More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_1689 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008819  NATL1_04021  30S ribosomal protein S1  98.92 
 
 		 369 aa  741    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1689  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 369 aa  748    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.781588  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22161  30S ribosomal protein S1  86.58 
 
 		 367 aa  629  1e-179  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03471  30S ribosomal protein S1  87.32 
 
 		 371 aa  603  1.0000000000000001e-171  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1867  30S ribosomal protein S1  84.11 
 
 		 367 aa  602  1.0000000000000001e-171  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.61448  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0468  30S ribosomal protein S1  92.28 
 
 		 386 aa  597  1e-169  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03361  30S ribosomal protein S1  78.02 
 
 		 363 aa  548  1e-155  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03371  30S ribosomal protein S1  80.63 
 
 		 363 aa  548  1e-155  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0318  30S ribosomal protein S1  80.34 
 
 		 366 aa  546  1e-154  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.721162  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03451  30S ribosomal protein S1  79.35 
 
 		 363 aa  541  1e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1505  30S ribosomal protein S1  80.07 
 
 		 343 aa  481  1e-135  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000040832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4663  30S ribosomal protein S1  77.47 
 
 		 390 aa  481  1e-135  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0608752  decreased coverage  0.00279875 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4111  RNA-binding S1 domain-containing protein  80.28 
 
 		 341 aa  480  1e-134  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3072  30S ribosomal protein S1  78.97 
 
 		 331 aa  476  1e-133  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4028  30S ribosomal protein S1  77.32 
 
 		 321 aa  476  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.861757  hitchhiker  0.00019437 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3048  30S ribosomal protein S1  78.97 
 
 		 331 aa  476  1e-133  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00340355  normal  0.25508 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3490  30S ribosomal protein S1  76.79 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0694  30S ribosomal protein S1  76.68 
 
 		 307 aa  471  1e-132  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000685189  normal  0.456587 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36339  Plastid ribosomal protein S1, imported to chloroplast, small ribosomal subunit  48.66 
 
 		 339 aa  292  5e-78  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10847  predicted protein  48.93 
 
 		 284 aa  288  9e-77  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.695244  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0430  RNA binding S1 domain protein  40.8 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.930952 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0419  RNA binding S1 domain protein  40.8 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2933  RNA-binding S1 domain-containing protein  41.96 
 
 		 301 aa  239  6.999999999999999e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.768911  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2502  SSU ribosomal protein S1P  39.51 
 
 		 304 aa  232  6e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0230802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3732  SSU ribosomal protein S1P  40.43 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000110633  normal  0.180719 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3643  RNA binding S1 domain protein  41.22 
 
 		 292 aa  219  8.999999999999998e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.686885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1211  RNA binding S1 domain protein  37.94 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1637  RNA binding S1  38.16 
 
 		 412 aa  207  2e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.397933  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07751  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  39.55 
 
 		 481 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.761988 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0726  SSU ribosomal protein S1P  37.59 
 
 		 424 aa  204  1e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05331  30S ribosomal protein S1-like protein B, putative Nbp1  35.4 
 
 		 416 aa  202  9e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.422935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1861  SSU ribosomal protein S1P  37.74 
 
 		 431 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0931144  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05861  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  37.74 
 
 		 465 aa  202  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1591  RNA binding S1  35.66 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.762694 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05941  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  36.98 
 
 		 408 aa  189  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05561  30S ribosomal protein S1-like protein B, putative Nbp1  32.12 
 
 		 401 aa  186  8e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.748166  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05861  30S ribosomal protein S1 protein B, putative Nbp1  34.48 
 
 		 401 aa  183  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.974619  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0530  SSU ribosomal protein S1P  33.96 
 
 		 404 aa  176  6e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  34.83 
 
 		 491 aa  175  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4287  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.25 
 
 		 393 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000310337  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  36.12 
 
 		 500 aa  172  9e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  33.22 
 
 		 479 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  33.22 
 
 		 479 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  33.22 
 
 		 479 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 500 aa  171  2e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  33.22 
 
 		 481 aa  171  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  35.69 
 
 		 485 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  36.36 
 
 		 490 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  33.22 
 
 		 481 aa  171  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  32.87 
 
 		 481 aa  170  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  34.7 
 
 		 491 aa  171  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  34.7 
 
 		 491 aa  171  3e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0934  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.89 
 
 		 388 aa  170  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000731277  normal  0.167396 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  35.83 
 
 		 490 aa  169  5e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  34.17 
 
 		 487 aa  169  6e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  35.19 
 
 		 487 aa  169  7e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  35.45 
 
 		 495 aa  169  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  34.15 
 
 		 515 aa  169  8e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  32.66 
 
 		 427 aa  169  9e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  35.36 
 
 		 480 aa  169  9e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  34.31 
 
 		 485 aa  168  1e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 492 aa  168  1e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  34.6 
 
 		 496 aa  167  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  32.87 
 
 		 493 aa  167  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  34.63 
 
 		 495 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  34.6 
 
 		 485 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  32.76 
 
 		 499 aa  167  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  34.17 
 
 		 418 aa  167  2.9999999999999998e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  33.22 
 
 		 496 aa  166  8e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3713  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.06 
 
 		 397 aa  165  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000276005  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1112  RNA binding S1 domain protein  32.66 
 
 		 397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000019918  unclonable  0.0000000535173 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  35.47 
 
 		 403 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  34.59 
 
 		 488 aa  164  3e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  37.55 
 
 		 405 aa  164  3e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  34.07 
 
 		 492 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  34.21 
 
 		 492 aa  162  6e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  34.21 
 
 		 493 aa  163  6e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  32.51 
 
 		 488 aa  162  7e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  35.77 
 
 		 400 aa  161  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  32.39 
 
 		 493 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.07 
 
 		 403 aa  160  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.96 
 
 		 411 aa  159  8e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  33.92 
 
 		 493 aa  159  9e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  33.21 
 
 		 488 aa  158  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  33.92 
 
 		 493 aa  159  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  30.31 
 
 		 529 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  32.49 
 
 		 686 aa  156  6e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  34.78 
 
 		 505 aa  156  6e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  34.66 
 
 		 382 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  36.75 
 
 		 705 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  35 
 
 		 678 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  35.32 
 
 		 507 aa  153  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  34.17 
 
 		 382 aa  151  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  33.45 
 
 		 382 aa  151  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  35.94 
 
 		 736 aa  150  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  33.81 
 
 		 382 aa  149  7e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  33.81 
 
 		 382 aa  149  8e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  33.45 
 
 		 382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  30.03 
 
 		 587 aa  148  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  32.31 
 
 		 415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>