More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0449 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0449  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245069  unclonable  0.000000302311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4754  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0069971  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0482  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  249  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00887343  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0479  30S ribosomal protein S12  99.19 
 
 
123 aa  247  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135027  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5084  30S ribosomal protein S12  99.19 
 
 
123 aa  246  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000372419  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0621  ribosomal protein S12  98.37 
 
 
123 aa  245  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0467971  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4553  30S ribosomal protein S12  98.37 
 
 
123 aa  245  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0662018 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3914  30S ribosomal protein S12  96.75 
 
 
123 aa  240  5e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.455657  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0832  30S ribosomal protein S12  95.12 
 
 
123 aa  238  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08790  30S ribosomal protein S12  95.12 
 
 
123 aa  238  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.762272  normal  0.0106283 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06190  30S ribosomal protein S12  95.12 
 
 
123 aa  238  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.529309  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0926  30S ribosomal protein S12  93.5 
 
 
123 aa  234  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000117239  hitchhiker  0.000768141 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4281  30S ribosomal protein S12  92.68 
 
 
124 aa  233  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000473434  unclonable  0.00000000000278938 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0416  30S ribosomal protein S12  91.06 
 
 
124 aa  231  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00364585  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0714  30S ribosomal protein S12  91.06 
 
 
124 aa  229  7.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000249505  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2174  ribosomal protein S12  91.06 
 
 
125 aa  227  4e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.123269  normal  0.537249 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
125 aa  226  7e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03193  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000163524  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0371  ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.72822e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3816  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000929578  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0371  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000085622  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3716  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000501374  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3623  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000437781  hitchhiker  0.00102152 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4651  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000289179  normal  0.0331168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3644  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000993601  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3718  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  0.0746879 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03144  hypothetical protein  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000164791  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3645  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000185964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3759  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000474528  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3811  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000707874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3538  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.3416399999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3753  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00207543  normal  0.0353577 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0398  ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  221  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000213628  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0290  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
124 aa  221  4e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000638987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  87.8 
 
 
124 aa  220  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00698  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  220  4.9999999999999996e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000175527  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002297  SSU ribosomal protein S12p (S23e)  86.18 
 
 
124 aa  219  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000970736  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0310  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  219  7e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00417807  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00057  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  219  7e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3678  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  219  9e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000880258  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3921  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  219  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012429  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0275  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  219  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000516158  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1647  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  219  9e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000349263  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0316  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  219  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000103775  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0389  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
126 aa  219  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0364  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
126 aa  219  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4551  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  218  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187962  normal  0.158783 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4010  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  218  3e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000175361  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3830  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  218  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0318  ribosomal protein S12  86.18 
 
 
125 aa  217  3.9999999999999997e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000292606  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0600  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
124 aa  217  5e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00583114  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0400  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  216  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000378884  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3440  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  216  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000139403  hitchhiker  0.000104981 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2771  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  216  7.999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000785263  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2329  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  214  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000396371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0165  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000589821  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0143  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000877595  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
125 aa  214  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3764  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  213  5e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000216882  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0179  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  213  7e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00020988  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  213  7e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1863  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  213  7e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000968975  normal  0.252117 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0194  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  213  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00424917  hitchhiker  0.000000186467 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4322  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  213  9e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00668981  unclonable  0.000000000093676 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4695  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  213  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00310742  unclonable  0.0000000329491 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2377  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  212  9.999999999999999e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00376879  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1897  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  213  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000113502  normal  0.324769 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2187  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  213  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000672266  normal  0.0265681 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0492  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  212  9.999999999999999e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0226  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0762  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
125 aa  212  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0194  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0259871  hitchhiker  0.00000480785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0189  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.019095  decreased coverage  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0208  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000137299  unclonable  0.00000763444 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4061  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000816625  hitchhiker  0.00000101857 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1859  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
140 aa  211  2.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000297311  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0191  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00539976  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4465  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0153  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144977  decreased coverage  0.0000385897 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0195  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00503179  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  210  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  210  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  211  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  210  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  209  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0453  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  209  7.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3861  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  209  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0332  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  209  1e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.75443e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  207  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2104  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
154 aa  207  3e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  207  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  207  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  207  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  207  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  207  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  207  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  207  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  207  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  207  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  206  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>