43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1999 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1999  hypothetical protein  100 
 
 
134 aa  280  6.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1595  ferredoxin  75.24 
 
 
134 aa  174  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.640546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1413  hypothetical protein  75.24 
 
 
134 aa  174  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.504066  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1866  ferredoxin  75.24 
 
 
134 aa  174  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.354364  normal  0.828444 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1923  ferredoxin  75.24 
 
 
134 aa  174  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135966 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1860  ferredoxin  75.24 
 
 
134 aa  174  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2181  protein of unknown function UPF0153  67.57 
 
 
120 aa  163  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.33654  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1940  protein of unknown function UPF0153  63.25 
 
 
120 aa  157  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3316  protein of unknown function UPF0153  68.57 
 
 
109 aa  157  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00247  predicted ferredoxin  68.57 
 
 
109 aa  157  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00250  hypothetical protein  68.57 
 
 
109 aa  157  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3331  hypothetical protein  68.57 
 
 
109 aa  157  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.331076  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0398  protein of unknown function UPF0153  55.75 
 
 
131 aa  124  5e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1253  hypothetical protein  51.46 
 
 
117 aa  120  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.579212  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0842  hypothetical protein  52.38 
 
 
127 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0802023  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0819  hypothetical protein  52.38 
 
 
127 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0818071  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4370  hypothetical protein  52.38 
 
 
127 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0856  hypothetical protein  52.38 
 
 
127 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22700  putative ferredoxin  51.46 
 
 
123 aa  111  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.025963 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1827  hypothetical protein  48.65 
 
 
123 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.889307 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2001  protein of unknown function UPF0153  50 
 
 
119 aa  105  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0169  protein of unknown function UPF0153  45.45 
 
 
141 aa  101  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1159  hypothetical protein  50 
 
 
108 aa  99.4  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.122155  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03952  ferredoxin  46.23 
 
 
127 aa  94.4  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1008  ferredoxin  46.6 
 
 
127 aa  93.6  7e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0878906  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0886  hypothetical protein  46.6 
 
 
127 aa  93.6  8e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2436  protein of unknown function UPF0153  46.67 
 
 
108 aa  90.9  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1450  protein of unknown function UPF0153  48.54 
 
 
102 aa  87.8  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2174  hypothetical protein  43.81 
 
 
141 aa  87  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.592421  normal  0.594741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15570  hypothetical protein  47.13 
 
 
105 aa  85.1  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2884  hypothetical protein  47.62 
 
 
117 aa  77.4  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000156715  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3004  hypothetical protein  36.19 
 
 
114 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2432  protein of unknown function UPF0153  36.19 
 
 
116 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1917  hypothetical protein  43.84 
 
 
91 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3008  hypothetical protein  38.61 
 
 
103 aa  60.8  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3596  hypothetical protein  38.53 
 
 
108 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.167839  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1919  protein of unknown function UPF0153  35.29 
 
 
110 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54208  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7105  hypothetical protein  34.86 
 
 
106 aa  55.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1698  hypothetical protein  35.14 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.319534 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0093  hypothetical protein  32.38 
 
 
106 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.531483  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2209  hypothetical protein  31.48 
 
 
108 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5429  protein of unknown function UPF0153  31.19 
 
 
106 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0259414  hitchhiker  0.00694306 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1247  hypothetical protein  29.41 
 
 
117 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>