More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3122 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3122  ABC transporter related  100 
 
 
310 aa  630  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1156  ABC transporter related protein  95.83 
 
 
312 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.165511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3996  ABC transporter-related protein  87.42 
 
 
307 aa  551  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3349  ABC transporter, ATP-binding protein  86.45 
 
 
308 aa  546  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0209833  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3477  ABC transporter related  86.45 
 
 
308 aa  546  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0675  ABC transporter related  84.97 
 
 
308 aa  541  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.965541  normal  0.444536 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1017  ABC transporter ATP-binding protein  86.13 
 
 
306 aa  537  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0204  ABC transporter, ATP-binding protein  84.92 
 
 
308 aa  537  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0187  ABC transporter ATP-binding protein  84.59 
 
 
308 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0680915  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0191  ABC transporter ATP-binding protein  84.59 
 
 
308 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.503646 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0188  ABC transporter ATP-binding protein  84.59 
 
 
308 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.608048  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00126  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  83.93 
 
 
308 aa  531  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3475  ABC transporter related protein  83.93 
 
 
308 aa  531  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00125  hypothetical protein  83.93 
 
 
308 aa  531  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3532  ABC transporter related  83.93 
 
 
308 aa  531  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0196  ABC transporter ATP-binding protein  84.26 
 
 
308 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.879775  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0131  ABC transporter, ATP-binding protein  83.93 
 
 
308 aa  531  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0129  ABC transporter, ATP-binding protein  83.93 
 
 
308 aa  531  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0137  ABC transporter, ATP-binding protein  83.93 
 
 
308 aa  531  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1024  ABC transporter related  84.69 
 
 
307 aa  533  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.258701  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2827  ABC transporter related  86.05 
 
 
306 aa  533  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0135  ABC transporter, ATP-binding protein  83.61 
 
 
308 aa  529  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0120  ABC transporter, ATP-binding protein  83.61 
 
 
308 aa  527  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2615  ABC transporter, ATP-binding protein  73.27 
 
 
305 aa  455  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.762057  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0120  ABC transporter, ATP-binding protein  71.05 
 
 
305 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.695477  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0772  ABC transporter, ATP-binding protein  72.43 
 
 
319 aa  435  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03455  ABC transporter, ATP-binding protein  70.43 
 
 
324 aa  433  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3589  ABC transporter related  71.24 
 
 
312 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0104822  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0722  ABC transporter related  70.92 
 
 
312 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.446377  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0689  ABC transporter related  70.92 
 
 
314 aa  431  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3712  ABC transporter related  71.24 
 
 
312 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002557  ABC-type multidrug transport system ATPase component  71.57 
 
 
305 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3520  ABC transporter related  70.92 
 
 
312 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.12948  hitchhiker  0.00888857 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0848  ABC-type multidrug transport system, ATP-binding protein  69.93 
 
 
309 aa  433  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.652188  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3141  ABC transporter-related protein  70.26 
 
 
313 aa  431  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1004  ABC transporter, ATP-binding protein  67.53 
 
 
326 aa  429  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3817  ABC transporter related  71.91 
 
 
326 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.806511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3909  ABC transporter-related protein  70.81 
 
 
319 aa  425  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3802  ABC transporter, ATP-binding protein  70.72 
 
 
312 aa  424  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0830  ABC transporter related  70.72 
 
 
312 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3927  ABC transporter related  69.38 
 
 
319 aa  426  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03556  ABC transporter, ATP-binding protein  69.26 
 
 
310 aa  426  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.333209  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3144  ABC transporter related  70.39 
 
 
312 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0823  ABC transporter related  70.07 
 
 
312 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0794  ABC transporter related  70.39 
 
 
312 aa  423  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0653  ABC transporter related  70.47 
 
 
311 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.860954  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3232  ABC transporter related  70.81 
 
 
311 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.479641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2345  ABC transporter ATP-binding protein  68.11 
 
 
310 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1859  ABC transporter related  66.78 
 
 
307 aa  412  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27770  ABC transporter ATP-binding protein  68.11 
 
 
310 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.109755 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0573  ABC transporter ATP-binding protein  67.11 
 
 
307 aa  413  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.686168  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15500  ABC transporter, ATP binding component  67.66 
 
 
310 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1170  ribosomal protein S16  66.67 
 
 
318 aa  410  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.36106  hitchhiker  0.000000135751 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2136  ABC transporter related  64.71 
 
 
304 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00658879  normal  0.0667998 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1630  ABC transporter  66.78 
 
 
310 aa  401  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229972  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1097  ABC transporter related  64.22 
 
 
316 aa  404  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1895  ABC transporter ATP-binding protein  66.45 
 
 
310 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3855  ABC transporter, ATP-binding protein  66.45 
 
 
310 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4181  ABC transporter-like  66.78 
 
 
310 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3820  ABC transporter related  66.45 
 
 
310 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1470  ABC transporter related  66.45 
 
 
310 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1505  ABC transporter related  66.11 
 
 
310 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1079  ABC transporter related protein  62.75 
 
 
325 aa  391  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1919  ABC transporter related  67.77 
 
 
310 aa  384  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00224779  normal  0.302439 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2832  ABC transporter, ATPase subunit  65.67 
 
 
336 aa  384  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1778  ABC transporter related  62.75 
 
 
320 aa  384  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.627055  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1351  ABC transporter related  61.56 
 
 
320 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1140  ABC transporter ATP-binding protein  61.84 
 
 
304 aa  379  1e-104  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000662244  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1010  ABC transporter, ATP-binding protein  61.84 
 
 
304 aa  379  1e-104  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0880  ABC transporter related protein  60.33 
 
 
309 aa  376  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0455  hypothetical protein  60.47 
 
 
304 aa  369  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0431  hypothetical protein  60.47 
 
 
304 aa  369  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1983  ABC transporter related  61.31 
 
 
308 aa  368  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.063118  normal  0.0186324 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2122  ABC transporter, ATP-binding protein  58.88 
 
 
308 aa  349  4e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0460  ABC transporter related  59.41 
 
 
315 aa  347  1e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0955975  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0426  ABC transporter, ATPase subunit  58.75 
 
 
315 aa  344  1e-93  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0606  ABC transporter related  58.84 
 
 
321 aa  344  1e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.118308  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02791  ABC transporter ATP-binding protein  56.82 
 
 
331 aa  340  1e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3880  ABC transporter related  58.72 
 
 
322 aa  329  4e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.555039  normal  0.729872 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0560  ABC transporter ATP-binding protein  54.3 
 
 
310 aa  324  1e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0496  ABC transporter related  53.97 
 
 
310 aa  320  9.999999999999999e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0799  ABC transporter related protein  48.14 
 
 
314 aa  265  5e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0640073  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2648  ABC transporter related  48.04 
 
 
318 aa  260  2e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0748  ABC transporter related  43.59 
 
 
318 aa  253  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.329889 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2923  ABC transporter, ATP-binding protein  44.01 
 
 
308 aa  249  5e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3370  ABC transporter related  44.3 
 
 
306 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450084 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1911  ABC transporter related  42.81 
 
 
319 aa  249  6e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4024  ABC transporter related  44.3 
 
 
306 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0862  ABC transporter related  44.48 
 
 
308 aa  248  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0153083  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2019  ABC transporter related  44.3 
 
 
306 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.778403  normal  0.141952 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2407  ABC transporter related  44.63 
 
 
311 aa  246  3e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1926  ABC transporter related  42.62 
 
 
326 aa  245  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03054  ABC transporter ATP-binding protein  45.19 
 
 
314 aa  245  6e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0809  ABC transporter related  44.59 
 
 
333 aa  245  6.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0279  ABC transporter related protein  48.46 
 
 
262 aa  244  9e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619097  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2740  ABC transporter related  43 
 
 
306 aa  244  9e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0978  ABC transporter, ATP-binding protein  44.3 
 
 
309 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.080297  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1715  ABC transporter related  43 
 
 
308 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.409646  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1220  ABC transporter related  44.95 
 
 
309 aa  243  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00788547 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0477  ABC transporter related  42.02 
 
 
308 aa  242  6e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330496  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>