233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2023 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01599  electron transport complex protein RnfC  68.19 
 
 		 740 aa  797    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105357  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1705  electron transport complex protein RnfC  68.36 
 
 		 740 aa  798    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0365167  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2012  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  68.36 
 
 		 740 aa  798    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000275301  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2023  electron transport complex protein RnfC  100 
 
 		 747 aa  1514    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1918  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  69.88 
 
 		 673 aa  883    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1837  electron transport complex protein RnfC  68.19 
 
 		 740 aa  796    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0944307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2252  electron transport complex protein RnfC  69.49 
 
 		 659 aa  793    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00637467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1818  electron transport complex protein RnfC  62.2 
 
 		 708 aa  783    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.243946  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1896  electron transport complex protein RnfC  70.02 
 
 		 698 aa  793    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.813056  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01589  hypothetical protein  68.19 
 
 		 694 aa  797    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00945839  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1627  electron transport complex protein RnfC  62.11 
 
 		 735 aa  797    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0777449  normal  0.304577 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1061  electron transport complex protein RnfC  52.46 
 
 		 659 aa  637    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2008  electron transport complex protein RnfC  69.84 
 
 		 698 aa  790    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2341  electron transport complex protein RnfC  62.69 
 
 		 772 aa  815    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2323  electron transport complex protein RnfC  88.49 
 
 		 737 aa  1146    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1555  electron transport complex protein RnfC  61.58 
 
 		 732 aa  819    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.555385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2239  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  72.52 
 
 		 703 aa  822    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000974734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1717  electron transport complex protein RnfC  70.43 
 
 		 735 aa  796    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1567  electron transport complex protein RnfC  61.47 
 
 		 735 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0379557 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2156  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  67.57 
 
 		 673 aa  855    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.261031  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1819  electron transport complex protein RnfC  61.37 
 
 		 673 aa  776    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000614228 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1570  electron transport complex protein RnfC  63.42 
 
 		 676 aa  794    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.133646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1885  electron transport complex protein RnfC  61.89 
 
 		 704 aa  818    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2000  electron transport complex protein RnfC  68.36 
 
 		 740 aa  798    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000227688  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002947  electron transport complex protein RnfC  53.02 
 
 		 916 aa  608  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.703595  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1870  electron transport complex protein RnfC  48.48 
 
 		 716 aa  603  1.0000000000000001e-171  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00517809  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02966  electron transport complex protein RnfC  48.3 
 
 		 912 aa  589  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0536  electron transport complex protein RnfC  50 
 
 		 773 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000392819  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2967  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  52.07 
 
 		 890 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.390488  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19250  electron transport complex protein RnfC  55.14 
 
 		 688 aa  537  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0936  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  49.14 
 
 		 609 aa  527  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.787123  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1402  electron transport complex protein RnfC  55.84 
 
 		 944 aa  527  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860812 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2401  electron transport complex protein RnfC  50.73 
 
 		 745 aa  509  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2174  electron transport complex protein RnfC  51.6 
 
 		 846 aa  498  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.234957  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1543  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  53.93 
 
 		 981 aa  499  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0195747 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1865  electron transport complex protein RnfC  48.95 
 
 		 731 aa  491  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02731  electron transport complex protein RnfC  49.78 
 
 		 852 aa  492  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618008  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2042  electron transport complex protein RnfC  47.5 
 
 		 842 aa  486  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875859  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2510  electron transport complex protein RnfC  49.71 
 
 		 790 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2068  electron transport complex protein RnfC  49.81 
 
 		 870 aa  486  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.583585  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2197  electron transport complex protein RnfC  51.91 
 
 		 788 aa  483  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1909  electron transport complex protein RnfC  50.42 
 
 		 799 aa  479  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.567258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2355  electron transport complex protein RnfC  49.42 
 
 		 825 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2066  electron transport complex protein RnfC  49.6 
 
 		 809 aa  475  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00275367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2558  electron transport complex protein RnfC  47.78 
 
 		 784 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0669031 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2063  electron transport complex protein RnfC  48.02 
 
 		 885 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00525621  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2170  electron transport complex protein RnfC  49.79 
 
 		 788 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0332538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1832  electron transport complex protein RnfC  47.26 
 
 		 880 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0828396 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4547  electron transport complex protein RnfC  48.02 
 
 		 884 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2261  electron transport complex protein RnfC  48.02 
 
 		 884 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0443736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2110  electron transport complex protein RnfC  47.82 
 
 		 888 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.524779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2275  electron transport complex protein RnfC  48.02 
 
 		 876 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169634  normal  0.804532 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1848  electron transport complex protein RnfC  48.32 
 
 		 793 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00264282  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0736  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  47.41 
 
 		 857 aa  465  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.200511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1173  electron transport complex protein RnfC  47.83 
 
 		 515 aa  457  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1638  electron transport complex protein RnfC  51.3 
 
 		 776 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1785  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  48.72 
 
 		 567 aa  444  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2628  electron transport complex protein RnfC  46.58 
 
 		 532 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2895  electron transport complex protein RnfC  44.51 
 
 		 523 aa  434  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.473495  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18920  electron transport complex protein RnfC  50.88 
 
 		 774 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000329645  normal  0.0619935 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3234  electron transport complex protein RnfC  46.3 
 
 		 573 aa  414  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1161  electron transport complex protein RnfC  46.95 
 
 		 570 aa  412  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2017  electron transport complex protein RnfC  46.72 
 
 		 558 aa  397  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1034  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  46.55 
 
 		 704 aa  396  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321702  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0814  electron transport complex protein RnfC  44.38 
 
 		 515 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.338019 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1792  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.9 
 
 		 541 aa  381  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273011 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0688  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  43.3 
 
 		 605 aa  381  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0508448  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2991  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  44.62 
 
 		 481 aa  358  2.9999999999999997e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2822  electron transport complex, C subunit  44.76 
 
 		 495 aa  350  4e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1494  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.47 
 
 		 503 aa  340  5e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.454099 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3194  4Fe-4S ferredoxin, RnfC  42.15 
 
 		 517 aa  339  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3933  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.15 
 
 		 517 aa  338  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00505107  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50960  Electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.04 
 
 		 496 aa  336  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.228247  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3194  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.53 
 
 		 519 aa  333  6e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0106168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0387  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.95 
 
 		 435 aa  320  3.9999999999999996e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1571  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.68 
 
 		 438 aa  312  1e-83  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1081  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.96 
 
 		 441 aa  311  2e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0983161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0285  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.66 
 
 		 506 aa  310  5e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.51844  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0610  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.4 
 
 		 440 aa  308  3e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0321334  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0680  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.17 
 
 		 435 aa  307  5.0000000000000004e-82  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0263  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfC  38.19 
 
 		 437 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0704  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.94 
 
 		 435 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0494  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.02 
 
 		 440 aa  302  1e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0552147  hitchhiker  0.00321553 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1310  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.9 
 
 		 441 aa  301  2e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.643075 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1091  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.27 
 
 		 437 aa  300  7e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.566886  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0988  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.98 
 
 		 441 aa  298  2e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14350  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.74 
 
 		 441 aa  298  2e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000459992  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1529  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.22 
 
 		 441 aa  295  3e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.427394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2593  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.34 
 
 		 440 aa  294  5e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0079  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.3 
 
 		 443 aa  293  1e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000481582  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0342  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.36 
 
 		 445 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0065  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.13 
 
 		 448 aa  284  4.0000000000000003e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.791332  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0539  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  35.65 
 
 		 438 aa  280  6e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1733  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  35.58 
 
 		 435 aa  278  2e-73  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0269079  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1663  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  35.25 
 
 		 436 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0306  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  34.69 
 
 		 454 aa  271  4e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.521272  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0304  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.21 
 
 		 443 aa  269  1e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.980459 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1327  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  35.47 
 
 		 439 aa  269  2e-70  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000291101  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1155  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.3 
 
 		 441 aa  265  2e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.47563 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2430  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.04 
 
 		 439 aa  264  3e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.216673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>