More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3102 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3102  chloride channel protein  100 
 
 
471 aa  924    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.965417  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0224  chloride channel protein  71.33 
 
 
473 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.154288  normal  0.638237 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0226  chloride channel protein  71.27 
 
 
473 aa  624  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0241  chloride channel protein  71.27 
 
 
473 aa  624  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0165964  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0240  chloride channel protein  71.27 
 
 
473 aa  624  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0223  chloride channel protein  71.27 
 
 
473 aa  624  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.230311  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0695  chloride channel protein  71.99 
 
 
466 aa  616  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.750689  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0782  chloride channel protein  71.24 
 
 
479 aa  612  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.12239 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2810  chloride channel protein  74.66 
 
 
472 aa  610  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3329  chloride channel protein  67.61 
 
 
478 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3458  chloride channel protein  67.61 
 
 
478 aa  571  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.41349  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0993  chloride channel protein  67.61 
 
 
478 aa  571  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00154  chloride channel protein  67.34 
 
 
473 aa  532  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0502549  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0165  chloride channel protein  67.34 
 
 
473 aa  532  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3447  Chloride channel core  67.34 
 
 
473 aa  532  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00153  hypothetical protein  67.34 
 
 
473 aa  532  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0160  chloride channel protein  67.34 
 
 
473 aa  532  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0159  chloride channel protein  67.34 
 
 
473 aa  532  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3504  chloride channel protein  67.34 
 
 
473 aa  532  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17992  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0167  chloride channel protein  67.34 
 
 
473 aa  532  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0147  chloride channel protein  66.89 
 
 
473 aa  528  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0459  chloride channel protein  57.74 
 
 
468 aa  468  1.0000000000000001e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.511438  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000478  H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA  58.89 
 
 
467 aa  455  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.791443  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06233  chloride channel protein  58.09 
 
 
468 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0866  chloride channel protein  51.63 
 
 
470 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0280286  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2176  chloride channel protein  46.59 
 
 
466 aa  363  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0212  chloride channel protein  43.12 
 
 
456 aa  338  9.999999999999999e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1576  chloride channel protein  42.06 
 
 
463 aa  327  3e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.803836 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1698  chloride channel protein  42.89 
 
 
427 aa  299  7e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1697  chloride channel protein  41.96 
 
 
427 aa  294  2e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3525  Chloride channel core  39.13 
 
 
533 aa  257  3e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3829  chloride channel core  41.47 
 
 
455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4138  Chloride channel core  40.09 
 
 
455 aa  254  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5126  Chloride channel core  41.06 
 
 
455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.967493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2460  chloride channel core  40.09 
 
 
459 aa  229  6e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11718  normal  0.460638 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2173  voltage-gated chloride channel family protein  35.79 
 
 
519 aa  219  6e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1884  voltage gated chloride channel family protein  35.25 
 
 
519 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A25  chloride channel protein EriC  33.94 
 
 
510 aa  206  5e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2409  Chloride channel core  39.02 
 
 
435 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1662  voltage-gated chloride channel family protein  32.88 
 
 
523 aa  197  4.0000000000000005e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3026  chloride channel protein  39.1 
 
 
436 aa  196  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.139269  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1400  chloride channel protein  32.66 
 
 
523 aa  195  1e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.340394  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1588  Cl- channel, voltage gated  38.07 
 
 
539 aa  190  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000108225  normal  0.782392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2944  Cl- channel, voltage-gated family protein  32.12 
 
 
526 aa  179  7e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0120087  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1877  Cl- channel voltage-gated family protein  34.48 
 
 
859 aa  179  1e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1107  voltage-gated chloride channel family protein  32.81 
 
 
510 aa  178  2e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2509  chloride channel protein  41.07 
 
 
455 aa  177  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0552  Cl- channel, voltage-gated family protein  32.64 
 
 
437 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0757  Chloride channel core  33.42 
 
 
528 aa  176  9e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.937422  normal 
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5334  Cl- channel voltage-gated family protein  32.78 
 
 
863 aa  175  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.817477  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0310  CBS  35.07 
 
 
615 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1863  Cl- channel, voltage gated  33.41 
 
 
569 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2188  Chloride channel core  29.23 
 
 
563 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000751746  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1830  chloride channel protein EriC  34.83 
 
 
512 aa  174  2.9999999999999996e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.116382  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1147  chloride channel protein EriC  33.76 
 
 
487 aa  171  3e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.433892  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4719  Cl- channel, voltage-gated family protein  34.78 
 
 
439 aa  171  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.690428  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2009  Cl- channel, voltage-gated family protein  34.12 
 
 
443 aa  170  5e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.482502 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0391  chloride channel, core  30 
 
 
516 aa  167  5e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000201773  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4427  Cl- channel, voltage-gated family protein  34.67 
 
 
439 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.292219 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4200  Cl- channel, voltage gated  34.67 
 
 
439 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.419413  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4266  Cl- channel, voltage-gated family protein  34.67 
 
 
439 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.89307  normal  0.948351 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1891  chloride channel protein EriC  31.29 
 
 
534 aa  162  8.000000000000001e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  8.85971e-16 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0845  chloride channel protein EriC  32.58 
 
 
512 aa  162  2e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0386  chloride channel protein EriC  28.49 
 
 
457 aa  160  4e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000543407 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2162  Cl- channel, voltage gated  34.28 
 
 
862 aa  160  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.30551 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2179  voltage-gated chloride channel  28.7 
 
 
528 aa  154  2e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3591  Chloride channel core  30.43 
 
 
875 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0274826 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0681  Chloride channel core  29.52 
 
 
538 aa  151  2e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0762  chloride channel core  32.35 
 
 
518 aa  151  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000775923  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0449  Chloride channel core  27.89 
 
 
428 aa  150  5e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0487186  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1102  Cl- channel voltage-gated family protein  30.49 
 
 
584 aa  150  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1639  Cl- channel voltage-gated family protein  35.67 
 
 
597 aa  149  8e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2363  chloride channel family protein, putative  29.27 
 
 
614 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.325858  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3470  Cl- channel, voltage gated  30.02 
 
 
613 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5033  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.34 
 
 
598 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6434  Chloride channel core  34.73 
 
 
600 aa  147  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0118  chloride transporter, ClC family  34.07 
 
 
455 aa  147  5e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1522  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.34 
 
 
589 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.457794 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2794  chloride channel protein EriC  32.92 
 
 
608 aa  141  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000831422  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0956  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  32.72 
 
 
579 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.872651  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2293  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  32.72 
 
 
636 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2101  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  32.72 
 
 
579 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.516415  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2160  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  32.72 
 
 
579 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4216  Chloride channel core  33.63 
 
 
863 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.298005 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0189  chloride channel, core  30.24 
 
 
445 aa  139  2e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0041  Cl- channel, voltage-gated family protein  30.9 
 
 
587 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43785  predicted protein  30.37 
 
 
588 aa  137  4e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000378872  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3181  chloride channel core  32.07 
 
 
669 aa  137  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1346  chloride channel protein  33.97 
 
 
527 aa  137  5e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1750  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.34 
 
 
589 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1658  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.64 
 
 
593 aa  137  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1258  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.06 
 
 
577 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725584  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1658  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.64 
 
 
593 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2291  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  32.41 
 
 
628 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.369864  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6342  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.34 
 
 
589 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867968  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1737  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  31.34 
 
 
589 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2366  Cl- channel voltage-gated family protein  25.36 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2501  Cl- channel, voltage gated  32.03 
 
 
626 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.169723  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1620  chloride channel protein EriC  28.95 
 
 
606 aa  133  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1107  Chloride channel core  27.46 
 
 
470 aa  133  6.999999999999999e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>