More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_0413 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007335  PMN2A_0413  NAD-dependent DNA ligase  100 
 
 
210 aa  430  1e-120  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11091  hypothetical protein  98.5 
 
 
200 aa  404  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240586 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12471  NAD-dependent DNA ligase N-terminus  30.15 
 
 
251 aa  99.8  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07431  NAD-dependent DNA ligase N-terminus  30.85 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  decreased coverage  0.000724415  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07411  NAD-dependent DNA ligase  30.85 
 
 
249 aa  94  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0424  NAD-dependent DNA ligase N-terminus  29.8 
 
 
228 aa  89.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.609704  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11221  NAD-dependent DNA ligase N-terminus  29.8 
 
 
228 aa  90.1  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.587962  hitchhiker  0.00568947 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15231  NAD-dependent DNA ligase N-terminus  34.13 
 
 
249 aa  88.6  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.303288  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15631  NAD-dependent DNA ligase N-terminus  28.28 
 
 
249 aa  87  2e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.637267  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15481  NAD-dependent DNA ligase N-terminus  27.78 
 
 
249 aa  86.3  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.264953  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0694  NAD-dependent DNA ligase  29.15 
 
 
249 aa  85.1  6e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1227  DNA ligase, NAD-dependent  29.76 
 
 
656 aa  72.4  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  29.47 
 
 
684 aa  69.3  0.00000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  29.27 
 
 
685 aa  68.2  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  27.5 
 
 
670 aa  67  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  27.72 
 
 
690 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  26.47 
 
 
670 aa  67  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  24.89 
 
 
671 aa  65.9  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  24.89 
 
 
671 aa  65.9  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1279  NAD-dependent DNA ligase  27.96 
 
 
690 aa  65.5  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.880494  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  26 
 
 
670 aa  65.5  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  28.92 
 
 
689 aa  64.3  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2205  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.57 
 
 
680 aa  64.3  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  27.72 
 
 
690 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  27.72 
 
 
691 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21501  NAD-dependent DNA ligase  28.37 
 
 
690 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.786913 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.37 
 
 
669 aa  63.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  28.44 
 
 
678 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  26 
 
 
690 aa  62.8  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.21 
 
 
670 aa  62.4  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  29.7 
 
 
667 aa  62  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  25.49 
 
 
670 aa  62  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.02 
 
 
660 aa  62  0.000000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  25.25 
 
 
685 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.5 
 
 
671 aa  61.6  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  25.25 
 
 
685 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  26.9 
 
 
668 aa  61.6  0.000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1509  DNA ligase  25.11 
 
 
741 aa  61.6  0.000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.75863  normal  0.655718 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  25.74 
 
 
685 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  26.13 
 
 
665 aa  61.2  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.5 
 
 
671 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4355  DNA ligase, NAD-dependent  25.68 
 
 
701 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0664546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.5 
 
 
671 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.5 
 
 
671 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.7 
 
 
676 aa  61.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18071  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.13 
 
 
697 aa  61.2  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.113319  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.5 
 
 
671 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  27.09 
 
 
669 aa  60.1  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.57 
 
 
679 aa  60.5  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.85 
 
 
669 aa  60.1  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0473  DNA ligase, NAD-dependent  24.62 
 
 
686 aa  60.5  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  25.5 
 
 
663 aa  60.8  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5111  DNA ligase, NAD-dependent  28.64 
 
 
695 aa  59.7  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246917  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  24.88 
 
 
669 aa  59.7  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  25.64 
 
 
668 aa  59.7  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2316  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.81 
 
 
774 aa  59.7  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.444372  normal  0.080689 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.78 
 
 
670 aa  59.3  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  26.57 
 
 
674 aa  58.9  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3160  DNA ligase, NAD-dependent  23.14 
 
 
708 aa  58.5  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.780726  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  26.7 
 
 
673 aa  58.5  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  28.02 
 
 
674 aa  58.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  26.32 
 
 
672 aa  58.5  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  27.27 
 
 
693 aa  58.5  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  26.46 
 
 
703 aa  58.2  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  23.08 
 
 
664 aa  57.4  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  28.02 
 
 
674 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2622  DNA ligase  26.13 
 
 
704 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.477478  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0712  DNA ligase, NAD-dependent  31.84 
 
 
668 aa  58.2  0.0000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  24.68 
 
 
670 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  26.29 
 
 
670 aa  57.8  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  27.32 
 
 
681 aa  57.8  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  28.18 
 
 
672 aa  57  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  26.18 
 
 
676 aa  57.4  0.0000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  26.6 
 
 
668 aa  57  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2840  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.12 
 
 
718 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229062  normal  0.0102416 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  24.55 
 
 
629 aa  57  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  24.12 
 
 
670 aa  57  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2579  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.12 
 
 
718 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  28.04 
 
 
732 aa  56.6  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  25.53 
 
 
567 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  28.64 
 
 
696 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  24.75 
 
 
675 aa  56.2  0.0000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.64 
 
 
671 aa  56.6  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  26.9 
 
 
667 aa  55.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1280  DNA ligase, NAD-dependent  25.63 
 
 
704 aa  56.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.334632 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  26.32 
 
 
672 aa  55.8  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  26.9 
 
 
667 aa  55.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  24.76 
 
 
685 aa  56.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  26.34 
 
 
731 aa  56.2  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1672  DNA ligase, NAD-dependent  26.34 
 
 
740 aa  55.8  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.672303  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  25.71 
 
 
673 aa  55.5  0.0000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  24.4 
 
 
671 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.53 
 
 
671 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.4 
 
 
671 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.53 
 
 
671 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  25.85 
 
 
681 aa  55.5  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29061  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.04 
 
 
696 aa  55.5  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  24.53 
 
 
671 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0937  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.12 
 
 
717 aa  55.5  0.0000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0205713  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  27.41 
 
 
684 aa  55.5  0.0000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>