domain-containing protein  36.42 
 
 		 788 aa  551  1e-155  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1519  peptidase S16, lon-like protein  35 
 
 		 787 aa  548  1e-154  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03380  peptidase S16 lon domain protein  35.29 
 
 		 810 aa  543  1e-153  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0319  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.22 
 
 		 783 aa  545  1e-153  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0928  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.96 
 
 		 794 aa  543  1e-153  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00182033  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0925  ATP-dependent protease  37.23 
 
 		 786 aa  544  1e-153  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.819231  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1447  ATP-dependent protease, putative  41.41 
 
 		 806 aa  541  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0950  peptidase S16 lon domain-containing protein  37.06 
 
 		 794 aa  541  9.999999999999999e-153  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05096  ATP-dependent protease  36.21 
 
 		 786 aa  534  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001230  ATP-dependent protease La Type II  36.28 
 
 		 786 aa  529  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0840  putative Lon protease  35.76 
 
 		 777 aa  530  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0263  hypothetical protein  36.29 
 
 		 786 aa  528  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1976  putative ATP-dependent protease La-relatedprotein  36.84 
 
 		 800 aa  525  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000551631  normal  0.8017 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1230  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.67 
 
 		 805 aa  525  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.813888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1160  ATP-dependent protease, putative  36.54 
 
 		 805 aa  524  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2463  peptidase S16 lon domain-containing protein  35.63 
 
 		 816 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.572002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1159  ATP-dependent protease, putative  36.54 
 
 		 805 aa  522  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3391  ATP-dependent protease, putative  35.92 
 
 		 806 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2719  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.77 
 
 		 810 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.220264  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3060  peptidase S16, lon domain protein  35.89 
 
 		 805 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0329616  hitchhiker  0.000400818 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1294  peptidase S16, lon domain-containing protein  35.89 
 
 		 805 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.506125  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3103  peptidase S16, lon-like protein  36.64 
 
 		 810 aa  512  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1328  peptidase S16 lon domain-containing protein  36.03 
 
 		 805 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.047879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1250  peptidase S16, lon domain-containing protein  35.89 
 
 		 805 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2181  putative ATP-dependent protease La-relatedprotein  35.64 
 
 		 795 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2406  ATP-dependent protease, putative  36.67 
 
 		 791 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2180  putative ATP-dependent protease La-relatedprotein  35.35 
 
 		 807 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3407  peptidase S16 lon domain protein  35.71 
 
 		 806 aa  503  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.025789  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0020  ATP-dependent protease, putative  33.88 
 
 		 823 aa  496  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140592  normal  0.225222 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1322  hypothetical protein  35.99 
 
 		 951 aa  479  1e-134  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1056  peptidase S16, lon-like  35.45 
 
 		 975 aa  476  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1607  peptidase S16, lon domain-containing protein  35.89 
 
 		 815 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0312  peptidase S16 lon domain protein  34.39 
 
 		 873 aa  472  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.345035 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0955  ATP-dependent protease, putative  36.27 
 
 		 797 aa  456  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.099615  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2007  ATP-dependent protease, putative  33.37 
 
 		 829 aa  456  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.303021  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2798  peptidase S16 lon domain protein  35.34 
 
 		 811 aa  443  1e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00224654  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0676  putative ATP-dependent protease LA, putative  35.06 
 
 		 810 aa  438  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1037  peptidase S16 lon domain protein  30.29 
 
 		 774 aa  429  1e-119  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.350098  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1270  peptidase S16, lon domain-containing protein  32.89 
 
 		 806 aa  432  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.347497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3315  putative ATP-dependent protease La, putative  34.34 
 
 		 806 aa  429  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0220  peptidase S16 lon domain-containing protein  31.13 
 
 		 790 aa  427  1e-118  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.229141  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2626  ATP-dependent protease, putative  33.86 
 
 		 803 aa  422  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000239913  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0590  ATP-dependent protease, putative  30.98 
 
 		 811 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0118699 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3583  ATP-dependent protease-like  43.8 
 
 		 660 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2053  putative ATP-dependent protease La, putative  35.16 
 
 		 817 aa  391  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284052  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1288  peptidase S16 lon domain protein  32.85 
 
 		 811 aa  385  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1399  peptidase S16, lon domain-containing protein  38.16 
 
 		 810 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000669789  hitchhiker  0.00375305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>