43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2874 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2874  hypothetical protein  100 
 
 
555 aa  1133    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0165  hypothetical protein  28.62 
 
 
595 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.820724 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4715  hypothetical protein  41.76 
 
 
255 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.214433  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1029  hypothetical protein  25.92 
 
 
565 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2979  hypothetical protein  32.05 
 
 
464 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213619  normal  0.0308944 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3220  hypothetical protein  28.24 
 
 
429 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.309685  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2733  hypothetical protein  26.3 
 
 
465 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0286809  normal  0.420711 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4311  hypothetical protein  29.24 
 
 
514 aa  74.3  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0701408  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3692  hypothetical protein  29.63 
 
 
466 aa  73.9  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24021  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1535  hypothetical protein  26.87 
 
 
457 aa  72  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1873  hypothetical protein  27.92 
 
 
408 aa  72.4  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0828  hypothetical protein  29.2 
 
 
465 aa  72.8  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.169587  normal  0.89588 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1027  hypothetical protein  37.78 
 
 
374 aa  71.6  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0172  hypothetical protein  30.77 
 
 
527 aa  71.2  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.707378  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3739  hypothetical protein  31.78 
 
 
428 aa  70.9  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1691  SMC domain protein  27.27 
 
 
378 aa  70.5  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.611613 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1460  hypothetical protein  28.3 
 
 
391 aa  69.3  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001831  hypothetical protein  29.76 
 
 
377 aa  68.6  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1311  hypothetical protein  32.87 
 
 
508 aa  68.6  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.139269  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2955  hypothetical protein  34 
 
 
378 aa  67.4  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01780  hypothetical protein  28.47 
 
 
378 aa  67  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2371  hypothetical protein  32.62 
 
 
369 aa  65.1  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3548  hypothetical protein  30.32 
 
 
368 aa  63.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.112036 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2287  hypothetical protein  25.94 
 
 
467 aa  62  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125629  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0136  hypothetical protein  34.03 
 
 
224 aa  62  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.224631  normal  0.0478866 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0116  hypothetical protein  33.63 
 
 
617 aa  61.6  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.000168876  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3408  putative ATP-dependent endonuclease (OLD family protein)  30.07 
 
 
363 aa  61.2  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0529287 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0764  hypothetical protein  28.37 
 
 
371 aa  60.5  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2063  hypothetical protein  29.32 
 
 
459 aa  60.5  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.731281  normal  0.359849 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3580  hypothetical protein  24.68 
 
 
510 aa  56.2  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00103089  normal  0.191716 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1798  hypothetical protein  36.99 
 
 
478 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1770  hypothetical protein  36.99 
 
 
459 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0165  hypothetical protein  28.79 
 
 
451 aa  55.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0707  hypothetical protein  25.85 
 
 
374 aa  54.7  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2027  hypothetical protein  31.85 
 
 
435 aa  54.3  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.34457  normal  0.0634811 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl296  hypothetical protein  28.46 
 
 
483 aa  52  0.00003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250959  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2181  SMC domain-containing protein  25.83 
 
 
380 aa  50.8  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4667  hypothetical protein  24.49 
 
 
227 aa  48.5  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.976335  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  44.44 
 
 
371 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  43.48 
 
 
386 aa  44.3  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2085  DNA repair ATPase-like protein  50 
 
 
686 aa  44.7  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0395547  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  44.68 
 
 
392 aa  43.9  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  32.05 
 
 
394 aa  43.9  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>