More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0220 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0220  ABC transporter ATP-binding protein  100 
 
 		 369 aa  736    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.333916  hitchhiker  0.00688358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4992  ABC transporter related  89.95 
 
 		 369 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0244  ABC transporter related  95.65 
 
 		 369 aa  701    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.177795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0235  ABC transporter related  98.91 
 
 		 369 aa  728    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0236  ABC transporter-like  71.87 
 
 		 374 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0350  ABC transporter  70.51 
 
 		 376 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100794  normal  0.782008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5188  D-methionine ABC transporter, ATP-binding protein  71.93 
 
 		 343 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2365  ABC transporter related  70.64 
 
 		 365 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0817479  hitchhiker  0.00312127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31520  ABC transporter, ATP-binding component  66.47 
 
 		 385 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.100251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34270  putative ATP-binding component of ABC transporter  64.47 
 
 		 369 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00850133 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2912  ABC transporter ATP-binding protein  64.47 
 
 		 366 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.702011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2681  ABC transporter related  58.43 
 
 		 372 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3029  ABC transporter related  56.85 
 
 		 394 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193089  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5337  ABC transporter related  56.85 
 
 		 394 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.874002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1781  ABC transporter related  60.76 
 
 		 397 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.337928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5216  ABC transporter related  58.4 
 
 		 391 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.329969 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0311  ABC metal ion transporter, ATPase subunit  59.66 
 
 		 398 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4931  ABC transporter related  57.99 
 
 		 392 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247063  normal  0.893842 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4687  ABC transporter related  57.69 
 
 		 391 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00669309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3393  ABC transporter related  58.97 
 
 		 391 aa  371  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.671185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4225  ABC transporter related  59.88 
 
 		 384 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00831393 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7234  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  56.69 
 
 		 384 aa  361  9e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.235387  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0853  ABC methionine transporter, ATPase subunit  53.76 
 
 		 386 aa  355  5e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00389788  hitchhiker  0.00726443 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4539  ABC transporter related  53.66 
 
 		 386 aa  352  7e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.342354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5613  ABC transporter related  55.59 
 
 		 388 aa  330  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.309158  normal  0.370742 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3856  DL-methionine transporter subunit  66 
 
 		 274 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1867  ABC transporter, ATP-binding protein  54.99 
 
 		 380 aa  329  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0621935  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1439  ABC transporter, ATP-binding protein  54.19 
 
 		 361 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0448  methionine ABC transporter ATP-binding protein  54.7 
 
 		 404 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0546  methionine ABC transporter ATP-binding protein  54.21 
 
 		 405 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0858  methionine ABC transporter ATP-binding protein  54.42 
 
 		 404 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2174  methionine ABC transporter ATP-binding protein  54.42 
 
 		 404 aa  325  5e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1395  ABC transporter related  53.05 
 
 		 337 aa  314  9.999999999999999e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1447  ABC transporter related  53.08 
 
 		 342 aa  312  6.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513841  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0961  ABC transporter, ATP-binding protein  51.22 
 
 		 352 aa  306  4.0000000000000004e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0902  ABC transporter, ATP-binding protein  51.22 
 
 		 352 aa  306  4.0000000000000004e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.693076  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3160  ABC transporter related  54.34 
 
 		 337 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1103  D-methionine ABC transporter, ATP-binding protein  50.15 
 
 		 344 aa  305  9.000000000000001e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0563  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.26 
 
 		 356 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7230  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  52.74 
 
 		 355 aa  301  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.983063  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2785  ABC transporter related  47.16 
 
 		 359 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2419  ABC transporter component  58.4 
 
 		 258 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5160  ABC transporter related  48.14 
 
 		 388 aa  295  8e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4491  ABC transporter related  47.99 
 
 		 387 aa  294  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.565642  normal  0.031599 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1610  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  48.52 
 
 		 368 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2457  ABC transporter related  46.69 
 
 		 368 aa  293  4e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2430  hypothetical protein  45.99 
 
 		 345 aa  291  9e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0121441  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3225  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  48.52 
 
 		 382 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.384288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2604  ABC transporter related  49.56 
 
 		 354 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2926  ABC transporter related  47.69 
 
 		 342 aa  290  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000015869  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0291  ABC transporter-related protein  44.15 
 
 		 339 aa  291  2e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2298  ABC transporter related  49.85 
 
 		 338 aa  290  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1769  ABC transporter related  46.77 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000333241  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004238  methionine ABC transporter ATP-binding protein  45.78 
 
 		 344 aa  289  4e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3485  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  52.06 
 
 		 335 aa  289  6e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.762526 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0358  ABC transporter, ATP-binding protein  44.15 
 
 		 339 aa  288  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0788  ABC transporter component  49.24 
 
 		 351 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0886  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  44.28 
 
 		 344 aa  287  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03093  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  52.7 
 
 		 335 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0281  ABC transporter, ATP-binding protein  44.15 
 
 		 339 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0297  ABC transporter ATP-binding protein  44.15 
 
 		 339 aa  286  4e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0312  ABC transporter ATP-binding protein  44.15 
 
 		 339 aa  286  4e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2652  ABC transporter related  44.62 
 
 		 340 aa  286  4e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0343  ABC transporter, ATP-binding protein  44.15 
 
 		 339 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1145  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  46.67 
 
 		 377 aa  286  5e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0341  ABC transporter, ATP-binding protein  43.86 
 
 		 339 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6508  ABC transporter related  49.85 
 
 		 362 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0292  ABC transporter related  43.57 
 
 		 339 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2100  ABC transporter related  47.52 
 
 		 347 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.182492  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0385  ABC transporter, ATP-binding protein  43.86 
 
 		 339 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3531  ABC transporter related protein  45.17 
 
 		 341 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0284  ABC transporter, ATP-binding protein  43.57 
 
 		 339 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1650  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 		 344 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2398  ABC transporter related  47.88 
 
 		 338 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4962  ABC transporter, ATP-binding protein  43.86 
 
 		 339 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6095  ABC transporter related  48.55 
 
 		 362 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.733778 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01202  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  45.83 
 
 		 344 aa  283  4.0000000000000003e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4306  ABC transporter related  45.11 
 
 		 377 aa  283  4.0000000000000003e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1681  ABC transporter related  46.9 
 
 		 338 aa  282  8.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000123006  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0759  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.69 
 
 		 344 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3079  ABC transporter related protein  47.04 
 
 		 342 aa  280  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5129  ABC transporter, ATP-binding protein  45.85 
 
 		 397 aa  280  2e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00382216  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1512  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.2 
 
 		 348 aa  281  2e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2345  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.2 
 
 		 348 aa  281  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0429  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 		 344 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1487  ABC transporter related  46.25 
 
 		 340 aa  280  3e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000017469  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0414  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.39 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1230  ABC transporter related  42.06 
 
 		 347 aa  280  3e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2980  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.39 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0215  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.39 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2931  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.39 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2558  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.39 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0934  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.39 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2870  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  49.39 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3281  DL-methionine transporter ATP-binding subunit  46.7 
 
 		 355 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.48827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0575  methionine import ATP-binding protein MetN 2  48.94 
 
 		 338 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.351467 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0560  methionine import ATP-binding protein MetN 2  48.94 
 
 		 338 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0565  methionine import ATP-binding protein MetN 2  48.94 
 
 		 338 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0558  methionine import ATP-binding protein MetN 2  48.94 
 
 		 338 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0111  ABC transporter, ATP-binding protein  45.85 
 
 		 341 aa  279  5e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000413393  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>