More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2967 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01980  multidrug efflux system, subunit B  79.33 
 
 		 1040 aa  1627    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01981  multidrug efflux system, subunit C  49.85 
 
 		 1025 aa  954    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1580  acriflavin resistance protein  49.85 
 
 		 1025 aa  954    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0262852  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1581  acriflavin resistance protein  79.33 
 
 		 1040 aa  1628    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.132425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1611  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.66 
 
 		 1032 aa  920    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.651571  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3583  acriflavin resistance protein  44.96 
 
 		 1035 aa  836    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1363  multidrug resistance protein MdtB  64.28 
 
 		 1036 aa  1277    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.387551  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03142  drug efflux pump transmembrane protein  67.42 
 
 		 1041 aa  1358    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03143  drug efflux transmembrane protein  53.21 
 
 		 1033 aa  1035    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1335  putative RND efflux transporter  44.65 
 
 		 1028 aa  834    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.14004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2686  multidrug efflux system subunit MdtC  48.33 
 
 		 1025 aa  938    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.508411  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1308  AcrB/AcrD/AcrF family protein  49.37 
 
 		 1034 aa  961    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.582807  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2755  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.56 
 
 		 1035 aa  869    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1644  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.65 
 
 		 1048 aa  889    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0374438  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1128  acriflavin resistance protein  49.03 
 
 		 1034 aa  956    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0555006 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2483  acriflavin resistance protein  63.36 
 
 		 1036 aa  1230    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137837  normal  0.300491 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2484  acriflavin resistance protein  46.66 
 
 		 1035 aa  872    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.296359 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2958  acriflavin resistance protein  47.88 
 
 		 1029 aa  934    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.451188  normal  0.893752 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0570  acriflavin resistance protein  52.88 
 
 		 1103 aa  790    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.231767  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0571  acriflavin resistance protein  65.85 
 
 		 1046 aa  1300    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606736  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3425  acriflavin resistance protein  45.86 
 
 		 1065 aa  887    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2319  RND efflux transporter  41.92 
 
 		 1023 aa  739    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1265  acriflavin resistance protein  50.69 
 
 		 1044 aa  954    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192962 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1521  acriflavin resistance protein  46.51 
 
 		 1032 aa  895    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0510494  normal  0.0716903 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1522  acriflavin resistance protein  53.23 
 
 		 1040 aa  1024    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.15115 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1499  multidrug resistance protein mdtC  47.48 
 
 		 1100 aa  649    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1500  AcrB/AcrD/AcrF family protein  64.18 
 
 		 1036 aa  1276    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2671  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.75 
 
 		 1048 aa  893    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2522  acriflavin resistance protein  64.14 
 
 		 1034 aa  1276    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984252  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2523  acriflavin resistance protein  45.45 
 
 		 1035 aa  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4662  acriflavin resistance protein  48.78 
 
 		 1033 aa  963    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545759 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4304  acriflavin resistance protein  47.18 
 
 		 1102 aa  669    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.123043  normal  0.121863 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4305  acriflavin resistance protein  63.89 
 
 		 1037 aa  1236    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0526146  normal  0.0479981 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1652  acriflavin resistance protein  45.79 
 
 		 1037 aa  913    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.257724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1970  acriflavin resistance protein  45.88 
 
 		 1029 aa  879    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1950  AcrB/AcrD/AcrF family protein  48.19 
 
 		 1048 aa  903    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2867  AcrB/AcrD/AcrF family protein  63.98 
 
 		 1036 aa  1267    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2868  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.21 
 
 		 1100 aa  648    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.818421  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2022  acriflavin resistance protein  44.79 
 
 		 1041 aa  820    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.625222  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2756  acriflavin resistance protein  47.76 
 
 		 1042 aa  937    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0866619  normal  0.681611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2900  acriflavin resistance protein  45.88 
 
 		 1037 aa  877    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0921711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2901  acriflavin resistance protein  53.48 
 
 		 1038 aa  1017    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0661735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0379  acriflavin resistance protein  45.71 
 
 		 1024 aa  852    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2498  acriflavin resistance protein  47.35 
 
 		 1041 aa  927    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.224537  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2559  acriflavin resistance protein  52.75 
 
 		 1042 aa  996    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0108247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2560  acriflavin resistance protein  46.29 
 
 		 1034 aa  882    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478642  normal  0.875545 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0743  acriflavin resistance protein  62.33 
 
 		 1044 aa  1231    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.590398 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0744  acriflavin resistance protein  46.77 
 
 		 1051 aa  857    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.842453 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2827  acriflavin resistance protein  58.89 
 
 		 1052 aa  1097    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.68497  normal  0.224548 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2828  acriflavin resistance protein  46.54 
 
 		 1107 aa  663    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.376428  normal  0.152401 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2908  multidrug efflux system protein  64.48 
 
 		 1040 aa  1230    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.442487  normal  0.66419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2909  multidrug efflux system protein  48.52 
 
 		 1103 aa  692    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2009  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  58.17 
 
 		 1041 aa  1136    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0269291  normal  0.0260573 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2010  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  42.33 
 
 		 1106 aa  747    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0120715 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1367  multidrug resistance protein MdtC  47.48 
 
 		 1100 aa  649    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2570  acriflavin resistance protein  53.43 
 
 		 1041 aa  1031    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0830521 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2571  acriflavin resistance protein  46.1 
 
 		 1037 aa  842    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0468972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2802  acriflavin resistance protein  48.44 
 
 		 1042 aa  968    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.749449  normal  0.186131 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1511  acriflavin resistance protein  43.72 
 
 		 1037 aa  771    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1512  acriflavin resistance protein  57.18 
 
 		 1042 aa  1108    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.901552  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1509  acriflavin resistance protein  51.03 
 
 		 1048 aa  986    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2063  acriflavin resistance protein  46.41 
 
 		 1032 aa  883    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2064  acriflavin resistance protein  52.45 
 
 		 1042 aa  1019    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.730897  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3602  acriflavin resistance protein  46.7 
 
 		 1096 aa  907    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3603  acriflavin resistance protein  63.85 
 
 		 1037 aa  1244    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0448996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0512  acriflavin resistance protein  46.79 
 
 		 1100 aa  908    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.196913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0513  acriflavin resistance protein  66.24 
 
 		 1051 aa  1314    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0135048  normal  0.800803 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0600  acriflavin resistance protein  50.82 
 
 		 1066 aa  946    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0654802  normal  0.436006 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3582  acriflavin resistance protein  46.16 
 
 		 1069 aa  896    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2830  acriflavin resistance protein  57.9 
 
 		 1092 aa  1212    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2831  acriflavin resistance protein  49.52 
 
 		 1032 aa  928    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0717  acriflavin resistance protein  46.73 
 
 		 1102 aa  664    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.387594  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0718  acriflavin resistance protein  63.79 
 
 		 1039 aa  1255    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2288  acriflavin resistance protein  46.08 
 
 		 1089 aa  784    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0721362  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1368  multidrug resistance protein MdtB  64.28 
 
 		 1036 aa  1275    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1362  multidrug resistance protein MdtC  47.48 
 
 		 1100 aa  649    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2685  multidrug efflux system subunit MdtB  79.21 
 
 		 1040 aa  1662    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1419  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.65 
 
 		 1048 aa  889    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2584  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.75 
 
 		 1048 aa  892    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.753558  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3169  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.75 
 
 		 1048 aa  890    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0164478  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1078  acriflavin resistance protein  46.79 
 
 		 1102 aa  668    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.955454  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1079  acriflavin resistance protein  63.98 
 
 		 1039 aa  1253    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31890  putative RND efflux transporter  66.7 
 
 		 1043 aa  1328    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0910827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31900  putative efflux transporter  48.42 
 
 		 1036 aa  892    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45890  putative RND efflux transporter  49.75 
 
 		 1036 aa  950    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.961343 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1196  acriflavin resistance protein  46.85 
 
 		 1102 aa  665    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.458181  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1197  acriflavin resistance protein  63.79 
 
 		 1039 aa  1255    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.385942  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0451  acriflavin resistance protein  48.29 
 
 		 1055 aa  962    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.931818 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1026  acriflavin resistance protein  44.11 
 
 		 1032 aa  842    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.193094  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2203  acriflavin resistance protein  63.28 
 
 		 1029 aa  1239    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2204  acriflavin resistance protein  49.46 
 
 		 1036 aa  951    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2531  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.65 
 
 		 1048 aa  891    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1233  acriflavin resistance protein  50.39 
 
 		 1043 aa  969    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2498  acriflavin resistance protein  47.65 
 
 		 1041 aa  905    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2039  acriflavin resistance protein  57.68 
 
 		 1186 aa  756    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00865323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2040  acriflavin resistance protein  46.18 
 
 		 1070 aa  867    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.234661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2287  acriflavin resistance protein  57.39 
 
 		 1026 aa  1070    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0362502  normal  0.921003 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2592  acriflavin resistance protein  56.96 
 
 		 1108 aa  1115    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.616304 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2593  acriflavin resistance protein  47.46 
 
 		 1072 aa  906    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.392078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2145  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.65 
 
 		 1048 aa  889    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.536412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>