82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2796 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2796  hypothetical protein  100 
 
 
246 aa  483  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1469  hypothetical protein  90.08 
 
 
250 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2572  Sporulation domain protein  59.03 
 
 
275 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1372  Sporulation domain protein  59.31 
 
 
285 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3330  hypothetical protein  60.64 
 
 
249 aa  257  9e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.379466  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1424  hypothetical protein  58.33 
 
 
240 aa  248  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0357  hypothetical protein  58.33 
 
 
240 aa  248  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1533  hypothetical protein  57.83 
 
 
245 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0478054  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2863  hypothetical protein  56.68 
 
 
233 aa  239  4e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2594  hypothetical protein  55.74 
 
 
224 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.320198 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2606  hypothetical protein  55.74 
 
 
224 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172543  normal  0.269568 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2715  hypothetical protein  55.74 
 
 
224 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.582953  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2506  hypothetical protein  55.74 
 
 
224 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2552  hypothetical protein  55.33 
 
 
224 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2692  hypothetical protein  55.33 
 
 
220 aa  217  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2470  hypothetical protein  55.74 
 
 
220 aa  217  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1338  hypothetical protein  55.33 
 
 
220 aa  217  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3454  hypothetical protein  55.74 
 
 
220 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2608  hypothetical protein  55.33 
 
 
220 aa  217  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2465  hypothetical protein  55.33 
 
 
220 aa  217  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02199  hypothetical protein  55.33 
 
 
220 aa  217  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1342  Phosphogluconate dehydratase  55.33 
 
 
220 aa  217  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0363237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02239  hypothetical protein  55.33 
 
 
220 aa  217  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2304  sporulation domain-containing protein  38.43 
 
 
221 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2148  sporulation related  37.7 
 
 
223 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.891336  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1493  sporulation domain-containing protein  37.13 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1428  sporulation domain-containing protein  36.88 
 
 
274 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1481  sporulation domain-containing protein  37.01 
 
 
274 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.896117 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1619  sporulation domain-containing protein  34.02 
 
 
209 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250662  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2982  sporulation domain-containing protein  34.16 
 
 
201 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00537786  normal  0.573475 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1619  Sporulation domain protein  36.02 
 
 
250 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.17908  normal  0.957178 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2740  sporulation domain-containing protein  35.74 
 
 
250 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2439  sporulation domain-containing protein  36.11 
 
 
259 aa  132  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.855765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1654  sporulation domain-containing protein  36.84 
 
 
206 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3066  hypothetical protein  36.75 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0523  dedD protein  37.5 
 
 
198 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0155221  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2834  sporulation domain-containing protein  33.6 
 
 
250 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0238202 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2757  sporulation domain-containing protein  33.6 
 
 
250 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002877  DedD protein  36.84 
 
 
197 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.936612  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1488  sporulation related  36.99 
 
 
232 aa  122  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000050806  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03097  hypothetical protein  35.92 
 
 
197 aa  122  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1397  sporulation domain-containing protein  32.79 
 
 
208 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1607  sporulation related  31.35 
 
 
214 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1967  sporulation domain-containing protein  30.8 
 
 
205 aa  106  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.55726 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3800  dedD protein  30 
 
 
204 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1078  putative sporulation and cell division protein  40.68 
 
 
189 aa  75.1  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01208  dedD protein  38.16 
 
 
203 aa  68.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000622771  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1694  sporulation related  32.78 
 
 
215 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.346748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1861  sporulation domain-containing protein  29.25 
 
 
313 aa  58.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.760858  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2491  hypothetical protein  28.15 
 
 
267 aa  57.8  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.687072  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2046  sporulation domain-containing protein  30 
 
 
186 aa  55.8  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.231148  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0959  cell division related protein  32.33 
 
 
205 aa  54.7  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.128366  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1052  sporulation and cell division repeat-containing protein  32.33 
 
 
203 aa  54.3  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4791  cell division protein FtsN  30.69 
 
 
312 aa  50.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000221043 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2228  Sporulation domain protein  31.03 
 
 
280 aa  50.8  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325394  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2738  sporulation domain-containing protein  31.03 
 
 
280 aa  50.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.904552  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1090  sporulation domain-containing protein  24.92 
 
 
332 aa  50.1  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.438244 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1045  Sporulation domain protein  25.52 
 
 
268 aa  50.1  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.827032 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3373  sporulation domain-containing protein  32.88 
 
 
271 aa  48.9  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0553725  normal  0.16412 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1554  sporulation domain-containing protein  25.45 
 
 
223 aa  48.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.255829  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0776  sporulation domain-containing protein  25.84 
 
 
279 aa  48.1  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153449  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1910  hypothetical protein  35.53 
 
 
214 aa  47.4  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.504476 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0106  surface layer domain protein  60.42 
 
 
444 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000000230469  hitchhiker  0.00000000000214595 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2462  hypothetical protein  23.11 
 
 
245 aa  47  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.369037 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0254  hypothetical protein  48.33 
 
 
423 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.158302  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3058  Sporulation domain protein  32.31 
 
 
230 aa  46.2  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02506  hypothetical protein  29.73 
 
 
345 aa  46.2  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0128  sporulation related  27.78 
 
 
260 aa  45.8  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230177  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1257  Sporulation domain protein  27.27 
 
 
218 aa  45.8  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0079  surface layer protein  61.22 
 
 
489 aa  45.4  0.0009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1605  sporulation related  26.34 
 
 
255 aa  45.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4190  sporulation related  31 
 
 
176 aa  44.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1330  Sporulation domain protein  23.4 
 
 
194 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.673362  normal 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0060  surface layer protein  51.79 
 
 
484 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000340805  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0874  sporulation related  32.93 
 
 
239 aa  44.3  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0365058 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1265  sporulation related  25.98 
 
 
221 aa  43.9  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.96863  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4550  S-layer protein  70.97 
 
 
276 aa  42.7  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2012  hypothetical protein  32.98 
 
 
231 aa  42.4  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2007  hypothetical protein  32.98 
 
 
231 aa  42.4  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2153  DedD protein  34.72 
 
 
268 aa  42.4  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.453662  normal  0.165352 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2063  pathogenicity protein, putative  67.65 
 
 
630 aa  42  0.01  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  67.65 
 
 
926 aa  42  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>