52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3176 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3176  tail X family protein  100 
 
 
67 aa  138  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4370  phage Tail Protein X  74.63 
 
 
67 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.621111  hitchhiker  0.00000000857758 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3047  phage tail protein GpX  71.64 
 
 
67 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000083115 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4328  phage tail protein GpX  70.15 
 
 
67 aa  102  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292132 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2863  phage Tail Protein X  67.16 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1829  tail X family protein  58.21 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00586529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2332  tail X family protein  59.7 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0325995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3496  phage tail X family protein  62.69 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3045  phage Tail Protein X  65.67 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000746353 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2772  tail X family protein  65.67 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.592112  decreased coverage  0.0000146404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0929  phage tail protein X  65.67 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2088  tail X family protein  56.72 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0545873  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37560  Phage P2 tail gpX-like protein  66.67 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2646  tail X family protein  58.21 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00667297  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1934  bacteriophage protein  60.29 
 
 
68 aa  80.9  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.5631  normal  0.801255 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0873  tail X family protein  55.22 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0899137 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1346  Phage tail protein X  64.15 
 
 
68 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0202  tail X family protein  55.71 
 
 
70 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.10462 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4841  tail X family protein  57.14 
 
 
70 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223234  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01358  phage Tail Protein X  55.56 
 
 
64 aa  69.3  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00715171  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0568  prophage P2W3, tail protein X, putative  42.19 
 
 
69 aa  68.2  0.00000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.37075  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3294  phage tail X family protein  54.41 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884324  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0752  hypothetical protein  42.86 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.286797  normal  0.157353 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2608  tail X family protein  49.25 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00274185  unclonable  2.34283e-16 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2642  tail X family protein  49.25 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125505  hitchhiker  0.00331618 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3828  tail X family protein  54.69 
 
 
73 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1855  phage tail X family protein  53.45 
 
 
68 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.520238  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2290  phage tail X family protein  50 
 
 
70 aa  60.1  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525878  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1279  phage tail X  46.88 
 
 
72 aa  60.1  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.439324 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32140  Phage tail X protein  53.45 
 
 
64 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3320  phage tail X  49.21 
 
 
70 aa  58.2  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0882  tail X family protein  49.23 
 
 
71 aa  58.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.126083  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2911  tail X family protein  50 
 
 
69 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.125785  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4035  tail X family protein  47.46 
 
 
68 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.743163  unclonable  0.0000000000000167658 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2372  phage tail X  47.62 
 
 
70 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1624  P2-like protein prophage tail protein X-like protein  52 
 
 
73 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1131  phage-related tail protein  40.91 
 
 
72 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0392  phage-related tail protein  40.91 
 
 
72 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08140  hypothetical protein  47.46 
 
 
68 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  3.77075e-17  hitchhiker  0.000171752 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1153  tail X family protein  39.39 
 
 
72 aa  51.2  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1394  putative bacteriophage protein  62.5 
 
 
40 aa  50.8  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.604078  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0771  hypothetical protein  47.46 
 
 
68 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.63147  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1150  Phage tail X  45.9 
 
 
70 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0210537  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3064  pyocin R2_PP, tail component protein  44.83 
 
 
68 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.471622  normal  0.438372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1217  tail X family protein  42.37 
 
 
68 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000611286 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3391  tail protein X  43.1 
 
 
68 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2761  putative P2-like prophage tail protein X  41.94 
 
 
77 aa  47  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.90872  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3358  Phage tail component protein X  43.1 
 
 
70 aa  47  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0697  tail X family protein  39.22 
 
 
78 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0571  tail X family protein  39.73 
 
 
75 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4125  tail X family protein  38.03 
 
 
77 aa  41.2  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.516119  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1486  phage tail X family protein  41.27 
 
 
79 aa  40.8  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>