More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2493 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1270  major facilitator transporter  79.63 
 
 
494 aa  666    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2493  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
484 aa  927    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.15789  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2136  major facilitator superfamily MFS_1  56.93 
 
 
488 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1114  major facilitator transporter  56.64 
 
 
486 aa  432  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.90955  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1465  major facilitator transporter  57.14 
 
 
473 aa  423  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4015  major facilitator superfamily MFS_1  46.67 
 
 
492 aa  329  9e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8291  major facilitator superfamily MFS_1  46.04 
 
 
480 aa  328  2.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3075  major facilitator superfamily MFS_1  43.21 
 
 
509 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3421  major facilitator superfamily MFS_1  43.04 
 
 
488 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6465  transporter  41.51 
 
 
484 aa  294  2e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265131  normal  0.0861324 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3555  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  42.92 
 
 
583 aa  293  6e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7521  major facilitator superfamily MFS_1  38.96 
 
 
492 aa  291  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4810  major facilitator transporter  41 
 
 
555 aa  290  3e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.502996 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1498  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  41.49 
 
 
481 aa  289  9e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.270463  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5462  major facilitator superfamily MFS_1  40.04 
 
 
528 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.432135  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2796  major facilitator superfamily protein  40.38 
 
 
493 aa  286  8e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.252662  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5751  major facilitator transporter  42.86 
 
 
486 aa  280  6e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3500  major facilitator superfamily MFS_1  40.42 
 
 
513 aa  278  2e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.021178 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1147  major facilitator superfamily drug efflux transporter  40.69 
 
 
516 aa  277  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.777739  normal  0.947879 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0918  major facilitator transporter  40.93 
 
 
486 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7831  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.43 
 
 
502 aa  274  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0429863 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4699  major facilitator transporter  40.31 
 
 
486 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4177  major facilitator transporter  40.27 
 
 
486 aa  270  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7777  transporter  37.61 
 
 
480 aa  269  8e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5489  major facilitator transporter  39.65 
 
 
486 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.157895 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3574  major facilitator transporter  39.65 
 
 
514 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.839837  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4793  major facilitator transporter  39.65 
 
 
514 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1118  major facilitator transporter  39.62 
 
 
471 aa  264  2e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.951863  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0738  major facilitator superfamily transporter  41.67 
 
 
488 aa  261  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3808  major facilitator transporter  38.56 
 
 
487 aa  257  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.49982  hitchhiker  0.00947833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0856  major facilitator superfamily MFS_1  38.57 
 
 
471 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1265  major facilitator superfamily MFS_1  36.68 
 
 
524 aa  253  4.0000000000000004e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6286  major facilitator transporter  39.51 
 
 
493 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2572  major facilitator superfamily MFS_1  41.72 
 
 
505 aa  252  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000778794  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5344  membrane efflux protein  43.91 
 
 
503 aa  252  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.755998 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6454  major facilitator transporter  39.29 
 
 
493 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6689  major facilitator transporter  39.29 
 
 
493 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6497  major facilitator superfamily MFS_1  36.61 
 
 
630 aa  248  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3597  major facilitator superfamily MFS_1  41.07 
 
 
488 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0748  major facilitator transporter  38.7 
 
 
480 aa  242  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2788  major facilitator superfamily MFS_1  37.73 
 
 
487 aa  241  2.9999999999999997e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103583  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2726  major facilitator transporter  38.67 
 
 
484 aa  240  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1308  major facilitator superfamily MFS_1  41.45 
 
 
459 aa  236  6e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.845167 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2166  major facilitator superfamily MFS_1  37.91 
 
 
485 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0144549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3275  major facilitator superfamily MFS_1  40.38 
 
 
467 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5108  major facilitator superfamily MFS_1  40.52 
 
 
480 aa  233  5e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.099358 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5808  putative transmembrane protein  36.94 
 
 
483 aa  233  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.44132 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5462  major facilitator superfamily MFS_1  36.05 
 
 
491 aa  232  1e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1065  major facilitator transporter  37.47 
 
 
475 aa  229  8e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.741114 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2303  major facilitator superfamily MFS_1  32.87 
 
 
518 aa  227  3e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3532  major facilitator superfamily MFS_1  36.7 
 
 
480 aa  226  8e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.602824 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0775  major facilitator transporter  37.32 
 
 
470 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.589082  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2823  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.47 
 
 
564 aa  225  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2644  major facilitator superfamily MFS_1  35.15 
 
 
484 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.94873  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2173  major facilitator superfamily MFS_1  35.96 
 
 
477 aa  224  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10400  arabinose efflux permease family protein  36.51 
 
 
489 aa  224  2e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0449426 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2701  major facilitator superfamily MFS_1  36.65 
 
 
503 aa  224  3e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.417248  normal  0.482514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4634  major facilitator transporter  37.5 
 
 
471 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1413  major facilitator transporter  33.68 
 
 
479 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118786 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5456  major facilitator transporter  37.33 
 
 
505 aa  223  6e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.247953  normal  0.756284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2459  major facilitator superfamily MFS_1  36.38 
 
 
516 aa  216  5e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2256  major facilitator superfamily MFS_1  37.87 
 
 
504 aa  216  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1430  major facilitator transporter  36.26 
 
 
480 aa  215  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3267  major facilitator superfamily MFS_1  38.03 
 
 
471 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.533145  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2963  major facilitator transporter  39.14 
 
 
512 aa  210  5e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0316634  hitchhiker  0.000555172 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15790  arabinose efflux permease family protein  36.38 
 
 
481 aa  208  2e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.267513  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2393  major facilitator transporter  37.44 
 
 
481 aa  208  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.74684  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3405  major facilitator transporter  32.96 
 
 
471 aa  208  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00287902  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47900  putative MFS transporter  37.39 
 
 
480 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00274323  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2596  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.5 
 
 
527 aa  203  7e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312555  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3894  major facilitator superfamily MFS_1  36.81 
 
 
490 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.925451  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1209  major facilitator transporter  38.65 
 
 
486 aa  201  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2726  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.85 
 
 
500 aa  199  7e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2542  major facilitator transporter  36.77 
 
 
481 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000721597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4129  MFS family transporter  38.21 
 
 
480 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1372  major facilitator transporter  32.7 
 
 
479 aa  197  4.0000000000000005e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0033883 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02580  arabinose efflux permease family protein  34.38 
 
 
476 aa  197  5.000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2045  major facilitator transporter  34.35 
 
 
506 aa  195  1e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.706094  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2551  major facilitator superfamily MFS_1  39.86 
 
 
477 aa  195  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0952  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.27 
 
 
540 aa  194  2e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4340  major facilitator transporter  33.05 
 
 
480 aa  192  1e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.199167  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1069  major facilitator superfamily MFS_1  36.03 
 
 
476 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.794083 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3947  transporter  39.82 
 
 
478 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000887257  normal  0.0113093 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2727  major facilitator superfamily MFS_1  35.09 
 
 
480 aa  191  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254035  normal  0.0453681 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1767  major facilitator superfamily MFS_1  37.04 
 
 
473 aa  190  4e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4177  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.86 
 
 
522 aa  187  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1720  major facilitator transporter  38.24 
 
 
473 aa  186  7e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.50289  normal  0.409594 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5021  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.69 
 
 
478 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8828  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.97 
 
 
458 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00337993  hitchhiker  0.00204639 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7047  putative transmembrane efflux protein  32.58 
 
 
492 aa  184  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0500177  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3303  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.2 
 
 
498 aa  183  5.0000000000000004e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.213054  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4014  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.59 
 
 
504 aa  183  8.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.223084 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3066  major facilitator superfamily MFS_1  37.23 
 
 
473 aa  182  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21380  arabinose efflux permease family protein  33.95 
 
 
481 aa  182  1e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000069815 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2221  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.23 
 
 
609 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.667625  normal  0.81194 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1124  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.87 
 
 
489 aa  177  3e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0484  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.89 
 
 
551 aa  177  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4455  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.89 
 
 
478 aa  177  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4542  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.89 
 
 
484 aa  177  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.717772 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1557  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.7 
 
 
539 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>