45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3221 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3221  glutaredoxin 2  100 
 
 
211 aa  431  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1106  glutaredoxin 2  92.89 
 
 
211 aa  403  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2608  glutaredoxin 2  50.23 
 
 
211 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.24478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1262  glutaredoxin 2  45.37 
 
 
215 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.224556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2798  glutaredoxin 2  45.54 
 
 
215 aa  190  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.848662  normal  0.112338 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1233  glutaredoxin 2  44.91 
 
 
215 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.929078  normal  0.25689 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2023  glutaredoxin 2  44.91 
 
 
215 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2207  glutaredoxin 2  44.91 
 
 
215 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.158739 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2182  glutaredoxin, GrxB family  44.86 
 
 
215 aa  188  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.497266  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1578  glutaredoxin 2  43.06 
 
 
215 aa  188  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2582  glutaredoxin, GrxB family  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.427911  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2262  glutaredoxin 2  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2065  glutaredoxin 2  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.111207 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2536  glutaredoxin 2  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.154666  normal  0.170282 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1187  glutaredoxin 2  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1187  glutaredoxin 2  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1443  glutaredoxin 2  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.89922  hitchhiker  0.00478743 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01068  hypothetical protein  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.557548  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01060  glutaredoxin 2 (Grx2)  43.98 
 
 
215 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.762215  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1277  glutaredoxin 2  44.44 
 
 
215 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0995017  normal  0.525696 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2277  glutaredoxin, GrxB family  45.33 
 
 
215 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1801  glutaredoxin 2  41.86 
 
 
215 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.690184  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2078  glutaredoxin 2  41.4 
 
 
215 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.504039  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1961  glutaredoxin 2  36.94 
 
 
216 aa  153  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0519203  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3458  GrxB family glutaredoxin  39.07 
 
 
231 aa  150  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0142149  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2549  glutaredoxin 2  35.94 
 
 
226 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.511119 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06497  glutaredoxin 2  31.31 
 
 
209 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0245  glutaredoxin 2  27.91 
 
 
218 aa  101  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000623  glutaredoxin 2  28.97 
 
 
209 aa  95.9  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_38124  predicted protein  29.61 
 
 
305 aa  91.3  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0190  Glutaredoxin 2-like protein  25.56 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2525  glutathione S-transferase domain-containing protein  22.22 
 
 
241 aa  47.4  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0678  glutathione S-transferase domain-containing protein  26 
 
 
215 aa  47.4  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2474  maleylacetoacetate isomerase  27.72 
 
 
222 aa  45.1  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.388492  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3597  maleylacetoacetate isomerase  29.23 
 
 
221 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0169924  normal  0.0485989 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2482  glutathione S-transferase domain-containing protein  25.25 
 
 
218 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00197657  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3617  putative glutathione S-transferase  32.33 
 
 
200 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1780  glutathione S-transferase domain-containing protein  23.74 
 
 
227 aa  43.5  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.736993  normal  0.873608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3511  glutathione S-transferase-like protein  23.3 
 
 
198 aa  43.5  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1980  Glutathione S-transferase domain protein  24.38 
 
 
218 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000166041  hitchhiker  0.000000103503 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2379  glutathione S-transferase domain-containing protein  24.26 
 
 
218 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0241136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43110  putative glutathione S-transferase  30.95 
 
 
200 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318488  normal  0.203151 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1830  glutaredoxin  35 
 
 
118 aa  42.4  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0383849  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0507  glutathione S-transferase-like protein  21.66 
 
 
205 aa  42.4  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1043  glutathione S-transferase domain-containing protein  28.21 
 
 
213 aa  41.6  0.01  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>