36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3318 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3318  hypothetical protein  100 
 
 
128 aa  266  8e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3474  hypothetical protein  93.75 
 
 
128 aa  251  3e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0872  hypothetical protein  81.97 
 
 
131 aa  212  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.797688  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0902  hypothetical protein  78.69 
 
 
126 aa  205  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00879275  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0927  hypothetical protein  75.78 
 
 
128 aa  201  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3333  hypothetical protein  73.98 
 
 
155 aa  194  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3195  hypothetical protein  73.98 
 
 
155 aa  194  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3454  hypothetical protein  73.98 
 
 
146 aa  194  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4055  hypothetical protein  63.2 
 
 
131 aa  157  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.144766  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0722  hypothetical protein  62.4 
 
 
130 aa  157  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540678  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1653  hypothetical protein  60.8 
 
 
131 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0864916  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4655  hypothetical protein  60 
 
 
131 aa  155  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0800268  normal  0.362221 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0783  hypothetical protein  57.94 
 
 
146 aa  152  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0926  hypothetical protein  57.94 
 
 
128 aa  152  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0845  hypothetical protein  57.38 
 
 
148 aa  150  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0771  hypothetical protein  62.6 
 
 
130 aa  149  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0529707  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0269  hypothetical protein  57.14 
 
 
126 aa  144  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.106589  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0654  hypothetical protein  60.66 
 
 
127 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4552  hypothetical protein  55.56 
 
 
129 aa  144  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.362228  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1692  hypothetical protein  55.65 
 
 
135 aa  142  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0506341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2011  hypothetical protein  55.65 
 
 
135 aa  143  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0066698  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1126  hypothetical protein  54.84 
 
 
135 aa  142  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0455232  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3027  hypothetical protein  56.06 
 
 
138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1058  hypothetical protein  53.97 
 
 
129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.118135  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1162  hypothetical protein  50.41 
 
 
131 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.485481  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2234  hypothetical protein  50.41 
 
 
128 aa  129  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1353  hypothetical protein  50.41 
 
 
131 aa  128  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2142  hypothetical protein  57.69 
 
 
141 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.011692  normal  0.140922 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1374  hypothetical protein  49.6 
 
 
128 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0189218 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5237  hypothetical protein  50.4 
 
 
131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147889  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3714  hypothetical protein  47.97 
 
 
133 aa  123  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.387617  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1648  hypothetical protein  50 
 
 
125 aa  118  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0644995  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03788  hypothetical protein  41.6 
 
 
131 aa  96.3  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2081  Amidase  41.12 
 
 
546 aa  64.3  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17220  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  39.84 
 
 
535 aa  63.5  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2780  Amidase  42.06 
 
 
579 aa  45.4  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.222213  hitchhiker  0.0000220235 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>