77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2855 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2855  general secretion pathway protein I  100 
 
 		 121 aa  243  8e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1417  general secretion pathway protein I  95.83 
 
 		 121 aa  234  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.834433  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1304  general secretion pathway protein I  60.17 
 
 		 125 aa  152  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1475  general secretion pathway protein I  60.5 
 
 		 128 aa  148  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0008  general secretion pathway protein I  52.07 
 
 		 121 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.172677 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0102  general secretion pathway protein I  45.83 
 
 		 128 aa  110  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4586  general secretion pathway protein I  38.79 
 
 		 127 aa  101  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.589352  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2919  general secretion pathway protein I  43.1 
 
 		 125 aa  98.2  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4353  general secretion pathway protein I  38.46 
 
 		 123 aa  95.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4201  general secretion pathway protein I  38.33 
 
 		 122 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0158  general secretion pathway protein I  38.33 
 
 		 122 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0126  general secretion pathway protein I  39.83 
 
 		 121 aa  94.4  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0154  general secretion pathway protein I  38.33 
 
 		 122 aa  94.4  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0158  general secretion pathway protein I  37.5 
 
 		 122 aa  93.6  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0506331 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0161  general secretion pathway protein I  37.5 
 
 		 122 aa  92  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.890337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0156  general secretion pathway protein I  37.5 
 
 		 122 aa  92  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0156  general secretion pathway protein I  37.5 
 
 		 122 aa  92  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3614  general secretion pathway protein I  37.82 
 
 		 134 aa  91.3  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3562  general secretion pathway protein I  37.5 
 
 		 122 aa  91.3  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3407  general secretion pathway protein GspI  48.11 
 
 		 123 aa  90.9  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.937409  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0236  general secretion pathway protein I  36.44 
 
 		 131 aa  89.4  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4729  general secretion pathway protein I  35.29 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.768046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0149  general secretion pathway protein I  35.04 
 
 		 125 aa  87.4  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2301  general secretion pathway protein I  40.34 
 
 		 117 aa  87  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24050  general secretion pathway protein I  49.41 
 
 		 129 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2034  general secretion pathway protein I  44.44 
 
 		 129 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0174  general secretion pathway protein I  35.29 
 
 		 121 aa  86.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.833715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03961  general secretion pathway protein I  36.13 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0110  general secretion pathway protein I  34.48 
 
 		 145 aa  85.1  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4246  general secretion pathway protein I  37.93 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001887  general secretion pathway protein I  39.29 
 
 		 111 aa  80.5  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2921  general secretion pathway protein I  38.14 
 
 		 127 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.259382  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00606  general secretion pathway protein I  39.29 
 
 		 111 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0957  general secretion pathway protein I  28.44 
 
 		 114 aa  72  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.794205  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02833  hypothetical type II secretion protein  48.11 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000311781  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02783  hypothetical protein  48.11 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000320273  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1353  general secretion pathway protein I  36.79 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3422  general secretion pathway protein I  48.11 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3133  general secretion pathway protein I  48.11 
 
 		 123 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0171  general secretion pathway protein I  36.67 
 
 		 122 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3242  general secretion pathway protein GspI  48.11 
 
 		 123 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.754588 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1896  general secretion pathway protein I  35.35 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2389  general secretion pathway protein I  37.07 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000242378 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2534  general secretion pathway protein I  37.37 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0400715  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0383  general secretion pathway protein I  33.33 
 
 		 125 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03132  hypothetical protein  33.33 
 
 		 125 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0383  general secretion pathway protein I  33.33 
 
 		 125 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03181  general secretory pathway component, cryptic  33.33 
 
 		 125 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3524  general secretion pathway protein I  33.33 
 
 		 125 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0652  general secretion pathway protein I  34.02 
 
 		 132 aa  53.5  0.0000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0185072  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0923  general secretion pathway protein I  34.38 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.076097  normal  0.842092 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0146  general secretion pathway protein I  31.3 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1411  general secretion pathway protein I  33.66 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0233232  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1314  type II secretory pathway protein LspI  33.67 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3311  type II secretion system protein I/J  33.33 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3386  general secretion pathway protein I  32.67 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1311  type II secretory pathway protein LspI  38.75 
 
 		 125 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0673  general secretion pathway protein I  34.04 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0386327  normal  0.248566 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1009  type II secretion system protein I/J  28.92 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3223  general secretion pathway protein I  29.09 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3393  general secretion pathway protein I  33.33 
 
 		 132 aa  48.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3575  general secretion pathway protein I  28.7 
 
 		 124 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.607057 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3046  general secretion pathway protein I  33.33 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.934205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1079  general secretion pathway protein I  30.39 
 
 		 124 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.637653  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3265  general secretion pathway protein I  30.14 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000472125  hitchhiker  0.00000000000000289406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0536  general secretion pathway protein I  42.62 
 
 		 126 aa  46.2  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3130  general secretion pathway protein I  32.93 
 
 		 131 aa  46.2  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.922976  normal  0.035398 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2374  general secretion pathway protein I  33.7 
 
 		 143 aa  45.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.764605  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1063  general secretion pathway protein I  30.86 
 
 		 146 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3523  general secretion pathway protein I  32.65 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0107932  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0320  general secretion pathway protein I  29.29 
 
 		 125 aa  45.1  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.492193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3421  general secretion pathway protein I  29.29 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000443599 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3108  general secretory pathway I transmembrane protein  37.7 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.595144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0762  general secretion pathway protein I  31.07 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987746  normal  0.118153 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1323  general secretion pathway protein I  31.25 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1510  hypothetical protein  39.29 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000935366  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3180  general secretion pathway protein I  36.07 
 
 		 126 aa  41.2  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0631485  normal  0.0212721 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>