More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_37009 on replicon NC_009047
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009047  PICST_37009  general amino acid permease  100 
 
 
579 aa  1177    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.367656  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81453  general amino acid permease  54.73 
 
 
589 aa  644    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0498735 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68755  general amino acid permease  51.75 
 
 
599 aa  611  1e-173  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32180  general amino acid permease  50.09 
 
 
554 aa  586  1e-166  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.279338  normal  0.0497012 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_67826  general amino acid permease  56.42 
 
 
526 aa  580  1e-164  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.408905  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_78721  amino acid permease  51.08 
 
 
597 aa  563  1.0000000000000001e-159  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00834318 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05678  amino acid transporter (Eurofung)  46.8 
 
 
588 aa  542  1e-153  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.561321  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_29107  histidine permease  46.44 
 
 
529 aa  524  1e-147  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0754466 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89811  high-affinity glutamine permease  44.7 
 
 
568 aa  506  9.999999999999999e-143  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41966  general amino acid permease  44.25 
 
 
621 aa  469  1.0000000000000001e-131  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.668272 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28779  high-affinity glutamine permease  45.24 
 
 
564 aa  460  9.999999999999999e-129  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0302486 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01659  amino acid transporter (Eurofung)  45.23 
 
 
467 aa  393  1e-108  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00286365  normal 
 
 
-
 
NC_006682  CNM00800  amino acid transporter, putative  38.46 
 
 
575 aa  374  1e-102  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02468  amino acid transporter (Eurofung)  39.44 
 
 
533 aa  367  1e-100  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00270  amino acid transporter, putative  37.5 
 
 
572 aa  366  1e-100  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.102961  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82860  dicarboxylic amino acid permease  36.88 
 
 
583 aa  343  4e-93  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.916689  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06118  Amino acid transporter Fragment [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:B2M1L6]  37.26 
 
 
567 aa  342  9e-93  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.889854  normal  0.0238018 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_84246  arginine permease  34.52 
 
 
569 aa  332  1e-89  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.385569  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30939  arginine permease  34.93 
 
 
552 aa  329  9e-89  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0328856  normal  0.365315 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3635  amino acid permease-associated region  34.19 
 
 
527 aa  324  2e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4631  amino acid permease-associated region  36.02 
 
 
526 aa  324  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0464  lysine-specific permease  34.69 
 
 
520 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3450  amino acid permease-associated region  34.27 
 
 
526 aa  319  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1344  lysine-specific permease  34.15 
 
 
520 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0199  lysine-specific permease  34.15 
 
 
520 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2737  lysine-specific permease  34.15 
 
 
520 aa  318  2e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.279115  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0172  lysine-specific permease  34.15 
 
 
520 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1010  lysine-specific permease  34.15 
 
 
520 aa  318  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2594  lysine-specific permease  34.15 
 
 
520 aa  318  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00990  amino acid transporter  37.68 
 
 
500 aa  316  6e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0379  amino acid transporter  34.28 
 
 
526 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.139964  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4318  amino acid permease-associated region  34.25 
 
 
493 aa  313  3.9999999999999997e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.193493  normal  0.498738 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5271  amino acid permease-associated region  33.46 
 
 
526 aa  313  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.221406  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3096  amino acid permease-associated region  33.46 
 
 
526 aa  313  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552339  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4997  amino acid permease-associated region  33.65 
 
 
526 aa  312  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1245  amino acid permease family protein  34.79 
 
 
500 aa  311  2.9999999999999997e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000163371  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5011  amino acid permease-associated region  33 
 
 
514 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.677067 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1773  amino acid permease-associated region  35.46 
 
 
497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00284908  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1739  amino acid permease-associated region  35.46 
 
 
497 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000499031  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_11039  general amino acid permease  34.78 
 
 
518 aa  307  3e-82  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.154814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61250  APC family lysine-specific permease  34.02 
 
 
487 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.405295  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1489  amino acid permease-associated region  34.39 
 
 
511 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00379868  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5455  amino acid permease-associated region  32.59 
 
 
536 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.402528  normal  0.936054 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08279  basic amino acid transporter (Eurofung)  31.93 
 
 
527 aa  305  1.0000000000000001e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3599  amino acid permease-associated region  32.59 
 
 
511 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872031  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1448  amino acid permease-associated region  34.39 
 
 
511 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0115525  hitchhiker  0.00101809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5274  lysine-specific permease  33.47 
 
 
487 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1932  amino acid permease-associated region  33.95 
 
 
490 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00030899  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2396  amino acid transporter  34.83 
 
 
511 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.953097  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2247  amino acid permease-associated region  34.81 
 
 
496 aa  305  2.0000000000000002e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2176  lysine-specific permease  34.16 
 
 
488 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2856  amino acid permease-associated region  33.47 
 
 
488 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0658699  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3071  lysine-specific permease  33.95 
 
 
488 aa  303  7.000000000000001e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3715  amino acid permease-associated region  34.16 
 
 
538 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0410363 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4648  amino acid permease-associated region  34.16 
 
 
538 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3806  amino acid permease-associated region  34.47 
 
 
511 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.742871 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3102  lysine-specific permease  33.95 
 
 
488 aa  302  1e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00351231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2862  lysine-specific permease  33.95 
 
 
488 aa  301  3e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.456947  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3076  lysine-specific permease  33.95 
 
 
488 aa  301  3e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.121364  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2834  lysine specific permease  33.75 
 
 
488 aa  300  4e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2794  lysine specific permease  33.75 
 
 
488 aa  300  4e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.689488  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2757  lysine transporter  34.16 
 
 
489 aa  300  5e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.536752  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3085  lysine-specific permease  33.75 
 
 
488 aa  300  5e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3104  lysine-specific permease  33.54 
 
 
488 aa  300  6e-80  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108094  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0918  amino acid permease-associated region  36.09 
 
 
500 aa  300  6e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.171543  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2051  amino acid permease-associated region  33.68 
 
 
488 aa  299  8e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.111812  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3839  amino acid permease-associated region  35.48 
 
 
513 aa  299  9e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.766371  normal  0.301841 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1856  amino acid permease-associated region  33.27 
 
 
493 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.368764 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2670  lysine transporter  32.67 
 
 
503 aa  298  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2752  lysine transporter  32.67 
 
 
503 aa  298  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970075  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1537  lysine transporter  32.67 
 
 
503 aa  298  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.807023  normal  0.123045 
 
 
-
 
NC_006686  CND02430  amino acid transporter, putative  34.16 
 
 
548 aa  298  2e-79  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.297208  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1404  amino acid permease-associated region  34.19 
 
 
506 aa  298  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2141  amino acid transporter  35.66 
 
 
510 aa  298  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.654652  normal  0.109603 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1849  amino acid transporter  34.65 
 
 
479 aa  297  3e-79  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.682086  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05800  amino acid transporter, putative  35.12 
 
 
563 aa  297  4e-79  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1369  putative lysine-specific permease  34.21 
 
 
489 aa  296  6e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000742881  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3224  lysine transporter  33.82 
 
 
493 aa  296  7e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000298398 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1182  lysine-specific permease  34.21 
 
 
489 aa  296  7e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000326455  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1758  lysine-specific permease transmembrane protein  33.12 
 
 
512 aa  296  8e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101162  normal  0.222113 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3583  amino acid permease-associated region  34.99 
 
 
520 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.542229  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4637  amino acid permease-associated region  35.9 
 
 
509 aa  296  8e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.731379  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3945  amino acid permease-associated region  34.99 
 
 
520 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4422  amino acid permease-associated region  34.99 
 
 
520 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4928  lysine-specific permease  34.41 
 
 
510 aa  296  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.382341  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0954  lysine-specific permease  34.37 
 
 
496 aa  296  1e-78  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1658  lysine transporter  34.02 
 
 
491 aa  296  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0271465  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1500  amino acid permease-associated region  33.68 
 
 
491 aa  294  2e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00425052  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2418  lysine transporter  34.42 
 
 
490 aa  295  2e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2439  lysine transporter  34.48 
 
 
489 aa  294  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1929  lysine transporter  33.61 
 
 
491 aa  293  4e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.148093  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2549  lysine transporter  34.48 
 
 
489 aa  293  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163669 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2435  lysine transporter  34.48 
 
 
489 aa  293  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.101181 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2346  lysine transporter  34.48 
 
 
489 aa  293  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00075881  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2391  lysine transporter  34.48 
 
 
489 aa  293  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2303  lysine transporter  34.48 
 
 
489 aa  292  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0126674 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2453  lysine transporter  34.48 
 
 
489 aa  292  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02085  lysine transporter  34.48 
 
 
489 aa  292  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0635265  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1502  amino acid permease-associated region  34.48 
 
 
489 aa  292  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000366881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02044  hypothetical protein  34.48 
 
 
489 aa  292  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0708606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>