65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_R0054 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2583  tRNA-Arg  98.53 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.464864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0058  tRNA-Arg  98.53 
 
 		 75 bp  127  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.794524  normal  0.203632 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2637  tRNA-Arg  98.53 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.576799  hitchhiker  0.0000000000000106236 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2623  tRNA-Arg  98.53 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.655713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2534  tRNA-Arg  98.53 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2748  tRNA-Arg  98.53 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0366523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3581  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000214954 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00038  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2782  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2508  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0042  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.113086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5046  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4678  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  119  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0037  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 75 bp  119  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.111991  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0048  tRNA-Arg  98.21 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0481693  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0045  tRNA-Arg  98.21 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.971027  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0041  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.540333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0019  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0397  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0993004 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0074  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4227  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.232247  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0050  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385714  normal  0.536973 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t62  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0035  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.150876  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0035  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0045  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.350958 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0050  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.130666  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0042  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.284385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0040  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0067  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00807797  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0109  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0292794  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0009  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0033  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0146556 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60480  tRNA-Arg  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0054  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.629093 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1143  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000739144  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0077  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1291  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0929  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0164409  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2639  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.993285  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0049  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0063  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.17064 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0069  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0069  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1010  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0476936  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0042  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1126  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0253785  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0017  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.034948 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0067  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1133  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.168397  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0137  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0069  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14016  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0012  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0019  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.240544  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0021  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.223041  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0022  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664923  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000017876  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0058  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0029  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00185002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0009  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0023  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0551  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>