More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0384 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0384  AsnC family transcriptional regulator  100 
 
 
153 aa  303  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.567754  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0408  AsnC family transcriptional regulator  98.69 
 
 
153 aa  299  9e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185418  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0412  AsnC family transcriptional regulator  98.69 
 
 
153 aa  299  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4819  AsnC family transcriptional regulator  88.24 
 
 
153 aa  271  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.852338 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4666  helix-turn-helix, Fis-type  84.97 
 
 
153 aa  261  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5153  AsnC family transcriptional regulator  85.62 
 
 
153 aa  259  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0519  transcriptional regulator, AsnC family  85.52 
 
 
146 aa  250  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81189  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1244  AsnC family transcriptional regulator  65.33 
 
 
152 aa  201  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1534  AsnC family transcriptional regulator  64.67 
 
 
154 aa  197  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0972  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
153 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.109068  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2273  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
153 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2141  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
193 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.420686  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2085  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
193 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295765  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1646  AsnC family transcriptional regulator  64 
 
 
154 aa  194  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2305  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
295 aa  194  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5021  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
154 aa  193  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.933317  normal  0.0987272 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1738  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
154 aa  193  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.615742 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6354  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
154 aa  193  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1724  AsnC family transcriptional regulator  63.33 
 
 
154 aa  193  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1991  AsnC family transcriptional regulator  62.67 
 
 
152 aa  192  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158914  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2269  transcriptional regulator, AsnC family  62.67 
 
 
152 aa  192  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.921895  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1646  AsnC family transcriptional regulator  62.67 
 
 
154 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0270  AsnC family transcriptional regulator  55.32 
 
 
169 aa  161  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3052  AsnC family transcriptional regulator  53.9 
 
 
152 aa  156  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.430481  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2154  AsnC family transcriptional regulator  50.69 
 
 
151 aa  155  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3209  AsnC family transcriptional regulator  54.61 
 
 
149 aa  153  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3479  AsnC family transcriptional regulator  51.77 
 
 
159 aa  153  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623546  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5594  transcriptional regulator, AsnC family  50.35 
 
 
153 aa  152  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4332  AsnC family transcriptional regulator  48.3 
 
 
164 aa  145  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1845  transcriptional regulator, AsnC family  54.33 
 
 
148 aa  142  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.541256  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2036  AsnC family transcriptional regulator  54.33 
 
 
150 aa  142  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.279903  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2919  AsnC family transcriptional regulator  50.36 
 
 
154 aa  138  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608239  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3250  transcriptional regulator AsnC family  48.91 
 
 
153 aa  131  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4327  AsnC family transcriptional regulator  48.25 
 
 
143 aa  124  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1629  AsnC family transcriptional regulator  45.26 
 
 
142 aa  120  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.700582 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3713  AsnC family transcriptional regulator  46.76 
 
 
142 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3088  AsnC family transcriptional regulator  40.85 
 
 
143 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.296569 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0634  AsnC family transcriptional regulator  45.32 
 
 
149 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.11532  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1990  AsnC family transcriptional regulator  40.14 
 
 
143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.67489  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0700  AsnC family transcriptional regulator  40.14 
 
 
143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3942  AsnC family transcriptional regulator  47.14 
 
 
143 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00978947  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0596  AsnC family transcriptional regulator  44.6 
 
 
149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2541  AsnC family transcriptional regulator  46.43 
 
 
143 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3578  AsnC family transcriptional regulator  46.43 
 
 
143 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322121  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00527  transcriptional regulator AsnC/lrp family  45.26 
 
 
143 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3493  AsnC family transcriptional regulator  46.43 
 
 
143 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98557  normal  0.0180789 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1053  regulatory proteins, AsnC/Lrp  40.15 
 
 
142 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5312  AsnC family transcriptional regulator  46.43 
 
 
143 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1123  AsnC family transcriptional regulator  41.89 
 
 
148 aa  111  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338845  hitchhiker  0.00138165 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2322  AsnC family transcriptional regulator  41.55 
 
 
143 aa  107  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.810886  normal  0.405625 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1937  AsnC family transcriptional regulator  40.56 
 
 
143 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0162  AsnC family transcriptional regulator  39.42 
 
 
142 aa  107  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3892  AsnC family transcriptional regulator  39.16 
 
 
147 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2657  AsnC family transcriptional regulator  36.88 
 
 
142 aa  105  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00360  transcription regulator protein  42.03 
 
 
145 aa  105  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.164175  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2578  AsnC family transcriptional regulator  39.72 
 
 
156 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.522022  normal  0.412871 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0119  AsnC family transcriptional regulator  34.04 
 
 
142 aa  101  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1172  AsnC family transcriptional regulator  42.66 
 
 
152 aa  100  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3532  AsnC family transcriptional regulator  40.88 
 
 
140 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2241  AsnC family transcriptional regulator  40.88 
 
 
140 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2393  AsnC family transcriptional regulator  40.88 
 
 
140 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2673  AsnC family transcriptional regulator  38.69 
 
 
140 aa  97.4  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0122  AsnC family transcriptional regulator  42.75 
 
 
175 aa  97.1  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5648  AsnC family transcriptional regulator  40.15 
 
 
140 aa  97.1  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.377862 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0593  transcriptional regulator, AsnC family  41.3 
 
 
143 aa  95.1  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0159  transcriptional regulator, AsnC family  30.87 
 
 
153 aa  92.4  2e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.288383  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2801  AsnC/Lrp family regulatory protein  39.13 
 
 
141 aa  92  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3029  transcriptional regulator, AsnC family  39.13 
 
 
141 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.698744 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2333  transcriptional regulator, AsnC family  35.66 
 
 
143 aa  90.5  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.073767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1252  AsnC family transcriptional regulator  35.77 
 
 
146 aa  90.1  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.244343  normal  0.0514931 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5843  putative transcriptional regulator, AsnC family  34.48 
 
 
158 aa  89.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.594324 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2925  transcriptional regulator, AsnC family  36.88 
 
 
141 aa  89  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.820892  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0688  AsnC family transcriptional regulator  31.39 
 
 
155 aa  89  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000000313702  unclonable  0.000000226618 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1796  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
143 aa  87.8  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1063  transcriptional regulator, AsnC family  34.23 
 
 
158 aa  87.8  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1813  AsnC family transcriptional regulator  34.48 
 
 
182 aa  87.4  6e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.401161  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4365  AsnC family transcriptional regulator  35.51 
 
 
153 aa  87  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1958  transcriptional regulator, AsnC family  34.25 
 
 
155 aa  86.3  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0996907 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4681  AsnC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
140 aa  86.7  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0579  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
156 aa  85.9  2e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000436  transcriptional regulator  30.5 
 
 
150 aa  84.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.183617  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1179  transcriptional regulator, AsnC family  31.54 
 
 
149 aa  84.7  4e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  hitchhiker  0.000178537 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05858  transcriptional regulator  30.5 
 
 
150 aa  83.6  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3770  AsnC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
141 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3107  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
154 aa  82  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.515902  hitchhiker  0.0000662993 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5004  transcriptional regulator, AsnC family  35.66 
 
 
162 aa  82.8  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.38701  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0417  AsnC family transcriptional regulator  38.3 
 
 
153 aa  82.8  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3176  transcriptional regulator, AsnC family  31.08 
 
 
156 aa  82.4  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000000237369  hitchhiker  0.000000000657439 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2890  AsnC family transcriptional regulator  32.12 
 
 
144 aa  82  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2039  AsnC family transcriptional regulator  37.06 
 
 
145 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.480764  normal  0.558444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3916  transcriptional regulator, AsnC family  33.09 
 
 
145 aa  81.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.94143 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1915  putative transcriptional regulator, AsnC family  33.56 
 
 
157 aa  81.3  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.513338 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1166  AsnC family transcriptional regulator  32.86 
 
 
143 aa  80.9  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0224688 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3210  transcriptional regulator, AsnC family  32.61 
 
 
161 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0400  AsnC family transcriptional regulator  34.31 
 
 
141 aa  80.9  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.326976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1050  AsnC family transcriptional regulator  31.88 
 
 
143 aa  80.9  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.751551  normal  0.0115287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3545  AsnC family transcriptional regulator  30.15 
 
 
157 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.696559  normal  0.12592 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2259  transcriptional regulator, AsnC family  31.72 
 
 
149 aa  79.7  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000534286  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1462  AsnC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
144 aa  79.7  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.946993 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0614  AsnC family transcriptional regulator  41.3 
 
 
143 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>