48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3552 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3552  hypothetical protein  100 
 
 
119 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3727  hypothetical protein  98.32 
 
 
119 aa  237  4e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.25807  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0640  hypothetical protein  80.34 
 
 
120 aa  196  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.188088  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0683  hypothetical protein  80.34 
 
 
120 aa  194  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0191  hypothetical protein  72.65 
 
 
120 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000796415  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0175  hypothetical protein  72.65 
 
 
120 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0175  hypothetical protein  72.65 
 
 
120 aa  182  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0247375  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0183  hypothetical protein  71.79 
 
 
120 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.811549  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0179  hypothetical protein  71.79 
 
 
120 aa  179  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000658867  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0129  hypothetical protein  72.65 
 
 
120 aa  178  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.040059  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0667  hypothetical protein  69.23 
 
 
120 aa  177  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000546212  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3540  hypothetical protein  70.09 
 
 
120 aa  175  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000680081  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0121  hypothetical protein  70.09 
 
 
120 aa  175  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0756239  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0112  hypothetical protein  70.09 
 
 
120 aa  175  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.7804e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0123  hypothetical protein  70.09 
 
 
120 aa  175  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.5031e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0126  hypothetical protein  70.09 
 
 
120 aa  175  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000088286  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3483  conserved hypothetical protein  70.09 
 
 
120 aa  175  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000106382  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00118  hypothetical protein  70.09 
 
 
120 aa  175  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000974405  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00117  hypothetical protein  70.09 
 
 
120 aa  175  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000369224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3358  hypothetical protein  67.52 
 
 
119 aa  166  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000532345  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1027  hypothetical protein  67.52 
 
 
119 aa  166  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.82162  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3486  hypothetical protein  67.52 
 
 
119 aa  166  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.00000000000145157  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4007  hypothetical protein  65.25 
 
 
120 aa  148  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0826  hypothetical protein  40.16 
 
 
120 aa  89.7  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.171792  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3983  hypothetical protein  40 
 
 
124 aa  89  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0645  hypothetical protein  40.5 
 
 
124 aa  88.6  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00602467  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0656  hypothetical protein  41.67 
 
 
124 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000101119  normal  0.209543 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0655  hypothetical protein  41.67 
 
 
124 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000140297  normal  0.126448 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3655  hypothetical protein  40 
 
 
124 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000914261  hitchhiker  0.00000165817 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3366  hypothetical protein  40.83 
 
 
124 aa  86.7  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000215688  normal  0.0226874 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3837  hypothetical protein  40.83 
 
 
150 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000298104  hitchhiker  0.00217441 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0791  hypothetical protein  39.34 
 
 
195 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000670126  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3714  hypothetical protein  40.83 
 
 
204 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000655627  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0682  hypothetical protein  40 
 
 
124 aa  85.9  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000132631  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0828  hypothetical protein  38.33 
 
 
123 aa  84.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00283176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03438  hypothetical protein  35.83 
 
 
122 aa  78.2  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0969  hypothetical protein  38.33 
 
 
124 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000158337  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002571  hypothetical protein  33.33 
 
 
122 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000160923  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2591  hypothetical protein  36.13 
 
 
122 aa  74.3  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0134  hypothetical protein  34.15 
 
 
126 aa  70.9  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000119552  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0841  hypothetical protein  35.25 
 
 
124 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2907  hypothetical protein  35.54 
 
 
123 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00138397  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0619  hypothetical protein  34.96 
 
 
123 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000809735  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0928  hypothetical protein  37.5 
 
 
124 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000245839  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0703  hypothetical protein  31.25 
 
 
132 aa  63.5  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1513  hypothetical protein  32.2 
 
 
121 aa  61.6  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0135628  hitchhiker  0.000151477 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2897  hypothetical protein  31.71 
 
 
123 aa  60.1  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.223027  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1389  hypothetical protein  28.69 
 
 
122 aa  54.3  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>