19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3946 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3946  hypothetical protein  100 
 
 		 555 aa  1137    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  39.8 
 
 		 757 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3959  hypothetical protein  34.61 
 
 		 1066 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383952  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01652  putative transmembrane protein  34.9 
 
 		 767 aa  186  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.993678  normal  0.0258768 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0704  Fibronectin type III domain protein  36.45 
 
 		 718 aa  181  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  34.17 
 
 		 739 aa  170  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  36.51 
 
 		 739 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07279  GPI anchored protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G01300)  33.14 
 
 		 387 aa  146  1e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5754  LamG-like jellyroll fold  29.25 
 
 		 741 aa  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6119  LamG domain-containing protein  29.25 
 
 		 741 aa  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6601  LamG domain-containing protein  28.93 
 
 		 741 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.595168 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2675  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  31.93 
 
 		 834 aa  105  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343316 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1017  protein of unknown function DUF1080  28.15 
 
 		 786 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0838366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3960  hypothetical protein  28.94 
 
 		 405 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0698754  normal  0.0204382 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1754  hypothetical protein  30.33 
 
 		 386 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0704  16S rRNA dimethylase  25.72 
 
 		 675 aa  83.6  0.000000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0625805 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03486  conserved hypothetical protein  29.5 
 
 		 361 aa  81.6  0.00000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2760  hypothetical protein  28.04 
 
 		 385 aa  73.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.120597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0899  hypothetical protein  35.44 
 
 		 155 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.606509  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>