83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3833 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3833  sulfur transfer complex subunit TusD  100 
 
 		 129 aa  259  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.101463  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4013  sulfur transfer complex subunit TusD  93.02 
 
 		 129 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0324388  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0313  sulfur transfer complex subunit TusD  86.05 
 
 		 129 aa  230  4.0000000000000004e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000141741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0395  sulfur transfer complex subunit TusD  84.5 
 
 		 129 aa  220  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0026614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3924  sulfur transfer complex subunit TusD  75.78 
 
 		 131 aa  202  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000851286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3681  sulfur transfer complex subunit TusD  75.78 
 
 		 131 aa  202  9e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000326504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0272  sulfur transfer complex subunit TusD  75.78 
 
 		 131 aa  202  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0366813  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4554  sulfur transfer complex subunit TusD  75.97 
 
 		 129 aa  202  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178436  normal  0.255078 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03196  hypothetical protein  71.88 
 
 		 128 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000210262  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03147  hypothetical protein  71.88 
 
 		 128 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000155048  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3541  sulfur transfer complex subunit TusD  71.88 
 
 		 128 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.84382e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3814  sulfur transfer complex subunit TusD  71.88 
 
 		 128 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000389163  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3762  sulfur transfer complex subunit TusD  72.66 
 
 		 128 aa  194  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000491404  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3819  sulfur transfer complex subunit TusD  72.66 
 
 		 128 aa  195  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000709397  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0368  sulfur relay protein TusD/DsrE  72.66 
 
 		 128 aa  194  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000043591  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0368  sulfur transfer complex subunit TusD  72.66 
 
 		 128 aa  194  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0265289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3756  sulfur transfer complex subunit TusD  72.66 
 
 		 128 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0264721  normal  0.126397 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3647  sulfur transfer complex subunit TusD  72.66 
 
 		 128 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000127633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3648  sulfur transfer complex subunit TusD  72.66 
 
 		 128 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244456  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4654  sulfur transfer complex subunit TusD  71.88 
 
 		 128 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000614483  normal  0.0147781 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3719  sulfur transfer complex subunit TusD  71.09 
 
 		 128 aa  192  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000989311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3626  sulfur transfer complex subunit TusD  71.09 
 
 		 128 aa  191  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000441818  hitchhiker  0.000993351 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3721  sulfur transfer complex subunit TusD  71.88 
 
 		 128 aa  191  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000063016  normal  0.0742653 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0489  intracellular sulfur reduction protein DsrE  56.91 
 
 		 123 aa  156  1e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.233677  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00060  sulfur transfer complex subunit TusD  56.25 
 
 		 131 aa  149  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2768  sulfur transfer complex subunit TusD  57.03 
 
 		 131 aa  149  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318146  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002294  tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine synthase TusD  55.47 
 
 		 131 aa  148  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0307  sulfur transfer complex subunit TusD  53.12 
 
 		 130 aa  138  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0180937  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3443  intracellular sulfur oxidation protein of DsrE family protein  51.56 
 
 		 133 aa  136  8.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0125489  decreased coverage  0.0000256073 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2059  DsrE family protein  44.96 
 
 		 130 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0188592  hitchhiker  0.000335265 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1925  sulfur transfer complex subunit TusD  50 
 
 		 130 aa  126  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.578457  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2474  sulfur relay protein TusD/DsrE  47.29 
 
 		 129 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000110001  hitchhiker  0.0000982729 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1972  DsrE family protein  44.96 
 
 		 130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000573125  normal  0.68852 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2110  DsrE family protein  46.51 
 
 		 129 aa  124  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000251046  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2004  DsrE family protein  44.19 
 
 		 130 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0643719  hitchhiker  0.000323815 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2200  sulfur relay protein TusD/DsrE  44.19 
 
 		 129 aa  123  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000731286  normal  0.0885071 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2206  DsrE family protein  43.41 
 
 		 129 aa  121  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000146289  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2376  dsrE-related protein  44.19 
 
 		 130 aa  121  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2314  DsrE family protein  43.41 
 
 		 129 aa  121  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000295076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2002  DsrE family protein  44.96 
 
 		 129 aa  120  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000724121  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1635  sulfur transfer complex subunit TusD  46.83 
 
 		 126 aa  120  5e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2135  DsrE family protein  44.19 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0293804  hitchhiker  0.00769115 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2165  DsrE family protein  42.64 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000184958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2015  DsrE family protein  48.06 
 
 		 129 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000123098  hitchhiker  0.00302042 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1781  DsrE-related protein  44.96 
 
 		 139 aa  116  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111826  normal  0.0472692 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2452  DsrE-like protein  47.29 
 
 		 129 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000223621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1803  DsrE family protein  42.64 
 
 		 129 aa  111  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334392  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1808  DsrE-like protein  42.64 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000348316  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1953  DsrE family protein  44.53 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.370891  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1519  DsrE family protein  40.62 
 
 		 136 aa  103  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.653687  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1655  DsrE family protein  42.97 
 
 		 119 aa  103  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2187  sulfur relay protein TusD/DsrE  36.72 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.719942  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3247  DsrE family protein  37.98 
 
 		 130 aa  100  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000253566  hitchhiker  0.0000180426 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2483  DsrE protein  35.94 
 
 		 119 aa  94.4  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0554665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30400  sulfur transfer complex subunit TusD  39.06 
 
 		 131 aa  92  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2603  sulfur transfer complex subunit TusD  39.84 
 
 		 131 aa  92  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3598  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 130 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.276941 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3993  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 130 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0220527  hitchhiker  0.0053466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1840  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 143 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000217326 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28120  sulfur transfer complex subunit TusD  37.5 
 
 		 130 aa  91.3  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3397  sulfur transfer complex subunit TusD  36.72 
 
 		 130 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.452785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2377  sulfur transfer complex subunit TusD  44.95 
 
 		 130 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.278614  normal  0.0314331 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3168  sulfur transfer complex subunit TusD  44.04 
 
 		 130 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.209612  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3338  DsrE family protein  44.04 
 
 		 130 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.341963  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1853  sulfur relay protein TusD/DsrE  34.68 
 
 		 119 aa  84.3  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000335687  normal  0.0757641 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0040  DsrE protein  34.68 
 
 		 119 aa  83.6  7e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.5054  normal  0.788589 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0033  sulfur relay protein TusD/DsrE  35.48 
 
 		 119 aa  83.2  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.329885 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2349  putative sulfur oxidation protein DsrE  34.62 
 
 		 122 aa  80.1  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0286329  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1331  intracellular sulfur oxidation protein DsrE  37.5 
 
 		 123 aa  79  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0132  DsrE family protein  32.26 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000000691422  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1952  DsrE protein  33.06 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0266729  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0699  sulfur relay protein TusD/DsrE  32.8 
 
 		 119 aa  77.8  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.187846  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2317  sulfur relay protein TusD/DsrE  33.06 
 
 		 119 aa  76.6  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0228723  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1704  DsrE family protein  29.69 
 
 		 118 aa  75.1  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000786463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1218  DsrE-like protein  37.37 
 
 		 143 aa  73.6  0.0000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00725713 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0977  DsrE family protein  41.94 
 
 		 136 aa  70.9  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000957329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3575  sulfur transfer complex subunit TusD  37.76 
 
 		 140 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1174  DsrE-like protein  34.41 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0013044  hitchhiker  0.000454083 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02104  sulfur relay protein TusB/DsrE  35 
 
 		 123 aa  58.2  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000525154  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1760  DsrE family protein  24.59 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000400151  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1814  DsrE family protein  24.59 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000375732  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0512  DsrE family protein  24.59 
 
 		 117 aa  45.1  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000160169  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0625  DsrE family protein  28.57 
 
 		 118 aa  41.6  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00575622 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>