187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0493 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0493  selenocysteine synthase  100 
 
 		 475 aa  935    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.568026 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2706  selenocysteine synthase  83.04 
 
 		 468 aa  756    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63540  selenocysteine synthase  79.57 
 
 		 468 aa  673    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.219869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0527  selenocysteine synthase  99.37 
 
 		 475 aa  930    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.817809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5527  selenocysteine synthase  78.48 
 
 		 468 aa  667    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0536  selenocysteine synthase  94.32 
 
 		 475 aa  840    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0548  selenocysteine synthase  94.95 
 
 		 475 aa  874    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.147839 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3486  selenocysteine synthase  58.67 
 
 		 484 aa  501  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0801308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1814  selenocysteine synthase  59.23 
 
 		 465 aa  494  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.071718 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2867  selenocysteine synthase  55.89 
 
 		 465 aa  488  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.861059  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6556  selenocysteine synthase  58.91 
 
 		 476 aa  480  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0759041  decreased coverage  0.00101657 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3988  selenocysteine synthase  57.85 
 
 		 479 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3540  selenocysteine synthase  57.85 
 
 		 479 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607599  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1678.1  selenocysteine synthase  59.15 
 
 		 480 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0726  selenocysteine synthase  59.15 
 
 		 480 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1696  selenocysteine synthase  59.15 
 
 		 480 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1903  selenocysteine synthase  59.15 
 
 		 480 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2255  selenocysteine synthase  59.15 
 
 		 480 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0575  selenocysteine synthase  59.15 
 
 		 480 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.81182  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2392  selenocysteine synthase  58.94 
 
 		 480 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.36039  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3883  selenocysteine synthase  58.28 
 
 		 479 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0658  selenocysteine synthase  55.99 
 
 		 485 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0487708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3883  selenocysteine synthase  54.16 
 
 		 463 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.851696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4006  selenocysteine synthase  54.16 
 
 		 463 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3961  selenocysteine synthase  53.94 
 
 		 463 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.498417  normal  0.481861 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2549  selenocysteine synthase  58.87 
 
 		 476 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.645361 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3381  selenocysteine synthase  57.63 
 
 		 478 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0301  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  56.03 
 
 		 466 aa  453  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3897  selenocysteine synthase  54.16 
 
 		 463 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4068  selenocysteine synthase  53.94 
 
 		 463 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4522  selenocysteine synthase  57.97 
 
 		 478 aa  448  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.843638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0711  selenocysteine synthase  60.08 
 
 		 495 aa  451  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2152  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  57.58 
 
 		 467 aa  451  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4593  selenocysteine synthase  57.42 
 
 		 500 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.263518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3919  selenocysteine synthase  53.22 
 
 		 463 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419812 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3265  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  56.83 
 
 		 474 aa  433  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.322866  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03446  selenocysteine synthase  53.3 
 
 		 463 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0117  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  53.3 
 
 		 463 aa  430  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4962  selenocysteine synthase  53.3 
 
 		 463 aa  430  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.922888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03397  hypothetical protein  53.3 
 
 		 463 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3796  selenocysteine synthase  53.3 
 
 		 463 aa  430  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.915143  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4089  selenocysteine synthase  53.09 
 
 		 463 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4006  selenocysteine synthase  53.43 
 
 		 463 aa  431  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0122  selenocysteine synthase  53.3 
 
 		 463 aa  430  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3334  selenocysteine synthase  55.22 
 
 		 469 aa  426  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.530246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0090  selenocysteine synthase  54.23 
 
 		 463 aa  427  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3766  selenocysteine synthase  53.17 
 
 		 462 aa  425  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0042  selenocysteine synthase  53.17 
 
 		 462 aa  425  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4115  selenocysteine synthase  53.17 
 
 		 462 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2096  selenocysteine synthase  58.28 
 
 		 479 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.247494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0140  selenocysteine synthase  52.28 
 
 		 463 aa  418  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0106  selenocysteine synthase  50 
 
 		 476 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0101  selenocysteine synthase  49.79 
 
 		 473 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0106  selenocysteine synthase  50 
 
 		 476 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0105  selenocysteine synthase  49.79 
 
 		 473 aa  411  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0108  selenocysteine synthase  48.64 
 
 		 476 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2373  selenocysteine synthase  45.7 
 
 		 462 aa  395  1e-109  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0672  selenocysteine synthase  48.79 
 
 		 462 aa  394  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0104  selenocysteine synthase  48.22 
 
 		 476 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0442  selenocysteine synthase  48.13 
 
 		 496 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0109  selenocysteine synthase  48.22 
 
 		 476 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2085  selenocysteine synthase  45.25 
 
 		 462 aa  391  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5143  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  59.74 
 
 		 480 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3477  L-seryl-tRNA selenium transferase  48 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.213454  normal  0.293917 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0760  selenocysteine synthase  48.22 
 
 		 472 aa  375  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.306605  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2504  selenocysteine synthase  49.09 
 
 		 470 aa  369  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0196405  normal  0.0690834 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1646  selenocysteine synthase  45.22 
 
 		 471 aa  369  1e-101  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000318162  unclonable  0.000000000338513 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1093  selenocysteine synthase  47.49 
 
 		 473 aa  369  1e-101  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3796  selenocysteine synthase  46.1 
 
 		 468 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4162  selenocysteine synthase  45.43 
 
 		 462 aa  367  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1162  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  42.73 
 
 		 476 aa  367  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103584 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3059  selenocysteine synthase  48.69 
 
 		 483 aa  363  4e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00615002  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3879  selenocysteine synthase  45.43 
 
 		 468 aa  362  6e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.797755 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0482  selenocysteine synthase  48.03 
 
 		 489 aa  361  2e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.112411  hitchhiker  0.001297 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1311  selenocysteine synthase  49.88 
 
 		 506 aa  360  4e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000207864 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2186  selenocysteine synthase  43.01 
 
 		 475 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000130274  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1740  selenocysteine synthase  50.52 
 
 		 475 aa  354  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.820555  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4267  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  43.58 
 
 		 476 aa  354  2e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000207221  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0506  selenocysteine synthase  45.41 
 
 		 468 aa  343  5e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.487693  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0873  selenocysteine synthase  45.1 
 
 		 468 aa  341  2e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3369  selenocysteine synthase  45.9 
 
 		 462 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3060  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  45.89 
 
 		 491 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000814567  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0819  selenocysteine synthase  44.2 
 
 		 461 aa  336  7e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0061  selenocysteine synthase  45.39 
 
 		 462 aa  333  5e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2561  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  45.21 
 
 		 470 aa  320  3e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4157  selenocysteine synthase  44.66 
 
 		 478 aa  319  6e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.109282 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25310  seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  40.85 
 
 		 477 aa  317  3e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.362155 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0440  selenocysteine synthase  43.34 
 
 		 491 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4521  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  44.42 
 
 		 472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0441  selenocysteine synthase  42.71 
 
 		 491 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11390  seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  41.14 
 
 		 508 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.308467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0812  L-seryl-tRNA selenium transferase  40.44 
 
 		 468 aa  299  7e-80  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0412  selenocysteine synthase  43.54 
 
 		 491 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0831  selenocysteine synthase  38.04 
 
 		 449 aa  297  3e-79  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.322314  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1692  L-seryl-tRNA selenium transferase  42.74 
 
 		 492 aa  293  3e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.624404  normal  0.735525 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2965  L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase  46.83 
 
 		 446 aa  282  1e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0158372  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1380  selenocysteine synthase  39.26 
 
 		 440 aa  277  4e-73  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.924415  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2208  L-seryl-tRNA selenium transferase  43.88 
 
 		 519 aa  273  4.0000000000000004e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223965 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1569  selenocysteine synthase  37.74 
 
 		 440 aa  273  7e-72  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.339371  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0765  L-seryl-tRNA selenium transferase  36.02 
 
 		 442 aa  272  7e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.522445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>