136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4201 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_4201  UspA domain protein  100 
 
 
145 aa  296  7e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4484  UspA domain protein  99.31 
 
 
145 aa  295  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4035  universal stress protein A  94.44 
 
 
148 aa  281  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4090  universal stress protein A  94.44 
 
 
148 aa  281  2.0000000000000002e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0120  UspA domain-containing protein  93.75 
 
 
148 aa  279  8.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.792174  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03344  universal stress global response regulator  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.134289  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0220  UspA domain protein  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4841  universal stress protein A  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3909  UspA domain-containing protein  93.1 
 
 
145 aa  279  9e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3695  universal stress protein A  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3977  universal stress protein A  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03297  hypothetical protein  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.17194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0221  UspA domain-containing protein  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3784  universal stress protein A  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3827  universal stress protein A  93.75 
 
 
144 aa  279  9e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3965  universal stress protein A  93.06 
 
 
144 aa  278  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3794  universal stress protein A  93.06 
 
 
144 aa  278  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3784  universal stress protein A  93.06 
 
 
144 aa  278  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0353489  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3861  universal stress protein A  93.06 
 
 
144 aa  278  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0446526  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3904  universal stress protein A  93.06 
 
 
144 aa  278  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.79916  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4114  UspA domain protein  92.36 
 
 
144 aa  278  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4691  UspA domain-containing protein  91.72 
 
 
148 aa  278  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3927  UspA domain protein  92.36 
 
 
144 aa  275  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.864114  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1121  universal stress protein A  65.71 
 
 
141 aa  202  2e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000757775  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2438  universal stress protein A  59.57 
 
 
141 aa  187  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001946  universal stress protein A  60.28 
 
 
141 aa  187  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00532  universal stress protein  60.28 
 
 
141 aa  187  5.999999999999999e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2946  universal stress protein A  56.74 
 
 
141 aa  173  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0955  universal stress protein  49.3 
 
 
141 aa  131  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001381  universal stress protein family 8  42.55 
 
 
189 aa  130  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000691396  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06392  hypothetical protein  42.55 
 
 
143 aa  128  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2143  universal stress protein UspC  41.96 
 
 
142 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0567863  hitchhiker  5.63035e-26 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2471  universal stress protein UspC  40.71 
 
 
141 aa  114  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000143058  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2082  universal stress protein UspC  41.96 
 
 
142 aa  114  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.025537  decreased coverage  0.000000291933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1194  universal stress protein UspC  41.96 
 
 
142 aa  114  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000126998  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2088  universal stress protein UspC  41.96 
 
 
142 aa  114  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0115018  hitchhiker  1.03858e-28 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1317  universal stress protein UspC  41.96 
 
 
142 aa  114  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0725531  hitchhiker  3.24254e-23 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2632  universal stress protein UspC  40.56 
 
 
142 aa  111  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00097653  hitchhiker  0.0000000000000132668 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0959  universal stress protein  38.78 
 
 
148 aa  111  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.151387 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0954  universal stress protein  43.06 
 
 
142 aa  110  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0125  universal stress protein  43.57 
 
 
140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.749286 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1969  UspA domain-containing protein  41.38 
 
 
141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0857578  hitchhiker  0.00755954 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01864  universal stress protein  39.86 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.113188  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1747  UspA domain protein  39.86 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.17703  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1234  universal stress protein  40.85 
 
 
138 aa  107  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.144061 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01853  hypothetical protein  39.86 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.171198  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1992  universal stress protein UspC  39.86 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000020089  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2127  universal stress protein UspC  39.86 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000153827  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1739  universal stress protein UspC  39.86 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.342522  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1290  universal stress protein UspC  39.86 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000158426  hitchhiker  0.0000000604455 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2991  universal stress protein UspC  41.43 
 
 
139 aa  105  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.764967  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03808  stress-induced protein  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4062  UspA domain protein  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5378  universal stress protein UspD  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4154  universal stress protein UspD  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4457  universal stress protein UspD  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03757  hypothetical protein  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4095  universal stress protein UspD  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4363  universal stress protein UspD  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.54659 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4405  universal stress protein UspD  36.17 
 
 
142 aa  103  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000133  universal stress protein family 2  39.57 
 
 
129 aa  100  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0671042  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1452  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 
145 aa  90.9  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  31.97 
 
 
144 aa  69.7  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  31.97 
 
 
144 aa  68.6  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  26.35 
 
 
146 aa  57.4  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1780  universal stress protein  27.01 
 
 
149 aa  52  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.134073  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  28.86 
 
 
155 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14170  universal stress protein, UspA family  28 
 
 
146 aa  49.7  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2397  hypothetical protein  26.8 
 
 
151 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1309  UspA domain protein  28.39 
 
 
153 aa  49.7  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.678787 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  26.49 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1674  UspA domain-containing protein  48.72 
 
 
146 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.246443 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  26.03 
 
 
166 aa  47.8  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1142  UspA domain-containing protein  24.82 
 
 
143 aa  47.8  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.925681  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3608  UspA domain-containing protein  48.72 
 
 
146 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358614  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3555  universal stress protein family protein  24.36 
 
 
165 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1650  UspA domain-containing protein  28 
 
 
146 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.779795  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41880  universal stress protein  24.36 
 
 
165 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3137  universal stress protein  27.81 
 
 
155 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4451  universal stress protein UspA  26 
 
 
161 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15852  normal  0.144884 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6968  UspA domain protein  30.77 
 
 
147 aa  45.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.483791  normal  0.0402006 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2132  universal stress protein  46.15 
 
 
146 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0989997 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1497  hypothetical protein  28.99 
 
 
140 aa  45.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2306  UspA domain-containing protein  28.38 
 
 
155 aa  45.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3081  UspA domain-containing protein  25.15 
 
 
177 aa  45.4  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110686  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  26.96 
 
 
144 aa  45.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1486  hypothetical protein  28.99 
 
 
140 aa  45.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  25.52 
 
 
150 aa  44.7  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  27.16 
 
 
306 aa  45.1  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1766  UspA domain-containing protein  27.93 
 
 
166 aa  44.7  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81708  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1801  UspA domain-containing protein  27.93 
 
 
166 aa  44.7  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3172  UspA domain protein  22.97 
 
 
314 aa  44.3  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.356146  normal  0.679089 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2701  UspA domain protein  30.09 
 
 
149 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1081  UspA domain-containing protein  27.4 
 
 
147 aa  44.3  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952859  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0997  UspA domain protein  27.4 
 
 
147 aa  44.3  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2036  universal stress protein (Usp)  27.4 
 
 
155 aa  43.5  0.0009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2198  hypothetical protein  28.45 
 
 
145 aa  43.5  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.76051  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3154  UspA domain-containing protein  29.17 
 
 
145 aa  43.5  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.759591  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2142  hypothetical protein  28.75 
 
 
145 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2792  UspA domain-containing protein  26.55 
 
 
162 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.276612  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>