158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCAL_7 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  PCAL_7  tRNA-Arg  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.010437 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_6  tRNA-Arg  95.7 
 
 		 94 bp  153  8.999999999999999e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_0  tRNA-Arg  92.47 
 
 		 94 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_3  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_8  tRNA-Arg  90.43 
 
 		 94 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.79204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_10  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 78 bp  97.6  5e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  PCAL_4  tRNA-Lys  88.04 
 
 		 94 bp  95.6  2e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0532674 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0001  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.651067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0036  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.633015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0034  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0021  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.360576 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0027  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00420774  hitchhiker  0.0000150687 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0034  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0027  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.968088 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0033  tRNA-OTHER  100 
 
 		 98 bp  61.9  0.00000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0005  tRNA-OTHER  100 
 
 		 98 bp  61.9  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0008  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0194876  normal  0.882608 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  58  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  58  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0030  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.760789 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  58  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  56  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 80 bp  56  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 79 bp  56  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0001  tRNA-OTHER  96.77 
 
 		 98 bp  54  0.000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0811775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0045  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.249789 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0028  tRNA-OTHER  96.77 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000246213 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  54  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0020  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0029  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00115694  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0040  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.661464  hitchhiker  0.0000879928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0043  tRNA-Thr  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 74 bp  50.1  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 79 bp  50.1  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 79 bp  50.1  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0024  tRNA-OTHER  96.43 
 
 		 98 bp  48.1  0.0004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0359457 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>