150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2101 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2101  superoxide dismutase copper/zinc binding  100 
 
 
174 aa  349  8.999999999999999e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.651227  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1082  copper/zinc superoxide dismutase  69.32 
 
 
177 aa  249  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.302029 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1419  copper/zinc superoxide dismutase  69.32 
 
 
177 aa  249  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0294455 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1154  copper/zinc superoxide dismutase  69.32 
 
 
177 aa  249  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0978  copper/zinc superoxide dismutase  65.61 
 
 
189 aa  249  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3315  copper/zinc superoxide dismutase  63.59 
 
 
195 aa  247  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.151154  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3445  superoxide dismutase  61.69 
 
 
201 aa  244  4.9999999999999997e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1154  copper/Zinc superoxide dismutase  64.74 
 
 
172 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.744174 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1338  superoxide dismutase, Cu-Zn  64.74 
 
 
172 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2210  superoxide dismutase  60.34 
 
 
173 aa  207  7e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0109092  hitchhiker  0.000454174 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1200  putative superoxide dismutase  57.71 
 
 
219 aa  206  9e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3163  superoxide dismutase (Cu-Zn)  58.38 
 
 
174 aa  205  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.315078  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2485  superoxide dismutase  58.14 
 
 
171 aa  204  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1347  superoxide dismutase, copper/zinc binding  54.86 
 
 
183 aa  197  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1903  superoxide dismutase  59.77 
 
 
173 aa  195  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.292339  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1537  superoxide dismutase  59.77 
 
 
173 aa  195  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.19125  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1550  superoxide dismutase  59.77 
 
 
173 aa  195  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3827  superoxide dismutase  59.15 
 
 
173 aa  194  7e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1610  superoxide dismutase  59.2 
 
 
173 aa  192  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.815221 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0703  superoxide dismutase, Cu-Zn  57.47 
 
 
173 aa  192  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1734  superoxide dismutase  59.2 
 
 
173 aa  193  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0827551  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0659  superoxide dismutase, Cu-Zn  57.47 
 
 
173 aa  192  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0659  superoxide dismutase, Cu-Zn  58.14 
 
 
174 aa  192  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1552  superoxide dismutase  57.47 
 
 
173 aa  192  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0496165  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01616  superoxide dismutase, Cu, Zn  56.9 
 
 
173 aa  191  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00181178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1994  Superoxide dismutase  56.9 
 
 
173 aa  191  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374216  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2358  superoxide dismutase  56.9 
 
 
173 aa  191  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000359959  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1723  superoxide dismutase  56.9 
 
 
173 aa  191  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.335611  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1857  superoxide dismutase  56.9 
 
 
173 aa  191  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.195407  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1983  superoxide dismutase  56.9 
 
 
178 aa  191  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0141955  hitchhiker  0.00119703 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01606  hypothetical protein  56.9 
 
 
173 aa  191  4e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00112048  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1838  superoxide dismutase  56.32 
 
 
173 aa  190  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.159694  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06578  hypothetical protein  55.75 
 
 
170 aa  187  7e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2125  superoxide dismutase, copper/zinc binding  53.49 
 
 
170 aa  184  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0013475  normal  0.0132534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30470  CU-Zn Superoxide dismutase  52.27 
 
 
180 aa  183  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0397  superoxide dismutase, copper/zinc binding  59.24 
 
 
176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2024  superoxide dismutase, copper/zinc binding  53.49 
 
 
170 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000023752  hitchhiker  0.00000198076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1951  superoxide dismutase, copper/zinc binding protein  53.49 
 
 
170 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0285693  hitchhiker  0.00191784 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1186  superoxide dismutase, Cu-Zn  52.6 
 
 
171 aa  179  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1801  superoxide dismutase  56.65 
 
 
172 aa  178  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0159903  normal  0.0303591 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0122  superoxide dismutase (Cu/Zn)  57.82 
 
 
179 aa  177  7e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.291157  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2022  superoxide dismutase (Cu-Zn)  50.86 
 
 
170 aa  174  6e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001207  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  51.72 
 
 
171 aa  170  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0788  copper/zinc superoxide dismutase  53.29 
 
 
178 aa  166  2e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0161  copper/zinc superoxide dismutase  57.55 
 
 
178 aa  165  2.9999999999999998e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000919214  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2653  superoxide dismutase, copper/zinc binding  56 
 
 
182 aa  164  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.792961  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0511  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  47.67 
 
 
170 aa  162  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59112  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3638  superoxide dismutase, copper/zinc binding  52.2 
 
 
173 aa  162  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03307  superoxide dismutase, Cu-Zn  52.52 
 
 
181 aa  152  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00782096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2297  superoxide dismutase, copper/zinc binding  51.43 
 
 
180 aa  150  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.011982  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1330  copper/zinc superoxide dismutase  48.65 
 
 
186 aa  146  1.0000000000000001e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.236149  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0538  superoxide dismutase copper/zinc binding  43.89 
 
 
178 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0765812  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0982  putative superoxide dismutase  48.68 
 
 
175 aa  140  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000174344  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1507  superoxide dismutase precursor (Cu-Zn)  44.25 
 
 
178 aa  137  6e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.814898  normal  0.841266 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2297  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  45.56 
 
 
162 aa  136  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2270  superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor  46.02 
 
 
162 aa  133  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2599  superoxide dismutase, copper/zinc binding  38.85 
 
 
239 aa  95.5  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00595972  normal  0.45771 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4523  superoxide dismutase  34.76 
 
 
510 aa  81.3  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0224  superoxide dismutase copper/zinc binding  32.6 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.504945  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2796  copper/Zinc superoxide dismutase  31.11 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.914684 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3067  Superoxide dismutase  33.33 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00079657 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3011  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  35.39 
 
 
174 aa  77.8  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3343  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  36.75 
 
 
210 aa  77.8  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0409606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2872  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.78 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0217452 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2865  superoxide dismutase copper/zinc binding  31.82 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3135  superoxide dismutase, copper/zinc binding  34.3 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.310957  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3597  superoxide dismutase, copper/zinc binding  33.74 
 
 
169 aa  72  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592346  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1900  superoxide dismutase, copper/zinc binding  35.81 
 
 
185 aa  71.6  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.370601  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4681  Superoxide dismutase  35.33 
 
 
208 aa  71.2  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4761  superoxide dismutase, copper/zinc binding  34.64 
 
 
179 aa  71.2  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.271734  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1880  superoxide dismutase copper/zinc binding  30.72 
 
 
175 aa  70.5  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0488  superoxide dismutase, copper/zinc binding  32.53 
 
 
172 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3449  superoxide dismutase, copper/zinc binding  32.28 
 
 
180 aa  70.5  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.00000937306 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4059  superoxide dismutase copper/zinc binding  32.35 
 
 
214 aa  70.1  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.453641  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2057  superoxide dismutase, copper/zinc binding  32.67 
 
 
175 aa  69.7  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0494601  normal  0.319354 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1634  superoxide dismutase, copper/zinc binding  34.93 
 
 
165 aa  69.3  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2943  copper/Zinc superoxide dismutase  36.88 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.171551  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2581  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.16 
 
 
183 aa  68.6  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152888  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0454  superoxide dismutase, copper/zinc binding  34.9 
 
 
190 aa  67.4  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101401  normal  0.041937 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1796  putative copper/Zinc superoxide dismutase  34 
 
 
185 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.749298  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3554  superoxide dismutase  32.18 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642978  normal  0.247145 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0442  superoxide dismutase, copper/zinc binding  34 
 
 
185 aa  67  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.039325  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1610  Superoxide dismutase  32.21 
 
 
184 aa  66.6  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0906  superoxide dismutase, Cu/Zn  33.87 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.381444  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1782  copper/Zinc superoxide dismutase  33.55 
 
 
156 aa  66.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2380  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  32.72 
 
 
220 aa  65.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2177  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.16 
 
 
183 aa  65.5  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.0481765 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4338  copper/Zinc superoxide dismutase  33.09 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1626  superoxide dismutase, copper/zinc binding  30.77 
 
 
177 aa  65.5  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2767  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  31.25 
 
 
204 aa  65.1  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1980  superoxide dismutase, copper/zinc binding  34.01 
 
 
183 aa  64.3  0.0000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0783595 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3728  superoxide dismutase copper/zinc binding protein  32.34 
 
 
244 aa  63.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3942  superoxide dismutase copper/zinc binding  33.54 
 
 
212 aa  63.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379903  normal  0.128954 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0122  superoxide dismutase copper/zinc binding  29.22 
 
 
179 aa  63.2  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1561  superoxide dismutase copper/zinc binding  27.07 
 
 
172 aa  63.2  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.731272 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0124  superoxide dismutase copper/zinc binding  31.41 
 
 
189 aa  62  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0952022 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4070  superoxide dismutase copper/zinc binding  34.87 
 
 
171 aa  61.2  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.273253  normal  0.944661 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7975  Cu/Zn superoxide dismutase-like protein  31.39 
 
 
226 aa  60.5  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102706  normal  0.114926 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3220  superoxide dismutase, copper/zinc binding  31.14 
 
 
173 aa  60.1  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1699  superoxide dismutase copper/zinc binding  32.21 
 
 
176 aa  58.9  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000210654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>