More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_R0089 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0087  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0089  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.944852  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.913906  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0023  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0022  tRNA-Leu  98.85 
 
 
87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.964381  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4273  tRNA-Leu  97.7 
 
 
89 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.901226  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0035  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761901  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0841  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0036  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777471  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4274  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  97.7 
 
 
87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0067  tRNA-Leu  97.7 
 
 
86 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0010  tRNA-Leu  97.7 
 
 
86 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000415832  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0074  tRNA-Leu  97.7 
 
 
86 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  96.55 
 
 
89 bp  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0068  tRNA-Leu  97.7 
 
 
86 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  96.55 
 
 
89 bp  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000650666  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0076  tRNA-Leu  96.55 
 
 
86 bp  141  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000898834  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0069  tRNA-Leu  96.55 
 
 
86 bp  141  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000360062  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0003  tRNA-Leu  96.55 
 
 
86 bp  141  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172421  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0075  tRNA-Leu  96.55 
 
 
86 bp  141  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  95.4 
 
 
87 bp  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1772  tRNA-Leu  97.18 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1768  tRNA-Leu  97.18 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000175454  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  97.18 
 
 
86 bp  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  90.8 
 
 
87 bp  109  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  94.2 
 
 
87 bp  105  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  94.2 
 
 
87 bp  105  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  93.94 
 
 
87 bp  99.6  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0185  tRNA-Leu  90.24 
 
 
89 bp  93.7  6e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  89.86 
 
 
87 bp  81.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  89.71 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  97.62 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  97.62 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  89.39 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  89.39 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  97.56 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>