90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0642 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0642  hypothetical protein  100 
 
 
204 aa  403  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0018  protein of unknown function DUF161  46.63 
 
 
215 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0017  protein of unknown function DUF161  47.15 
 
 
215 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2652  hypothetical protein  35.05 
 
 
217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0937  protein of unknown function DUF161  38.66 
 
 
235 aa  128  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.255406 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1212  protein of unknown function DUF161  37.7 
 
 
208 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00200303  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2596  hypothetical protein  37.7 
 
 
208 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166389  normal  0.516686 
 
 
-
 
NC_004310  BR0630  hypothetical protein  36.6 
 
 
257 aa  125  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1637  hypothetical protein  39.58 
 
 
208 aa  125  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000053211 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1814  hypothetical protein  37.17 
 
 
212 aa  124  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.0045868  normal  0.591821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2812  protein of unknown function DUF161  36.08 
 
 
228 aa  123  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.181151  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4668  protein of unknown function DUF161  36.73 
 
 
222 aa  122  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116519  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0627  hypothetical protein  36.08 
 
 
217 aa  122  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3591  protein of unknown function DUF161  36.73 
 
 
222 aa  122  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.827166  normal  0.342879 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3489  hypothetical protein  35.57 
 
 
228 aa  121  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113853  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0415  hypothetical protein  36.92 
 
 
203 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0421  hypothetical protein  36.08 
 
 
202 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.489606  normal  0.0351705 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4040  hypothetical protein  37.82 
 
 
201 aa  118  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1417  hypothetical protein  32.31 
 
 
206 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.895878 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01995  hypothetical protein  34.98 
 
 
238 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4208  hypothetical protein  35.86 
 
 
215 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0213  hypothetical protein  34.98 
 
 
233 aa  115  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3339  hypothetical protein  38.02 
 
 
211 aa  115  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0159798  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1841  hypothetical protein  35.57 
 
 
237 aa  114  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.185131  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0447  hypothetical protein  41.67 
 
 
200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2100  hypothetical protein  41.67 
 
 
200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250211  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2368  hypothetical protein  40.62 
 
 
204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.421658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0398  hypothetical protein  33.85 
 
 
209 aa  112  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0231  protein of unknown function DUF161  33.16 
 
 
210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0612  hypothetical protein  35.75 
 
 
215 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03480  hypothetical protein  34.38 
 
 
211 aa  112  6e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.44503 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0201  protein of unknown function DUF161  34.38 
 
 
210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186223  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4225  hypothetical protein  33.68 
 
 
203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000952  membrane protein  33.68 
 
 
202 aa  108  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.876518  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3836  hypothetical protein  36.6 
 
 
237 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.108091  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0736  protein of unknown function DUF161  32.98 
 
 
204 aa  106  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4357  protein of unknown function DUF161  37.5 
 
 
209 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4349  protein of unknown function DUF161  34.72 
 
 
202 aa  104  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.565468  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0703  protein of unknown function DUF161  31.94 
 
 
204 aa  103  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06994  hypothetical protein  32.81 
 
 
202 aa  102  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3641  protein of unknown function DUF161  30.37 
 
 
204 aa  102  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.992222  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3503  hypothetical protein  29.84 
 
 
204 aa  102  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4648  protein of unknown function DUF161  31.82 
 
 
237 aa  100  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.422653 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004231  membrane protein  33.16 
 
 
205 aa  98.6  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000240279  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3745  protein of unknown function DUF161  37.82 
 
 
233 aa  98.2  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.416302  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01207  hypothetical protein  34.2 
 
 
200 aa  97.1  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0156  hypothetical protein  36.08 
 
 
211 aa  96.7  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.583878 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4626  hypothetical protein  37.95 
 
 
239 aa  96.7  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.784951  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0865  putative ABC transporter permease  35.2 
 
 
202 aa  92.4  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00597  hypothetical protein  28.12 
 
 
234 aa  92.4  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0284  hypothetical protein  33.88 
 
 
217 aa  91.7  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0592  hypothetical protein  31.77 
 
 
214 aa  91.7  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0050  protein of unknown function DUF161  32.99 
 
 
212 aa  91.3  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.404169  normal  0.436132 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0227  protein of unknown function DUF161  34.36 
 
 
211 aa  89  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0198  protein of unknown function DUF161  34.36 
 
 
211 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0464  hypothetical protein  34.17 
 
 
198 aa  85.9  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3383  hypothetical protein  32.24 
 
 
200 aa  70.9  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.708574  normal  0.273555 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3276  hypothetical protein  34.83 
 
 
229 aa  68.6  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.253906  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3416  protein of unknown function DUF161  40 
 
 
109 aa  65.1  0.0000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01860  hypothetical protein  30.46 
 
 
323 aa  63.2  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.415337  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3014  protein of unknown function DUF161  26.39 
 
 
295 aa  59.7  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000325851  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1705  hypothetical protein  23.67 
 
 
288 aa  58.5  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3076  hypothetical protein  25.15 
 
 
283 aa  58.5  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000401824  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3231  hypothetical protein  25.16 
 
 
281 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.581359 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2074  hypothetical protein  25.16 
 
 
281 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0707  protein of unknown function DUF161  30.32 
 
 
296 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1219  protein of unknown function DUF161  23.3 
 
 
299 aa  55.8  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.929134  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2170  hypothetical protein  24.68 
 
 
290 aa  55.5  0.0000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000241108  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2675  hypothetical protein  22.47 
 
 
285 aa  55.1  0.0000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000375547  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0826  permease  28.74 
 
 
322 aa  53.9  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.668966  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2360  hypothetical protein  24.31 
 
 
285 aa  53.5  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.411181  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0103  protein of unknown function DUF161  26.92 
 
 
279 aa  53.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0760  hypothetical protein  28.12 
 
 
287 aa  51.6  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000455591  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1207  protein of unknown function DUF161  22.91 
 
 
294 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.772174  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0743  hypothetical protein  29.23 
 
 
279 aa  49.3  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000108912  hitchhiker  0.0000688961 
 
 
-
 
NC_002950  PG1953  YitT family protein  28.19 
 
 
311 aa  49.3  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0930  hypothetical protein  27.53 
 
 
281 aa  47  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0214742  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0771  hypothetical protein  23.2 
 
 
283 aa  46.6  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.103591  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3969  protein of unknown function DUF161  25.82 
 
 
290 aa  47.4  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000285246  unclonable  0.000000000121594 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0468  Protein of unknown function DUF2179  23.91 
 
 
287 aa  47.4  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0235  hypothetical protein  26.17 
 
 
281 aa  45.4  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0072  hypothetical protein  25 
 
 
287 aa  44.7  0.0008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1947  hypothetical protein  27.68 
 
 
313 aa  42.7  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1201  protein of unknown function DUF161  28.05 
 
 
287 aa  42.4  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895465 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3010  hypothetical protein  27.44 
 
 
292 aa  42.4  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0879703  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0167  Protein of unknown function DUF2179  26.97 
 
 
293 aa  42  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2106  hypothetical protein  24.44 
 
 
314 aa  42  0.007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.874955  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1764  hypothetical protein  26.98 
 
 
277 aa  42  0.007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00787569  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1406  protein of unknown function DUF161  28.21 
 
 
278 aa  41.6  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000114892  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3548  protein of unknown function DUF161  30.34 
 
 
287 aa  41.2  0.01  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.979757 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>