More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_57110 on replicon NC_009043
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009043  PICST_57110  helicase of the Snf2/Rad54 family  100 
 
 
1093 aa  2243    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.795427  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02973  SNF2 family helicase/ATPase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08400)  43.62 
 
 
1107 aa  602  1e-170  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.644071  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02510  chromosome organization and biogenesis -related protein, putative  37.92 
 
 
939 aa  484  1e-135  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38436  predicted protein  36.27 
 
 
609 aa  314  6.999999999999999e-84  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.218294 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54139  predicted protein  35.59 
 
 
995 aa  310  8e-83  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30157  chromatin remodeling complex Adenosinetriphosphatase  34.84 
 
 
1222 aa  296  1e-78  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.986183 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83690  component of SWI/SNF global transcription activator complex  33.45 
 
 
1566 aa  291  3e-77  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0631887 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02030  hypothetical protein  34.77 
 
 
1558 aa  289  2e-76  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.456325  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12759  predicted protein  34.26 
 
 
956 aa  287  5.999999999999999e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0485802  normal  0.764276 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85702  Nuclear protein STH1/NPS1 (Chromatin structure remodeling complex protein STH1) (SNF2 homolog)  34.69 
 
 
1259 aa  287  7e-76  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.250535  normal 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_37662  predicted protein  35.26 
 
 
589 aa  285  4.0000000000000003e-75  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0801404  normal  0.0201777 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02278  catalytic subunit of the SWI/SNF chromatin remodeling complex (Eurofung)  33.16 
 
 
1407 aa  281  4e-74  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0444609  normal  0.871565 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_28551  imitation switch isoform 1, alias nucleosome remodeling factor 140 kDa subunit  32.87 
 
 
1023 aa  281  4e-74  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0148713  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39168  predicted protein  35.29 
 
 
522 aa  281  4e-74  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.129742  normal  0.87611 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01024  SNF2 family helicase/ATPase PasG, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G13010)  33.61 
 
 
868 aa  281  7e-74  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05643  SNF2 family helicase/ATPase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13460)  33.22 
 
 
1111 aa  278  5e-73  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_231  predicted protein  33.04 
 
 
970 aa  278  6e-73  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47011  predicted protein  32.92 
 
 
1431 aa  275  5.000000000000001e-72  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02010  transcription activator snf2l1, putative  33.89 
 
 
1096 aa  274  5.000000000000001e-72  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.606714  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90641  transcriptional regulator  33.98 
 
 
1414 aa  271  2.9999999999999997e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.104973  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK03090  helicase, putative  31.86 
 
 
926 aa  271  4e-71  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01255  chromodomain helicase (Chd1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G10290)  33.39 
 
 
1517 aa  266  2e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.959895  normal  0.880874 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_51604  predicted protein  35.92 
 
 
509 aa  263  1e-68  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI01070  transcription regulator, putative  32.24 
 
 
1519 aa  260  1e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_88824  transcriptional accessory protein involved in TBP (TATA-binding protein) regulation helicase MOT1  32.68 
 
 
1901 aa  258  6e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.44938  normal  0.674411 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40372  predicted protein  31.71 
 
 
663 aa  254  9.000000000000001e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1539  Non-specific serine/threonine protein kinase  33.58 
 
 
1091 aa  250  9e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00041445  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2620  SNF2-related protein  33.93 
 
 
1082 aa  250  9e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228348 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2687  SNF2-related protein  33.93 
 
 
1082 aa  249  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.846523  unclonable  0.000081012 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2795  SNF2-related protein  33.93 
 
 
1082 aa  249  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.320066 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1564  DEAD/DEAH box helicase-like  32.44 
 
 
1068 aa  248  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.666232  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0789  Non-specific serine/threonine protein kinase  32.97 
 
 
1069 aa  248  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.412315 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1651  Snf2 family protein  33.15 
 
 
1070 aa  248  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1144  SNF2-related protein  33.46 
 
 
1071 aa  247  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00377305  normal  0.635598 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1471  non-specific serine/threonine protein kinase  33.69 
 
 
1073 aa  247  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.698518  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1466  non-specific serine/threonine protein kinase  33.87 
 
 
1073 aa  247  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2881  Non-specific serine/threonine protein kinase  33.87 
 
 
1073 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.596708  hitchhiker  0.0027523 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0114  SNF2-related protein  32.56 
 
 
1080 aa  246  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1502  non-specific serine/threonine protein kinase  33.69 
 
 
1073 aa  245  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0430  Non-specific serine/threonine protein kinase  32.49 
 
 
1068 aa  244  5e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218151  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1368  SNF2-related protein  33.63 
 
 
1073 aa  244  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39246  ATPase component of a four subunit chromatin remodeling complex  31.8 
 
 
860 aa  241  4e-62  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200885  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01956  chromatin remodeling complex subunit (Chd3), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13440)  31.67 
 
 
1443 aa  241  5e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.801646 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1664  putative helicase  32.09 
 
 
1150 aa  241  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0566301 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0283  SNF2-related protein  31.31 
 
 
1062 aa  240  1e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4987  Non-specific serine/threonine protein kinase  31.94 
 
 
1155 aa  239  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.894116  normal  0.0382537 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04187  TBP associated factor (Mot1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G05830)  31.01 
 
 
1904 aa  238  4e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3506  non-specific serine/threonine protein kinase  33.03 
 
 
848 aa  238  4e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4580  Non-specific serine/threonine protein kinase  32.59 
 
 
982 aa  238  5.0000000000000005e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407175  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6251  SNF2-related protein  30.96 
 
 
959 aa  237  8e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971738  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1894  SNF2-related:helicase, C-terminal:SWIM Zn-finger  33.03 
 
 
914 aa  237  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.437669 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17728  predicted protein  34.4 
 
 
509 aa  236  1.0000000000000001e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.304466  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE04710  helicase, putative  31.15 
 
 
1848 aa  236  2.0000000000000002e-60  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2387  non-specific serine/threonine protein kinase  33.64 
 
 
1090 aa  235  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1300  SNF2-related protein  32.72 
 
 
1070 aa  235  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1072  SNF2-like protein  31.48 
 
 
1072 aa  234  7.000000000000001e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0884  SNF2-related protein  32.77 
 
 
1068 aa  234  7.000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00950493  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3870  SNF2-related:helicase, C-terminal:SWIM Zn-finger  33.27 
 
 
1091 aa  234  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_16262  predicted protein  31.71 
 
 
479 aa  234  9e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.201334  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2099  helicase/SNF2 family domain protein  33.09 
 
 
918 aa  233  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2215  non-specific serine/threonine protein kinase  32.96 
 
 
1110 aa  233  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00386976 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3404  Snf2 family protein  31.01 
 
 
1134 aa  231  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_15881  predicted protein  30.43 
 
 
1326 aa  231  6e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13093  predicted protein  32.18 
 
 
495 aa  230  1e-58  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0811  SNF2-related protein  30.68 
 
 
917 aa  230  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2228  SNF2-related  31.84 
 
 
1088 aa  230  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_11009  predicted protein  31.39 
 
 
535 aa  229  3e-58  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3931  SNF2-related  30.25 
 
 
1178 aa  228  4e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2833  SNF2-related protein  29.91 
 
 
991 aa  227  8e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07103  DNA repair protein Rhp26/Rad26, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03840)  29.89 
 
 
1193 aa  224  4.9999999999999996e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.183241  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0420  SNF2-related protein  31.27 
 
 
901 aa  224  6e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3472  SNF2-related protein  30.32 
 
 
1100 aa  224  9e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6180  SNF2-related protein  31.23 
 
 
1003 aa  223  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1766  non-specific serine/threonine protein kinase  31.52 
 
 
1055 aa  223  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0598  non-specific serine/threonine protein kinase  33.27 
 
 
898 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2839  SNF2-related  30.94 
 
 
902 aa  223  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0905  non-specific serine/threonine protein kinase  31.39 
 
 
1120 aa  222  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0464  Non-specific serine/threonine protein kinase  30.63 
 
 
1139 aa  222  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000898251  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0994  SNF2-related:helicase-like:Zinc finger, SWIM-type  31.18 
 
 
1142 aa  221  6e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.424079 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7277  non-specific serine/threonine protein kinase  30.2 
 
 
892 aa  221  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0554781 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1878  Snf2/Rad54 family helicase  31.78 
 
 
1084 aa  221  7.999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.456033  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2408  SNF2-related  29.28 
 
 
1163 aa  220  8.999999999999998e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.644608  normal  0.0402994 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1892  SNF2-related protein  32.03 
 
 
1161 aa  220  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.500803 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17234  predicted protein  29.47 
 
 
1769 aa  220  1e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.743892  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10043  ATPase (Eurofung)  29.6 
 
 
648 aa  219  2e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.282737  normal  0.199288 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0596  SNF2-related protein  30.91 
 
 
1250 aa  219  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.160311  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_56808  DNA dependent ATPase  28.8 
 
 
1067 aa  218  4e-55  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0205871 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3277  SNF2-related helicase  30.29 
 
 
1078 aa  218  4e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.65326 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3516  Non-specific serine/threonine protein kinase  30.29 
 
 
1160 aa  218  5e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0485319 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0285  Non-specific serine/threonine protein kinase  27.88 
 
 
1102 aa  217  8e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5226  non-specific serine/threonine protein kinase  30.51 
 
 
1021 aa  217  9e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1434  SNF2-related protein  29.91 
 
 
621 aa  216  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0748383  normal  0.519779 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09077  Helicase swr1 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5ARK3]  36.39 
 
 
1698 aa  215  3.9999999999999995e-54  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23220  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  29.74 
 
 
1110 aa  215  3.9999999999999995e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0176  SNF2-related protein  29.07 
 
 
777 aa  214  4.9999999999999996e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.461992 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1491  SNF2-related  32.32 
 
 
1126 aa  214  4.9999999999999996e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.318265  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4057  non-specific serine/threonine protein kinase  30.52 
 
 
931 aa  214  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.928236  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04590  conserved hypothetical protein  37.39 
 
 
1246 aa  214  7e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_16250  predicted protein  30.92 
 
 
1156 aa  214  9e-54  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3874  Non-specific serine/threonine protein kinase  30.23 
 
 
1261 aa  209  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.646878  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>