More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2919 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2919  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 338 aa  689    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1359  extracellular solute-binding protein family 1  97.34 
 
 		 338 aa  672    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2534  extracellular solute-binding protein  84.32 
 
 		 338 aa  583  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2521  extracellular solute-binding protein family 1  82.25 
 
 		 338 aa  567  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2430  extracellular solute-binding protein family 1  77.81 
 
 		 338 aa  541  1e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.334988  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1463  extracellular solute-binding protein  78.08 
 
 		 339 aa  535  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2710  iron(III)-binding periplasmic protein  78.08 
 
 		 339 aa  534  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.452654  normal  0.0367844 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1350  iron(III) ABC transporter, permease protein, periplasmic iron(III)-binding protein  77.78 
 
 		 339 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.379147  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2837  extracellular solute-binding protein  76.28 
 
 		 337 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.383478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0736  extracellular solute-binding protein family 1  70.26 
 
 		 352 aa  466  9.999999999999999e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0607  extracellular solute-binding protein  69.93 
 
 		 351 aa  458  9.999999999999999e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6136  ABC transporter substrate binding protein (iron)  68.27 
 
 		 329 aa  455  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.327012  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3783  extracellular solute-binding protein family 1  63.44 
 
 		 340 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4112  extracellular solute-binding protein family 1  64.33 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.512643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1962  extracellular solute-binding protein  61.13 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.139482  normal  0.859404 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1982  extracellular solute-binding protein  61.13 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53663  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2028  extracellular solute-binding protein  61.13 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.159304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2858  extracellular solute-binding protein  57.14 
 
 		 341 aa  398  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.329145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5750  extracellular solute-binding protein  57.59 
 
 		 341 aa  395  1e-109  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.177697  normal  0.666773 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1592  extracellular solute-binding protein  51.98 
 
 		 354 aa  351  8e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.641275  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5340  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 		 358 aa  349  4e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.927258 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3650  extracellular solute-binding protein family 1  50.8 
 
 		 343 aa  342  4e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0546711  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2022  extracellular solute-binding protein  50.97 
 
 		 333 aa  338  5.9999999999999996e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0434097  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3950  ABC Fe3+ transporter, periplasmic ligand binding protein  41.83 
 
 		 344 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0258476  normal  0.044916 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7421  extracellular solute-binding protein family 1  39.62 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.306518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4828  extracellular solute-binding protein family 1  38.74 
 
 		 347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024874  normal  0.037775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5394  ferric iron-binding periplasmic protein HitA  39.27 
 
 		 335 aa  232  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62000  ferric iron-binding periplasmic protein HitA  39.27 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617589  normal  0.0992069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1835  ABC Fe+3 transporter, periplasmic ligand binding protein  38.31 
 
 		 343 aa  228  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.236208  normal  0.444011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4881  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  35.54 
 
 		 337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4761  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 		 337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0315146  normal  0.468263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4937  extracellular solute-binding protein  34.64 
 
 		 337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000349724 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3363  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.950181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4671  extracellular solute-binding protein  34.49 
 
 		 337 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164274  normal  0.522234 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1431  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 		 355 aa  204  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452816  hitchhiker  0.000555172 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2416  extracellular solute-binding protein family 1  34.74 
 
 		 349 aa  202  9.999999999999999e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000133122  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3093  extracellular solute-binding protein  34.46 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.383646  normal  0.418833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0531  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8130  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  34.14 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.201233 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1664  extracellular solute-binding protein family 1  33.12 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000133453  normal  0.0424658 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1175  extracellular solute-binding protein  30.52 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.282862  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1722  extracellular solute-binding protein  34.59 
 
 		 379 aa  190  2.9999999999999997e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000849376  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06280  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  32.7 
 
 		 363 aa  175  9.999999999999999e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.124476  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6601  extracellular solute-binding protein family 1  30.61 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.252568 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2720  extracellular solute-binding protein family 1  31.74 
 
 		 353 aa  169  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.015536  normal  0.702037 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2015  extracellular solute-binding protein family 1  32.23 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000268441  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2070  extracellular solute-binding protein family 1  32.3 
 
 		 345 aa  159  5e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.620132  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1409  iron transport system substrate-binding protein  32.24 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3844  extracellular solute-binding protein  32.26 
 
 		 347 aa  142  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  hitchhiker  0.0000000311792 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3754  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 		 355 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.684526  normal  0.0834035 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1547  ABC iron transporter, periplasmic binding protein  30.66 
 
 		 374 aa  139  8.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.231784  normal  0.33336 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1728  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 374 aa  136  5e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.224389  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1469  extracellular solute-binding protein family 1  31.39 
 
 		 365 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1443  extracellular solute-binding protein family 1  31.39 
 
 		 365 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0990  ABC transporter, iron binding protein  29.28 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.599077 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1444  extracellular solute-binding protein family 1  28.26 
 
 		 350 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2574  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232421 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1470  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.848361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 381 aa  123  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68900  putative binding protein component of ABC iron transporter  26.3 
 
 		 332 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.940616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0869  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.107686  hitchhiker  0.000000984124 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20451  hypothetical protein  28.96 
 
 		 342 aa  119  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.41005 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3377  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 349 aa  120  4.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.977933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0162  ABC-type iron(III) transport system,substrate-binding protein  27.97 
 
 		 385 aa  119  7e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5430  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 		 334 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0277542 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1596  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 351 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.924744  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1188  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.244132  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2002  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  29.26 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5962  putative iron ABC transporter binding protein subunit  25.15 
 
 		 332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5021  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 333 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16181  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  29.43 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0314  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  24.61 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0244  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0128  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0515184  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1578  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  29.5 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.49279  normal  0.0225547 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3508  extracellular solute-binding protein family 1  29.35 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00278562  normal  0.288833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47300  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  25.47 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0742  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 		 333 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5103  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 333 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5196  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  24.38 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2175  transport system substrate-binding protein  26.85 
 
 		 366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0967  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.760602 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0976  extracellular solute-binding protein family 1  29.53 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1056  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0774  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  29.25 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.899979  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0189  putative iron-binding protein  26.54 
 
 		 346 aa  109  6e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.120226  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2890  extracellular solute-binding protein family 1  25.22 
 
 		 360 aa  109  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5256  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 333 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1200  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0005  iron-binding protein  25.83 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000237726  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0118  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0124  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0170  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0949537  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1108  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.048242 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00162  putative ABC-type transport system, periplasmic component  28.81 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.403818  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0732  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.23005  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12551  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  26.69 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.733876  hitchhiker  0.00360834 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0893  ABC-type transport system, periplasmic component  26.44 
 
 		 326 aa  106  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.24899e-18  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>