More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2174 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2174  alpha/beta hydrolase fold protein  100 
 
 
277 aa  580  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.633996  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03173  hypothetical protein  65.12 
 
 
272 aa  346  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.188182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2065  alpha/beta hydrolase fold protein  29.79 
 
 
252 aa  95.5  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0179548  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0821  alpha/beta hydrolase fold  29.49 
 
 
252 aa  92.8  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0847  alpha/beta hydrolase fold protein  27.37 
 
 
404 aa  71.6  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.135304  normal  0.159023 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.07 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.07 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  36.54 
 
 
367 aa  69.3  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4574  alpha/beta fold family hydrolase  26.07 
 
 
266 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  38.46 
 
 
370 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3841  alpha/beta hydrolase fold  25.39 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  28.03 
 
 
309 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  35.71 
 
 
374 aa  68.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.32 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2047  Alpha/beta hydrolase fold  27.78 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  36.89 
 
 
371 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3768  alpha/beta hydrolase fold  25.39 
 
 
267 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  25.79 
 
 
274 aa  65.1  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3399  alpha/beta hydrolase fold protein  25 
 
 
283 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0119  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  39.81 
 
 
380 aa  63.2  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.156608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  25.67 
 
 
315 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  25.67 
 
 
315 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  34.62 
 
 
370 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2542  alpha/beta hydrolase fold protein  28.86 
 
 
310 aa  61.6  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.106613  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1140  alpha/beta hydrolase fold  29.46 
 
 
320 aa  60.5  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.64719  normal  0.115917 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3966  alpha/beta hydrolase fold  24.61 
 
 
267 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0351  alpha/beta hydrolase fold  30.23 
 
 
283 aa  60.1  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.825015  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0585  alpha/beta hydrolase fold  29.46 
 
 
285 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.474837  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0806  alpha/beta hydrolase fold  24.81 
 
 
279 aa  59.3  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0845651 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1273  Alpha/beta hydrolase fold  24.12 
 
 
258 aa  59.3  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.879726  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5050  alpha/beta hydrolase fold  34.21 
 
 
243 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1173  proline iminopeptidase, putative  21.88 
 
 
278 aa  58.9  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5552  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.04 
 
 
370 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.077135  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7870  alpha/beta hydrolase fold protein  36.36 
 
 
250 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0953  alpha/beta fold family hydrolase  24.08 
 
 
291 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1019  alpha/beta fold family hydrolase  24.08 
 
 
291 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00544898  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1100  hydrolase, alpha/beta fold family  24.08 
 
 
291 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59036e-57 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4241  hydrolase, alpha/beta fold family  23.77 
 
 
290 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0213697  hitchhiker  0.0000000245564 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2964  alpha/beta hydrolase fold  22.06 
 
 
282 aa  57.4  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2885  alpha/beta hydrolase fold protein  24.4 
 
 
275 aa  57  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00297178 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5234  putative hydrolase  29.8 
 
 
249 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373086  normal  0.217404 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1057  hydrolase, alpha/beta fold family  23.77 
 
 
290 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000161202  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0519  alpha/beta hydrolase fold protein  32.11 
 
 
256 aa  57.4  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1033  alpha/beta hydrolase fold  28.67 
 
 
280 aa  57  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0702791 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3415  alpha/beta hydrolase fold  32.43 
 
 
256 aa  57  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0105  alpha/beta hydrolase  32.29 
 
 
328 aa  56.2  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00875507  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0750  putative branched-chain amino acid transport protein  24.15 
 
 
256 aa  56.2  0.0000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3124  alpha/beta hydrolase fold  23.73 
 
 
247 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0321729  normal  0.028375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0507  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
264 aa  56.2  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.99 
 
 
368 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.99 
 
 
368 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4841  alpha/beta hydrolase fold protein  34.44 
 
 
266 aa  55.8  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.99 
 
 
368 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3024  alpha/beta hydrolase fold protein  24.52 
 
 
273 aa  55.5  0.0000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  hitchhiker  0.00214769 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0939  alpha/beta hydrolase fold family lipase  23.36 
 
 
291 aa  55.5  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000150383  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  21.96 
 
 
296 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4082  alpha/beta hydrolase fold  26.16 
 
 
284 aa  54.7  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5167  alpha/beta hydrolase fold  30.77 
 
 
246 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0533  hypothetical protein  33.98 
 
 
282 aa  55.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0509  hypothetical protein  33.98 
 
 
282 aa  55.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3110  alpha/beta hydrolase fold protein  34.69 
 
 
304 aa  55.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0940  alpha/beta hydrolase fold  24.22 
 
 
290 aa  55.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.178351  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6602  alpha/beta hydrolase fold  22.63 
 
 
261 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.472817  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0276  alpha/beta hydrolase fold protein  23.53 
 
 
325 aa  54.7  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.267847  normal  0.743804 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1230  alpha/beta hydrolase fold  22.63 
 
 
261 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06730  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  28.91 
 
 
343 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0269  alpha/beta fold family hydrolase  24.86 
 
 
265 aa  54.7  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.699859  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0931  alpha/beta hydrolase fold family lipase  24.39 
 
 
291 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000302651  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0608  alpha/beta hydrolase fold  34.69 
 
 
311 aa  54.7  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000717376  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0653  alpha/beta hydrolase fold  25.37 
 
 
262 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.748775  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0638  alpha/beta hydrolase fold  25.37 
 
 
262 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0392  alpha/beta hydrolase fold  35.35 
 
 
273 aa  54.7  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1186  hydrolase, alpha/beta fold family  23.36 
 
 
291 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000004858  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4406  hydrolase  22.63 
 
 
271 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5680  alpha/beta hydrolase fold protein  28.81 
 
 
324 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8642  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  24.48 
 
 
321 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0198  alpha/beta hydrolase fold  22.82 
 
 
311 aa  54.3  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.593906 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2496  alpha/beta hydrolase fold  25.54 
 
 
431 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.98231  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2389  alpha/beta hydrolase fold  25.98 
 
 
277 aa  54.7  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0360603  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3567  alpha/beta hydrolase fold  30.93 
 
 
328 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  hitchhiker  0.00645223 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0433  alpha/beta hydrolase fold protein  34.34 
 
 
282 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6136  alpha/beta hydrolase fold protein  23.31 
 
 
294 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.015637 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  31.96 
 
 
294 aa  53.9  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4319  Alpha/beta hydrolase fold  33.66 
 
 
277 aa  53.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5138  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  36.79 
 
 
371 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.184434  normal  0.586519 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0524  Alpha/beta hydrolase  31.62 
 
 
246 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610982  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 
370 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4453  alpha/beta hydrolase fold  22.59 
 
 
279 aa  53.5  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.522171 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13198  peroxidase  29.35 
 
 
286 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.285642 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2775  alpha/beta hydrolase fold protein  32.38 
 
 
621 aa  53.9  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2405  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  26.32 
 
 
369 aa  53.9  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0222007  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5411  alpha/beta hydrolase fold  30.93 
 
 
328 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.173049  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5045  alpha/beta hydrolase fold  30.93 
 
 
325 aa  53.9  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6879  normal  0.399471 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0413  alpha/beta hydrolase fold  25 
 
 
257 aa  53.5  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.732531  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1154  hydrolase, alpha/beta fold family  30.51 
 
 
259 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4115  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 
443 aa  53.5  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5114  alpha/beta hydrolase fold  30.77 
 
 
246 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3254  alpha/beta hydrolase fold  30.77 
 
 
246 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3642  alpha/beta fold family hydrolase  23.79 
 
 
262 aa  53.1  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.35 
 
 
370 aa  53.1  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>