143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2748 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2748  hypothetical protein  100 
 
 		 209 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.889964  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1521  hypothetical protein  97.61 
 
 		 209 aa  417  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.447986  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3807  hypothetical protein  58.42 
 
 		 207 aa  227  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0422433 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4864  hypothetical protein  58.42 
 
 		 207 aa  227  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.542639 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3799  NmrA family protein  56.52 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00787812  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0652  hypothetical protein  56.52 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.216659 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3887  NmrA family protein  56.52 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00312575  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4454  hypothetical protein  40.87 
 
 		 211 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02532  hypothetical protein  41.26 
 
 		 210 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0382  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.56 
 
 		 229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 		 225 aa  103  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.17 
 
 		 228 aa  102  5e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26382  predicted protein  30.62 
 
 		 267 aa  86.3  3e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0549744  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2414  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.87 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.596261  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2353  NmrA-like  32.24 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0163  NmrA-like protein  32.26 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1972  NmrA-like  32.87 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 		 212 aa  73.6  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.015604 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_12408  predicted protein  30.69 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00187836  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0623  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 		 218 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0501  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like  32.11 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.82125 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3079  hypothetical protein  27.54 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208681  normal  0.101774 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4905  NmrA family protein  23.04 
 
 		 327 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.554615 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2936  hypothetical protein  28.29 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1003  NmrA-like  26.71 
 
 		 221 aa  58.2  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.95557 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1920  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.62 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4317  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.14 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.416594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5510  hypothetical protein  28.04 
 
 		 219 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325809  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.520797 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2180  hypothetical protein  25.35 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2218  hypothetical protein  25.35 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.864295  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.64 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.36 
 
 		 219 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.432417 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3977  NmrA family protein  28.92 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000385201 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1754  hypothetical protein  22.64 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.843314  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 		 296 aa  55.5  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09343  hypothetical protein  24.18 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0414979  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2502  NmrA family protein  26.88 
 
 		 332 aa  55.1  0.0000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.174939  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND00720  conserved protein  25.58 
 
 		 241 aa  55.1  0.0000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1230  hypothetical protein  28.08 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.629008  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0968  saccharopine dehydrogenase related protein  25.59 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3928  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 		 209 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3617  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative  31.01 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.753976 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2425  chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  23.29 
 
 		 320 aa  53.5  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.126236 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.297602  normal  0.281198 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4583  Male sterility-like  25.99 
 
 		 282 aa  52.4  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08271  hypothetical protein  50 
 
 		 72 aa  52.8  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42659  predicted protein  26.96 
 
 		 282 aa  52.8  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1014  hypothetical protein  26.95 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.177874  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 		 215 aa  52  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.825731  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0868  saccharopine dehydrogenase related protein  26.35 
 
 		 217 aa  52  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1942  binding/catalytic/coenzyme-binding protein  30.99 
 
 		 257 aa  52  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1159  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 		 218 aa  51.6  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1916  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative  30.99 
 
 		 257 aa  52  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3033  NmrA family protein  26.74 
 
 		 300 aa  51.6  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.439584 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0923  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.44 
 
 		 205 aa  51.6  0.000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.07 
 
 		 227 aa  50.8  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.942866  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2657  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.01 
 
 		 230 aa  50.1  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.352219  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1725  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 		 214 aa  50.8  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2380  NmrA family protein  28.08 
 
 		 294 aa  50.8  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 		 194 aa  50.1  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 		 231 aa  48.9  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54690  hypothetical protein  30.7 
 
 		 213 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.347798  hitchhiker  0.00000151278 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.49 
 
 		 231 aa  48.5  0.00007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.43 
 
 		 211 aa  48.5  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02326  hypothetical protein  24.4 
 
 		 210 aa  48.5  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.544292  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  30.43 
 
 		 294 aa  48.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10747  predicted protein  33.82 
 
 		 246 aa  48.5  0.00008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.095057  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.468435  normal  0.127341 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 		 223 aa  47.8  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.235405  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4516  putative secreted protein  26.03 
 
 		 231 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.465433 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2104  NmrA family protein  32.84 
 
 		 285 aa  47.4  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4779  hypothetical protein  30.7 
 
 		 213 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.421738  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2877  NmrA family protein  32.26 
 
 		 285 aa  47.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2016  NmrA family protein  23.12 
 
 		 339 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.675517 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 		 227 aa  46.2  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0760206  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00500  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.05 
 
 		 220 aa  46.6  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39496  normal  0.546332 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.84 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.146647  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0474  hypothetical protein  32.17 
 
 		 214 aa  46.2  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.84085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09591  putative NADH-flavin reductase  26.38 
 
 		 221 aa  46.6  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155295 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6100  histidine triad (HIT) protein  26.32 
 
 		 374 aa  46.6  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00945728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.61 
 
 		 290 aa  46.6  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.470267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.49 
 
 		 270 aa  46.2  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 		 214 aa  45.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.497066 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17611  putative NADH-flavin reductase  36.54 
 
 		 227 aa  46.2  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1439  NmrA family protein  29.53 
 
 		 284 aa  45.8  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.58 
 
 		 209 aa  45.8  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 		 334 aa  45.4  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08411  putative NADH-flavin reductase  28.22 
 
 		 222 aa  45.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.40154  hitchhiker  0.00485134 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6230  NmrA family protein  28.67 
 
 		 284 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.365966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.12 
 
 		 218 aa  45.8  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0203481 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6399  NmrA-like  30.09 
 
 		 284 aa  45.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.82 
 
 		 220 aa  45.4  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>