More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0675 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0892  glutamate dehydrogenase  68.47 
 
 		 447 aa  649    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0706  glutamate dehydrogenase  100 
 
 		 446 aa  924    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0916886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0675  glutamate dehydrogenase  100 
 
 		 449 aa  931    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5228  glutamate dehydrogenase  83.86 
 
 		 445 aa  790    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3724  glutamate dehydrogenase  68.4 
 
 		 447 aa  649    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1459  glutamate dehydrogenase  67.04 
 
 		 447 aa  638    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4874  glutamate dehydrogenase  89.69 
 
 		 445 aa  839    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.443754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0707  glutamate dehydrogenase  99.78 
 
 		 446 aa  922    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.469869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1286  glutamate dehydrogenase  68.69 
 
 		 447 aa  642    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000501948  hitchhiker  0.000436028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5140  glutamate dehydrogenase  68.02 
 
 		 447 aa  646    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.299774  normal  0.273528 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5114  glutamate dehydrogenase  68.4 
 
 		 462 aa  652    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0629233  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02515  glutamate dehydrogenase  67.11 
 
 		 447 aa  634    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60710  glutamate dehydrogenase  84.08 
 
 		 445 aa  794    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4509  glutamate dehydrogenase  96.41 
 
 		 446 aa  894    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1771  glutamate dehydrogenase  82.51 
 
 		 445 aa  777    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89155  normal  0.439156 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0977  glutamate dehydrogenase  68.47 
 
 		 447 aa  649    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0965022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2214  glutamate dehydrogenase  66.97 
 
 		 438 aa  633  1e-180  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.171409  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0452  glutamate dehydrogenase  67.34 
 
 		 447 aa  632  1e-180  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01730  glutamate dehydrogenase  65.69 
 
 		 447 aa  621  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00719623  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1881  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  65.69 
 
 		 447 aa  621  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.53168  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1845  glutamate dehydrogenase  65.69 
 
 		 447 aa  621  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0654574  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2014  glutamate dehydrogenase  65.69 
 
 		 447 aa  621  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4483  glutamate dehydrogenase  66.74 
 
 		 447 aa  623  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2481  glutamate dehydrogenase  65.69 
 
 		 447 aa  621  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.231621  normal  0.944687 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1871  glutamate dehydrogenase  65.69 
 
 		 447 aa  621  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.598381  hitchhiker  0.000134113 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01718  hypothetical protein  65.69 
 
 		 447 aa  621  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00971306  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1429  glutamate dehydrogenase  65.46 
 
 		 447 aa  619  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00746713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1984  glutamate dehydrogenase  65.69 
 
 		 447 aa  620  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000158842  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4200  glutamate dehydrogenase  66.07 
 
 		 447 aa  620  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2047  glutamate dehydrogenase  65.24 
 
 		 447 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1393  glutamate dehydrogenase  65.24 
 
 		 447 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221099  normal  0.113397 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1426  glutamate dehydrogenase  65.24 
 
 		 447 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.91122 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1339  glutamate dehydrogenase  64.65 
 
 		 449 aa  616  1e-175  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.852226  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4692  glutamate dehydrogenase  65.39 
 
 		 444 aa  616  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1685  glutamate dehydrogenase  65.24 
 
 		 447 aa  616  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1876  glutamate dehydrogenase  65.24 
 
 		 447 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0272489  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2447  glutamate dehydrogenase  64.33 
 
 		 447 aa  614  9.999999999999999e-175  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1556  glutamate dehydrogenase  64.71 
 
 		 445 aa  612  9.999999999999999e-175  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.240563  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1410  glutamate dehydrogenase  65.01 
 
 		 447 aa  614  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0527  glutamate dehydrogenase  64.03 
 
 		 447 aa  598  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000736482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4089  glutamate dehydrogenase  63.88 
 
 		 447 aa  600  1e-170  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4036  glutamate dehydrogenase  63.66 
 
 		 447 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0119  glutamate dehydrogenase  63.66 
 
 		 447 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1212  glutamate dehydrogenase  64.71 
 
 		 446 aa  588  1e-167  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2051  glutamate dehydrogenase  64.48 
 
 		 451 aa  589  1e-167  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.553496 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0942  glutamate dehydrogenase  61.21 
 
 		 466 aa  588  1e-167  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0708  glutamate dehydrogenase  61.52 
 
 		 447 aa  584  1e-166  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1801  glutamate dehydrogenase  62.53 
 
 		 443 aa  583  1.0000000000000001e-165  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.250235  normal  0.676275 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0818  glutamate dehydrogenase  62.19 
 
 		 447 aa  580  1e-164  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274961 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07080  glutamate dehydrogenase  62.53 
 
 		 443 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.813 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0109  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  62.3 
 
 		 453 aa  571  1.0000000000000001e-162  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3443  glutamate dehydrogenase  62.33 
 
 		 450 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1647  glutamate dehydrogenase  61.38 
 
 		 451 aa  571  1.0000000000000001e-162  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1457  glutamate dehydrogenase  58.8 
 
 		 448 aa  573  1.0000000000000001e-162  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1770  glutamate dehydrogenase  62.02 
 
 		 448 aa  571  1e-161  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1499  glutamate dehydrogenase  62.02 
 
 		 448 aa  570  1e-161  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.981406  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2771  glutamate dehydrogenase  62.13 
 
 		 451 aa  555  1e-157  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1330  glutamate dehydrogenase  62.3 
 
 		 453 aa  550  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.40508 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1272  glutamate dehydrogenase  62.59 
 
 		 451 aa  548  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1219  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  57.21 
 
 		 456 aa  545  1e-154  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.128767  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0610  glutamate dehydrogenase  60.73 
 
 		 443 aa  544  1e-153  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0929396 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16151  glutamate dehydrogenase  58.01 
 
 		 451 aa  542  1e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.241979 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0374  glutamate dehydrogenase  61.59 
 
 		 444 aa  541  1e-153  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000129016  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0527  glutamate dehydrogenase  57.66 
 
 		 450 aa  541  9.999999999999999e-153  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000275062  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4852  glutamate dehydrogenase  61.04 
 
 		 444 aa  538  1e-151  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2782  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  59.69 
 
 		 446 aa  535  1e-151  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000238369  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0826  glutamate dehydrogenase  59.73 
 
 		 444 aa  536  1e-151  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0743965  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0726  glutamate dehydrogenase  58.43 
 
 		 446 aa  531  1e-149  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.830079  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0418  glutamate dehydrogenase  58.41 
 
 		 449 aa  525  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549997  normal  0.391683 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2359  glutamate dehydrogenase  59.45 
 
 		 444 aa  525  1e-148  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.394461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1813  glutamate dehydrogenase  56.24 
 
 		 454 aa  526  1e-148  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.181539  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10490  glutamate dehydrogenase  58.13 
 
 		 451 aa  528  1e-148  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000302045 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1427  glutamate dehydrogenase  58.72 
 
 		 448 aa  526  1e-148  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1371  glutamate dehydrogenase  55.63 
 
 		 452 aa  522  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.209216  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0271  Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase  58.04 
 
 		 445 aa  518  1e-146  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0573  glutamate dehydrogenase  56.76 
 
 		 448 aa  518  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1186  glutamate dehydrogenase  57.14 
 
 		 450 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34200  glutamate dehydrogenase (NADP)  59.09 
 
 		 446 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.255605 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4267  glutamate dehydrogenase  56.14 
 
 		 448 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.292709  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0467  glutamate dehydrogenase  57.62 
 
 		 450 aa  517  1.0000000000000001e-145  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000753679  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4353  glutamate dehydrogenase  56.14 
 
 		 448 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.92968  normal  0.0129009 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2430  glutamate dehydrogenase  58.48 
 
 		 445 aa  516  1.0000000000000001e-145  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4646  glutamate dehydrogenase  56.14 
 
 		 448 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1305  glutamate dehydrogenase  56.5 
 
 		 450 aa  513  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3118  glutamate dehydrogenase  55.82 
 
 		 449 aa  512  1e-144  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.690861  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0864  glutamate dehydrogenase  57.21 
 
 		 448 aa  511  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.342064  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3019  glutamate dehydrogenase  56 
 
 		 449 aa  512  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3219  glutamate dehydrogenase  56.04 
 
 		 449 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2296  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  56.54 
 
 		 445 aa  512  1e-144  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1232  glutamate dehydrogenase  55.58 
 
 		 445 aa  509  1e-143  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1929  glutamate dehydrogenase  56.07 
 
 		 449 aa  511  1e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3505  glutamate dehydrogenase  56.86 
 
 		 445 aa  511  1e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3497  glutamate dehydrogenase  55.65 
 
 		 451 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2800  glutamate dehydrogenase  56.19 
 
 		 449 aa  504  9.999999999999999e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00630068  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5321  glutamate dehydrogenase  56.29 
 
 		 449 aa  505  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0761219 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4667  Glutamate dehydrogenase (NADP(+))  56.64 
 
 		 449 aa  504  9.999999999999999e-143  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30790  glutamate dehydrogenase  58.09 
 
 		 447 aa  506  9.999999999999999e-143  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3000  glutamate dehydrogenase  54.99 
 
 		 448 aa  507  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.741284  normal  0.619757 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0193  glutamate dehydrogenase  55.97 
 
 		 449 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14650  glutamate dehydrogenase  58.03 
 
 		 451 aa  505  9.999999999999999e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.972486  normal  0.287682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>