More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0458 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0458  30S ribosomal protein S19  100 
 
 
91 aa  186  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000166272 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0491  30S ribosomal protein S19  100 
 
 
91 aa  186  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000257867  normal  0.101174 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0488  30S ribosomal protein S19  100 
 
 
91 aa  186  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.124891  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4745  30S ribosomal protein S19  100 
 
 
91 aa  186  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00116021  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4544  30S ribosomal protein S19  97.8 
 
 
91 aa  185  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3905  30S ribosomal protein S19  97.8 
 
 
91 aa  183  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.296371  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0630  ribosomal protein S19  96.7 
 
 
91 aa  183  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000445779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5075  30S ribosomal protein S19  95.6 
 
 
91 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000215365  normal  0.273051 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06290  30S ribosomal protein S19  95.6 
 
 
91 aa  181  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.336646  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0841  30S ribosomal protein S19  95.6 
 
 
91 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08890  30S ribosomal protein S19  95.6 
 
 
91 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0219063 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0425  SSU ribosomal protein S19P  90.11 
 
 
91 aa  171  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0443512  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0473  ribosomal protein S19  87.91 
 
 
91 aa  171  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000607565  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4272  30S ribosomal protein S19  89.01 
 
 
91 aa  169  9e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000253887  unclonable  0.00000000000338266 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0964  30S ribosomal protein S19  87.91 
 
 
91 aa  167  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00279744  hitchhiker  0.00000111628 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0723  30S ribosomal protein S19  83.52 
 
 
91 aa  166  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000724937  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00734  ribosomal protein S19  83.52 
 
 
92 aa  163  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0217  30S ribosomal protein S19  82.42 
 
 
92 aa  163  8e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000102796  unclonable  0.00000723515 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0324  30S ribosomal protein S19  83.52 
 
 
92 aa  163  9e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0470216  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0327  ribosomal protein S19  83.52 
 
 
91 aa  162  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000195023  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0869  30S ribosomal protein S19  82.42 
 
 
91 aa  162  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001738  SSU ribosomal protein S19p (S15e)  82.42 
 
 
92 aa  162  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000320584  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2320  ribosomal protein S19  82.22 
 
 
90 aa  161  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000230352  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2165  ribosomal protein S19  83.33 
 
 
90 aa  161  3e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00915684  normal  0.130063 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0063  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
91 aa  161  3e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000291736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0235  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0200  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000160903  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3755  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000285402  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4052  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000500624  unclonable  0.00000000000533461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4313  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000152177  unclonable  0.0000000000439739 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0174  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186112  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0332  ribosomal protein S19  79.12 
 
 
92 aa  159  9e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.203927  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0203  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000219443  unclonable  0.0000000000154128 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0198  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00349045  hitchhiker  0.00163948 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0152  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000012398  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0203  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000108032  hitchhiker  0.00000000125391 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4686  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000144856  unclonable  0.0000000151604 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4166  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556834  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0204  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  9e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000147318  unclonable  0.00000836266 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0162  30S ribosomal protein S19  79.12 
 
 
92 aa  159  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000728304  decreased coverage  0.0000475067 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0188  30S ribosomal protein S19  79.12 
 
 
92 aa  159  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000819027  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3911  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000343627  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0588  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000935387  normal  0.434912 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3818  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
92 aa  159  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000535385  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3997  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
92 aa  159  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000877043  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0287  30S ribosomal protein S19  80.22 
 
 
92 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000109471  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0493  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
91 aa  157  4e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000216881  hitchhiker  0.00346795 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0488  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
91 aa  157  4e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000040228  normal  0.0259366 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0430  30S ribosomal protein S19  81.32 
 
 
91 aa  157  6e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000377773  decreased coverage  0.00000532224 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0462  SSU ribosomal protein S19P  78.89 
 
 
90 aa  156  9e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3520  ribosomal protein S19  78.02 
 
 
92 aa  155  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000623119  hitchhiker  0.00000086131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2946  30S ribosomal protein S19  78.02 
 
 
91 aa  152  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0382693  decreased coverage  0.000000116532 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3293  30S ribosomal protein S19  78.02 
 
 
91 aa  152  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000043477  hitchhiker  0.00000613779 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0854  ribosomal protein S19  75.82 
 
 
91 aa  152  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0283  SSU ribosomal protein S19P  76.92 
 
 
91 aa  151  4e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000019413  hitchhiker  0.00000161799 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2170  30S ribosomal protein S19  83.13 
 
 
92 aa  150  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000043951  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3015  30S ribosomal protein S19  76.92 
 
 
91 aa  148  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000505191  decreased coverage  0.00185866 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3175  30S ribosomal protein S19  75.82 
 
 
91 aa  148  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00320627  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2836  30S ribosomal protein S19  74.73 
 
 
91 aa  148  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000453521  normal  0.181034 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0280  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000442981  normal  0.0699946 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2628  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00158971  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3772  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000265315  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3451  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000490482  decreased coverage  0.00387887 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3482  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000804319  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3165  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000403295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3640  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000927803  hitchhiker  0.0000000000150693 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1928  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000295141  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3064  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000207611  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0253  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000113028  normal  0.0178687 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0501  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.245723  hitchhiker  0.000000000273947 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0318  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000548079  decreased coverage  0.00231518 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3742  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000490611  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2755  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000407777  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0271  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00149939  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0331  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.782912  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0352  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000694495  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3800  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238183  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0331  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000218247  normal  0.0337389 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3747  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  147  7e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000235293  hitchhiker  0.0041638 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3632  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  147  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0252438  normal  0.32239 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3632  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  147  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000163304  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3705  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  147  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000796045  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3803  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  147  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0236671  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3313  30S ribosomal protein S19  76.92 
 
 
91 aa  147  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000716821  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3740  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  147  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.322308  normal  0.0163084 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03167  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00168585  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0397  ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000239806  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3611  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000298162  normal  0.0138376 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4639  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0583942  normal  0.0837365 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3799  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000135619  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0327  30S ribosomal protein S19  80.72 
 
 
92 aa  146  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000996601  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0409  30S ribosomal protein S19  80.72 
 
 
92 aa  146  8e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00176498  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3334  30S ribosomal protein S19  72.53 
 
 
91 aa  146  8e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761945  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03118  hypothetical protein  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00218529  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3510  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000924405  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3701  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000204541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0397  30S ribosomal protein S19  81.93 
 
 
92 aa  146  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000562623  hitchhiker  0.000267032 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0409  30S ribosomal protein S19  72.53 
 
 
91 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000987549  normal  0.134092 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0299  30S ribosomal protein S19  72.22 
 
 
90 aa  144  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00139488  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0395  30S ribosomal protein S19  73.63 
 
 
91 aa  143  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00895016  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>