More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3105 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1173  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  97.94 
 
 
486 aa  978    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.914694  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3105  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  100 
 
 
486 aa  996    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0076  transcriptional regulator  68.66 
 
 
488 aa  664    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0466  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  48.41 
 
 
480 aa  442  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000195201  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1936  GntR family transcriptional regulator  47.97 
 
 
427 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1582  transcriptional regulator  40.64 
 
 
483 aa  384  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0803  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.38 
 
 
480 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.284256  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4183  transcriptional regulator  42.77 
 
 
492 aa  379  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.6 
 
 
492 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5620  GntR family transcriptional regulator  53.96 
 
 
378 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.314758  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0018  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
478 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.422778  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1725  GntR family transcriptional regulator  40.25 
 
 
483 aa  353  4e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.809338  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1892  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 
477 aa  347  2e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4467  transcriptional regulator  38.12 
 
 
473 aa  346  6e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.652401  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4005  GntR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
473 aa  346  6e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.723654  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1266  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
473 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0592211  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3059  GntR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
473 aa  342  8e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0865812  hitchhiker  0.000973023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2190  transcriptional regulator, GntR family  38.89 
 
 
479 aa  342  9e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2257  putative transcriptional regulator  37.18 
 
 
479 aa  342  9e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26590  GntR family transcriptional regulator  37.18 
 
 
479 aa  342  9e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.079349  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2000  regulatory protein, GntR  38.89 
 
 
479 aa  342  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0975801 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2661  GntR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
483 aa  342  1e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0327795  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3521  transcriptional regulator  37.82 
 
 
480 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4197  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
530 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4112  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
479 aa  341  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1656  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
509 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.928604  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3769  transcriptional regulator  38.03 
 
 
480 aa  340  5e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.492539  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1421  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
532 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.694482  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1880  GntR family transcriptional regulator  40.76 
 
 
494 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.208633 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4066  transcriptional regulator  37.45 
 
 
478 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.974396  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2460  GntR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
478 aa  335  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2450  GntR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
469 aa  334  3e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00121397  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1337  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.87 
 
 
487 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5727  transcriptional regulator  38.09 
 
 
473 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3790  GntR family transcriptional regulator  38.09 
 
 
478 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4578  GntR family transcriptional regulator  38.09 
 
 
473 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3558  GntR family transcriptional regulator  40.72 
 
 
497 aa  332  8e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3431  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 
492 aa  332  1e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.875541  normal  0.885014 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3836  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
474 aa  331  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1184  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.5 
 
 
479 aa  330  3e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1940  transcriptional regulator  38.84 
 
 
469 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00494484 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0145  GntR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
472 aa  329  5.0000000000000004e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.434271  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4039  transcriptional regulator  40.3 
 
 
494 aa  329  7e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.185178 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1487  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
477 aa  329  8e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539495  normal  0.767107 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4094  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
479 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541503  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2701  GntR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
502 aa  327  3e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193287  normal  0.0380236 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1932  GntR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
476 aa  325  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00018992  normal  0.474146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2639  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.64 
 
 
477 aa  325  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147714  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6190  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.74 
 
 
475 aa  325  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0599  putative transcription regulator protein  38.66 
 
 
504 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0558391  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2230  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
469 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10530  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
471 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2096  GntR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
471 aa  323  4e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698776  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0959  hypothetical protein  37.53 
 
 
500 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5419  transcriptional regulator  35.94 
 
 
474 aa  323  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.454828  normal  0.125674 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2379  transcriptional regulator  39.57 
 
 
469 aa  323  6e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.228366  normal  0.534962 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3949  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
473 aa  323  6e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.905833  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3121  transcriptional regulator  39.5 
 
 
495 aa  323  6e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4436  transcriptional regulator  39.71 
 
 
514 aa  322  7e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0313734  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3544  GntR family transcriptional regulator  39.35 
 
 
469 aa  322  8e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.384624  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5393  transcriptional regulator  36.03 
 
 
474 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0156586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2529  GntR family transcriptional regulator  38.63 
 
 
487 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2580  GntR family regulatory protein  36.99 
 
 
493 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.882118  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4479  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
477 aa  320  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1420  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
472 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.242297  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1126  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
475 aa  320  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0498  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
472 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.645809  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1073  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
472 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0226  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
472 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1253  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
472 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003147  GntR-family regulatory protein  36.4 
 
 
468 aa  320  3.9999999999999996e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00323958  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1432  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
474 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.422672  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6397  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
474 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01894  hypothetical protein  37.69 
 
 
463 aa  319  6e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0983  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.72 
 
 
517 aa  319  7e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6453  transcriptional regulator  35.39 
 
 
475 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.610703 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7058  transcriptional regulator  35.53 
 
 
474 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0140093  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0515  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  38.66 
 
 
487 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.663704  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6954  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
474 aa  318  9e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.273802  normal  0.898059 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1338  GntR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
472 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3095  GntR family transcriptional regulator  39.87 
 
 
491 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.259075  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0528  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.91 
 
 
487 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4744  transcriptional regulator  35.01 
 
 
475 aa  318  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0066637  normal  0.499437 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5696  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
475 aa  318  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.944237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3253  putative transcriptional regulator  39.16 
 
 
474 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0471959  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2093  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 
473 aa  318  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.132381  normal  0.73636 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3939  GntR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
482 aa  317  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3581  transcriptional regulator  37.92 
 
 
473 aa  316  6e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634992  normal  0.954313 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6410  transcriptional regulator  35.39 
 
 
474 aa  316  6e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.267118  normal  0.167167 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7006  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
474 aa  316  6e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101879  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2454  transcriptional regulator  40.34 
 
 
481 aa  315  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201497  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2446  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
489 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.74 
 
 
479 aa  315  9.999999999999999e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.892437  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6020  transcriptional regulator  35.32 
 
 
474 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.492916  normal  0.125321 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1067  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
478 aa  314  1.9999999999999998e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.315299  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0752  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 
476 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.743264  normal  0.0151878 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1399  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
474 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.313076  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5662  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
474 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.468514  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6430  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
474 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1930  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.59 
 
 
498 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199389  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>