More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0034 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0048  ribonuclease III  100 
 
 		 327 aa  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.122518  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0034  ribonuclease III  100 
 
 		 327 aa  676    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000405875 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0048  ribonuclease III  100 
 
 		 327 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.650268  hitchhiker  0.000105467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0051  ribonuclease III  100 
 
 		 327 aa  676    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.106494 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02791  hypothetical protein  43.18 
 
 		 346 aa  273  3e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0713  glycosyl transferase  40.25 
 
 		 343 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4251  glycosyl transferase family protein  40.4 
 
 		 339 aa  246  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  unclonable  0.0000000143866 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4457  glycosyl transferase family 2  40 
 
 		 335 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0135  glycosyl transferases-like  41.64 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0498044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1943  glycosyl transferase family 2  39.44 
 
 		 322 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  0.190394 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6128  glycosyltransferase  41.39 
 
 		 367 aa  235  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.286179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2219  glycosyl transferase family 2  42.17 
 
 		 327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.660827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63710  putative glycosyl transferase  44.63 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.151497  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1863  glycosyl transferase, group 2 family protein  40.82 
 
 		 332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0609042  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0724  glycosyl transferase family protein  42.24 
 
 		 347 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.54019  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2174  glycosyl transferase family 2  40.59 
 
 		 350 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2359  glycosyl transferase family protein  39.29 
 
 		 319 aa  231  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00260932 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0288  glycosyl transferase family protein  40.97 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1452  glycosyl transferase family 2  40.12 
 
 		 334 aa  229  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.411296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4438  glycosyl transferase family 2  40.46 
 
 		 330 aa  229  5e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5538  putative glycosyl transferase  43.96 
 
 		 324 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.200424  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0394  glycosyl transferase family 2  40.26 
 
 		 311 aa  228  8e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0385  glycosyl transferase family 2  40.26 
 
 		 311 aa  228  8e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01670  SfII prophage-derived bactoprenol glucosyl transferase  39.87 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0722504  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4500  glycosyl transferase family 2  40.13 
 
 		 330 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.12555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1776  glycosyl transferase  40.25 
 
 		 320 aa  226  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4133  glycosyl transferase family 2  36.09 
 
 		 310 aa  226  6e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000533827 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0132  glycosyl transferase family protein  40.06 
 
 		 383 aa  224  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0409142  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2662  glycosyl transferase family protein  38.02 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.562323  normal  0.531483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3629  glycosyl transferase family protein  39.13 
 
 		 345 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0149  glycosyl transferase  39.75 
 
 		 337 aa  223  4e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.70371  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2876  glycosyl transferase family protein  41.21 
 
 		 334 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0399631 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1751  glycosyl transferase family 2  38.61 
 
 		 373 aa  222  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.357367 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5968  glycosyltransferase  38.61 
 
 		 373 aa  222  9e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0337928  hitchhiker  0.00941907 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2398  hypothetical protein  38.11 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1379  glycosyl transferase family protein  40.79 
 
 		 340 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.603449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1173  glycosyl transferase family 2  40.19 
 
 		 319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000473476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0350  glycosyl transferase family protein  39.14 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.319839  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3094  glycosyl transferase family protein  35.74 
 
 		 324 aa  219  5e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000830791  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2543  hypothetical protein  37.79 
 
 		 319 aa  218  7.999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2876  glycosyl transferase family 2  38.94 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2346  glycosyl transferase family protein  37.7 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1307  glycosyl transferase family 2  37.75 
 
 		 321 aa  216  4e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.235499  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3938  ribonuclease III  39.03 
 
 		 358 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2635  glycosyl transferase family protein  39.47 
 
 		 340 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3431  glycosyl transferase family protein  39.03 
 
 		 358 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411933  normal  0.446131 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4719  glycosyl transferase family protein  38.98 
 
 		 346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0656  glycosyl transferase family protein  40.72 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.453348 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3057  glycosyl transferase family 2  38.63 
 
 		 339 aa  213  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.187191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0539  glycosyl transferase family 2  39.24 
 
 		 357 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2872  glycosyl transferase family 2  36.18 
 
 		 336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1679  glycosyl transferase family protein  38.02 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0600  glycosyl transferase family 2  40.26 
 
 		 337 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.755696 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2576  glycosyl transferase family 2  39.14 
 
 		 356 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1844  glycosyl transferase family protein  39.12 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000858357 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0804  glycosyl transferase family protein  36.51 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4310  glycosyl transferase family 2  36.33 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3500  ribonuclease III  39.35 
 
 		 365 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102768 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2260  bactoprenol glucosyl transferase  38.39 
 
 		 353 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1303  glycosyl transferase, group 2 family protein  38.51 
 
 		 353 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3075  glycosyl transferase, group 2 family protein  38.51 
 
 		 353 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.34037  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2949  glycosyl transferase, group 2 family protein  38.51 
 
 		 353 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5988  ribonuclease III  39.03 
 
 		 347 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6284  glycosyl transferase family protein  39.03 
 
 		 347 aa  209  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0178243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0192  putative glycosyl transferase family protein  39.22 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8842  glycosyl transferase family 2  36.45 
 
 		 387 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4342  glycosyl transferase family protein  39.03 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4024  glycosyl transferase family protein  39.03 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2047  glycosyl transferase family protein  38.05 
 
 		 359 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0225457  normal  0.0522256 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0800  glycosyl transferase family protein  37.66 
 
 		 366 aa  205  7e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.985817 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3592  glycosyl transferase family 2  33.44 
 
 		 341 aa  205  8e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663913 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7210  glycosyl transferase family protein  38.39 
 
 		 348 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.738535  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5287  glycosyl transferase, group 2 family protein  34.52 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5112  glycosyltransferase, group 2 family protein  34.52 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5528  glycosyl transferase, group 2 family protein  34.52 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5684  group 2 family glycosyl transferase  34.52 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1685  glycosyl transferase family protein  38.19 
 
 		 360 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543739 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5129  glycosyltransferase, group 2 family protein  33.77 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5303  glycosyl transferase family protein  37.91 
 
 		 339 aa  203  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00285782 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4119  glycosyl transferase family protein  37.89 
 
 		 347 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.527545  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0334  glycosyl transferase, group 2 family protein  36.04 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5508  glycosyl transferase family protein  38.22 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.465095  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0863  ribonuclease III  37.84 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5872  glycosyl transferase family protein  38.22 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146169  normal  0.2471 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1923  glycosyl transferase family 2  39.16 
 
 		 383 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3414  ribonuclease III  34.29 
 
 		 330 aa  200  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714089  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1513  ribonuclease III  34.95 
 
 		 330 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.01126 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0668  bactoprenol glucosyl transferase  36.94 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6381  glycosyl transferase family protein  37.9 
 
 		 347 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.35625  normal  0.721648 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0526  glycosyl transferase family 2  35.16 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0724  bactoprenol glucosyl transferase  37.18 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.459902 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0659  bactoprenol glucosyl transferase  36.77 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0603  bactoprenol glucosyl transferase  36.62 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.607961  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3950  glycosyl transferase family protein  35.37 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5901  glycosyl transferase family 2  37.79 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.389873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1307  Ribonuclease III  37.74 
 
 		 306 aa  197  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00145921  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1339  glycosyl transferase family 2  37.96 
 
 		 347 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0415  bactoprenol glucosyl transferase  37.18 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.81511  hitchhiker  0.00033312 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0655  bactoprenol glucosyl transferase  37.18 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1650  glycosyl transferase family protein  37.62 
 
 		 331 aa  197  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.402224  normal  0.30355 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>