87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2062 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2062  hypothetical protein  100 
 
 
95 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000656524  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2357  Protein of unknown function DUF2132  83.16 
 
 
95 aa  170  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.414721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2029  hypothetical protein  74.74 
 
 
95 aa  142  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1318  hypothetical protein  58.23 
 
 
85 aa  106  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00249922  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3149  hypothetical protein  64.79 
 
 
92 aa  101  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.895069  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1431  hypothetical protein  57.69 
 
 
81 aa  100  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2925  hypothetical protein  57.69 
 
 
81 aa  100  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.340911  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2838  hypothetical protein  57.69 
 
 
81 aa  100  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50000  hypothetical protein  66.18 
 
 
73 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0489266 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1251  hypothetical protein  58.57 
 
 
72 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814081  normal  0.429328 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0890  hypothetical protein  58.9 
 
 
73 aa  94.4  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.438569 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3518  hypothetical protein  62.5 
 
 
75 aa  92.8  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1391  hypothetical protein  55.7 
 
 
97 aa  92.8  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1422  hypothetical protein  51.81 
 
 
103 aa  92  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0132  hypothetical protein  58.82 
 
 
70 aa  92  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00577165  normal  0.204918 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4258  hypothetical protein  61.76 
 
 
73 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1959  hypothetical protein  55.71 
 
 
75 aa  92  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.828133 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3456  hypothetical protein  58.33 
 
 
99 aa  91.3  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.734318  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1066  hypothetical protein  57.97 
 
 
74 aa  91.3  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6012  hypothetical protein  54.17 
 
 
78 aa  90.9  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2436  hypothetical protein  60.32 
 
 
130 aa  90.9  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00639773  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3651  hypothetical protein  64.62 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0378  hypothetical protein  54.67 
 
 
81 aa  89  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1255  hypothetical protein  50 
 
 
78 aa  89.4  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000449725  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1277  hypothetical protein  57.75 
 
 
105 aa  89  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.302152  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0545  hypothetical protein  60.61 
 
 
73 aa  88.2  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.941544  normal  0.960974 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1412  hypothetical protein  60.94 
 
 
71 aa  88.2  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3929  hypothetical protein  62.3 
 
 
102 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1693  hypothetical protein  57.14 
 
 
127 aa  86.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.010158  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1656  hypothetical protein  57.14 
 
 
127 aa  86.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0143793  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2687  hypothetical protein  57.14 
 
 
127 aa  86.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.377481  hitchhiker  0.00029816 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0628  hypothetical protein  59.02 
 
 
77 aa  86.7  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00226969  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1671  hypothetical protein  57.14 
 
 
127 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.191799  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1416  hypothetical protein  58.46 
 
 
100 aa  86.3  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1546  hypothetical protein  57.14 
 
 
122 aa  85.5  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.819607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3339  hypothetical protein  57.58 
 
 
109 aa  85.9  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.383081  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2596  hypothetical protein  56.92 
 
 
122 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.362148  hitchhiker  0.00128631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2434  hypothetical protein  56.92 
 
 
120 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0330316  hitchhiker  0.00140537 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4575  hypothetical protein  60.66 
 
 
76 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4195  hypothetical protein  60.66 
 
 
122 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001137  hypothetical protein  54.93 
 
 
72 aa  85.9  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2504  hypothetical protein  57.14 
 
 
120 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.72548  normal  0.0140198 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1541  hypothetical protein  58.73 
 
 
81 aa  85.1  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.455929  normal  0.0671843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1862  Protein of unknown function DUF2132  56.06 
 
 
72 aa  85.1  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.111787  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3441  hypothetical protein  57.14 
 
 
74 aa  84.7  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.757416  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1649  hypothetical protein  54.55 
 
 
77 aa  84.3  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.994214  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2444  hypothetical protein  52.94 
 
 
126 aa  84.3  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.035682  unclonable  0.0000018391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1359  hypothetical protein  53.25 
 
 
111 aa  84.3  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0153183 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06650  hypothetical protein  50.7 
 
 
72 aa  84.3  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0938  hypothetical protein  58.46 
 
 
90 aa  84  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.234325  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1619  hypothetical protein  56.45 
 
 
77 aa  84  7e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00951066  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0089  hypothetical protein  51.47 
 
 
77 aa  83.6  7e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03420  hypothetical protein  54.55 
 
 
72 aa  83.6  8e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1023  hypothetical protein  58.46 
 
 
90 aa  83.6  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.440545  normal  0.513308 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0341  Protein of unknown function DUF2132  51.61 
 
 
77 aa  83.2  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.051948  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4356  hypothetical protein  57.38 
 
 
83 aa  83.2  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0593  hypothetical protein  54.55 
 
 
73 aa  82.4  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0923126  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00756  hypothetical protein  56.25 
 
 
73 aa  82  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226979  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2827  hypothetical protein  53.97 
 
 
123 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2243  hypothetical protein  55.74 
 
 
114 aa  82  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000173706  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2614  hypothetical protein  57.38 
 
 
105 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.438003  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1610  hypothetical protein  53.97 
 
 
118 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0572628 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1084  hypothetical protein  54.41 
 
 
73 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497485  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3042  hypothetical protein  55.74 
 
 
119 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.132627  normal  0.0189567 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1449  hypothetical protein  55.56 
 
 
134 aa  79  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000155456  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1279  hypothetical protein  54.69 
 
 
211 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136358 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4358  hypothetical protein  50.82 
 
 
73 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.427662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1447  hypothetical protein  50.82 
 
 
82 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.302055  normal  0.30283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4274  hypothetical protein  50.82 
 
 
73 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2951  hypothetical protein  54.1 
 
 
207 aa  74.3  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3622  hypothetical protein  45.35 
 
 
170 aa  74.3  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0651157 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4218  hypothetical protein  45.33 
 
 
137 aa  73.6  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1743  hypothetical protein  38.37 
 
 
164 aa  72.8  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.320818  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3084  hypothetical protein  47.54 
 
 
138 aa  69.3  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0204694 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06613  hypothetical protein  37.21 
 
 
148 aa  67  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2116  hypothetical protein  39.73 
 
 
166 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0234268  normal  0.096624 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001497  hypothetical protein  36.14 
 
 
137 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.313302  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0618  hypothetical protein  36.14 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.58372  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2123  hypothetical protein  36.99 
 
 
194 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2352  hypothetical protein  36.99 
 
 
197 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2109  hypothetical protein  36.99 
 
 
193 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.104359  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2236  hypothetical protein  36.99 
 
 
197 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.664941  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1749  hypothetical protein  38.36 
 
 
194 aa  62.8  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.286111  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2280  hypothetical protein  38.36 
 
 
165 aa  62.8  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.768136  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2372  hypothetical protein  38.36 
 
 
160 aa  62  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.275743  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0770  hypothetical protein  35.62 
 
 
171 aa  59.3  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1877  hypothetical protein  36.76 
 
 
145 aa  40.8  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.033963 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>