More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0002 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0002  ParA family protein  100 
 
 
263 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442351  hitchhiker  0.000159031 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5304  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  100 
 
 
263 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301743  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5440  cobyrinic acid ac-diamide synthase  99.24 
 
 
263 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5209  cobyrinic acid ac-diamide synthase  98.48 
 
 
263 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5739  chromosome segregation ATPase  92.31 
 
 
265 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268007  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5130  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  90.49 
 
 
263 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5608  ParA family protein  89.35 
 
 
263 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4616  chromosome segregation ATPase  85.77 
 
 
262 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73350  chromosome partitioning protein Soj  83.85 
 
 
262 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937828  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6365  chromosome partitioning protein Soj  83.85 
 
 
262 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52250  chromosome partition ParA  80.23 
 
 
262 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4319  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.52 
 
 
262 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  hitchhiker  0.000000000127935 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4516  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.52 
 
 
262 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.518316  hitchhiker  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4374  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.52 
 
 
262 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0660919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4054  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  64.75 
 
 
262 aa  364  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4375  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.52 
 
 
262 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000180218  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4010  chromosome segregation ATPase  66.67 
 
 
266 aa  363  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3761  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  66.15 
 
 
261 aa  362  3e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.242844  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4139  chromosome segregation ATPase  65.5 
 
 
262 aa  362  3e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.422385  hitchhiker  0.000125967 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3653  ParA family protein  65.9 
 
 
262 aa  362  4e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.109435  hitchhiker  0.0000954297 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3934  chromosome segregation ATPase  65.5 
 
 
262 aa  361  6e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0378841  hitchhiker  0.00270556 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4026  chromosome segregation ATPase  65.5 
 
 
262 aa  361  6e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.270121  normal  0.883102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3965  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  64.37 
 
 
262 aa  360  1e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.168488  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4756  ParA family protein  66.27 
 
 
262 aa  360  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4495  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  63.22 
 
 
262 aa  359  3e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0475444  hitchhiker  0.00000632397 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3314  chromosome segregation ATPase  66.14 
 
 
264 aa  357  9.999999999999999e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0881849  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04092  transcriptional regulator of chromosome partitioning protein; ParA family protein; could be a protein tyrosine kinase  65.37 
 
 
264 aa  357  9.999999999999999e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4249  cobyrinic acid ac-diamide synthase  64.37 
 
 
262 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.261107  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3739  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  65.88 
 
 
257 aa  357  9.999999999999999e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.512562  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4907  cobyrinic acid ac-diamide synthase  65.48 
 
 
263 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000134549  normal  0.16741 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3854  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  64.75 
 
 
262 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.460282  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4471  cobyrinic acid ac-diamide synthase  66.01 
 
 
255 aa  353  1e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0387085  hitchhiker  0.00000000187699 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3884  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  67.19 
 
 
264 aa  352  2.9999999999999997e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0503158  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4304  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  64.31 
 
 
278 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.58378  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00431  chromosome partitioning ATPase  64.06 
 
 
257 aa  349  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2519  ParA family protein  63.04 
 
 
257 aa  348  4e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000399076  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002021  ParA family protein  63.67 
 
 
257 aa  347  9e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000141399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5045  parA family protein  60.92 
 
 
268 aa  343  2e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3355  chromosome segregation ATPase  61.87 
 
 
268 aa  343  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3068  chromosome partitioning protein, sporulation initiation inhibitor protein Soj  63.1 
 
 
265 aa  340  1e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0206  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  62.99 
 
 
256 aa  339  2.9999999999999998e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3504  chromosome segregation ATPase  61.57 
 
 
257 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.25082 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3326  putative chromosome partitioning protein PARA  61.18 
 
 
261 aa  338  7e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00529695  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2753  chromosome segregation ATPase  61.72 
 
 
262 aa  337  9e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00357509  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3521  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.23 
 
 
261 aa  335  3.9999999999999995e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000641788 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2878  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  65.35 
 
 
277 aa  335  5e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.504433  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3196  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.78 
 
 
261 aa  335  5.999999999999999e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0014  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  60.78 
 
 
256 aa  334  7e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000000386166  hitchhiker  0.000800579 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0017  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.61 
 
 
256 aa  332  3e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.405459  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3782  chromosome segregation ATPase  59.92 
 
 
257 aa  331  9e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000230675 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2439  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  62.99 
 
 
264 aa  330  1e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0305586  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0054  chromosome segregation ATPase  59.61 
 
 
256 aa  330  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2768  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  62.7 
 
 
270 aa  330  2e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00658923  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2596  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  63.89 
 
 
251 aa  329  3e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.711076  normal  0.122998 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0029  chromosome segregation ATPase  60 
 
 
256 aa  329  3e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.158889 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0048  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.61 
 
 
256 aa  328  6e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.627572  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0003  ParA family protein  63.71 
 
 
262 aa  327  9e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.458179  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3037  cobyrinic acid ac-diamide synthase  59.45 
 
 
256 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3318  sporulation initiation inhibitor protein Soj  59.06 
 
 
256 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2946  sporulation initiation inhibitor protein Soj  59.06 
 
 
256 aa  323  1e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.204641  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3365  sporulation initiation inhibitor protein Soj  59.06 
 
 
256 aa  323  1e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0188  chromosome partitioning protein ParA  59.06 
 
 
256 aa  323  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0507089  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3005  sporulation initiation inhibitor protein Soj  59.06 
 
 
256 aa  323  1e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3980  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain-containing protein  59.06 
 
 
256 aa  323  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0695491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4054  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain-containing protein  59.06 
 
 
256 aa  323  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1597  sporulation initiation inhibitor protein Soj  59.06 
 
 
256 aa  323  1e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00287402  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0076  chromosome segregation ATPase  59.52 
 
 
256 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0030  chromosome segregation ATPase  59.06 
 
 
263 aa  323  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0095  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.66 
 
 
259 aa  322  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.740552  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2960  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.66 
 
 
259 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0095  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.66 
 
 
259 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0049  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.65 
 
 
256 aa  322  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0066  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.73 
 
 
254 aa  321  8e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.808609 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0112  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.27 
 
 
259 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3903  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.66 
 
 
263 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3277  chromosome segregation ATPase  58.27 
 
 
259 aa  319  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.161475  normal  0.418275 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0096  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.66 
 
 
259 aa  319  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.560799  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0086  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.66 
 
 
259 aa  319  3e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.368871  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2806  chromosome segregation ATPase  59.52 
 
 
261 aa  318  5e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0253232  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2950  hypothetical protein  61.66 
 
 
256 aa  318  7.999999999999999e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2804  hypothetical protein  61.66 
 
 
256 aa  317  9e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02930  chromosome partitioning protein  60.47 
 
 
265 aa  317  1e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.7551  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4199  cobyrinic acid ac-diamide synthase  57.94 
 
 
256 aa  317  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000176763 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3083  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.18 
 
 
264 aa  316  3e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0561465  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0051  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  57.59 
 
 
261 aa  314  9e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0497583  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0048  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.75 
 
 
304 aa  314  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3966  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  62.07 
 
 
265 aa  312  3.9999999999999997e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1474  chromosome partitioning protein  58.66 
 
 
273 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1400  cobyrinic acid ac-diamide synthase  58.66 
 
 
273 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4105  chromosome segregation ATPase  58.8 
 
 
253 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000593766  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1066  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  56.03 
 
 
259 aa  306  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.293601  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0196  chromosome partitioning protein  61.66 
 
 
256 aa  290  1e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2127  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain-containing protein  61.26 
 
 
256 aa  288  5.0000000000000004e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2335  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  56.75 
 
 
259 aa  288  6e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000329559  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3293  chromosome segregation ATPase  55.95 
 
 
255 aa  288  9e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0307  hypothetical protein  51.36 
 
 
262 aa  286  2e-76  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.285877 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3413  chromosome segregation ATPase  53.75 
 
 
257 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0106  chromosome segregation ATPase  53.2 
 
 
256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00135842  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23520  chromosome segregation ATPase  52.21 
 
 
249 aa  283  2.0000000000000002e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.502901  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2175  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  55.12 
 
 
255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000290082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>