More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1978 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1978  hypothetical protein  100 
 
 		 301 aa  622  1e-177  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2279  hypothetical protein  92.05 
 
 		 303 aa  570  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2202  hypothetical protein  74.17 
 
 		 304 aa  461  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1960  hypothetical protein  73.42 
 
 		 300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2711  hypothetical protein  67.22 
 
 		 301 aa  428  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.415635  hitchhiker  0.000234517 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01210  hypothetical protein  62.67 
 
 		 314 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.287845  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2415  Patatin  62.67 
 
 		 314 aa  402  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000138692  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1342  hypothetical protein  62.67 
 
 		 301 aa  401  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00416031  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2393  hypothetical protein  62.67 
 
 		 314 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000191972 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1399  hypothetical protein  63 
 
 		 301 aa  403  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1719  hypothetical protein  63 
 
 		 314 aa  403  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00963629  normal  0.824632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1907  hypothetical protein  63 
 
 		 314 aa  403  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.163252  normal  0.264575 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01220  hypothetical protein  62.67 
 
 		 314 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.237609  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1383  hypothetical protein  62.33 
 
 		 301 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.117761  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1391  hypothetical protein  62.88 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.4061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1887  hypothetical protein  62.88 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261271  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1944  hypothetical protein  62.88 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1574  hypothetical protein  62.88 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1881  hypothetical protein  62.88 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.256375  normal  0.486913 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2309  hypothetical protein  64.21 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1274  hypothetical protein  47.54 
 
 		 311 aa  276  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136358 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1418  patatin  46.89 
 
 		 333 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.84629  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2444  patatin  45.28 
 
 		 312 aa  268  8e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2697  Patatin  50 
 
 		 315 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00646422  hitchhiker  0.0000697088 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1683  patatin  50 
 
 		 315 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.234772  normal  0.666571 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1646  patatin  50 
 
 		 315 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1661  patatin  50 
 
 		 315 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2623  patatin  49.18 
 
 		 328 aa  267  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0385483  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2451  patatin  48.99 
 
 		 343 aa  263  3e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000295185 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3052  patatin  49.51 
 
 		 311 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.443611  normal  0.0107165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2513  patatin  48.77 
 
 		 315 aa  255  6e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191978 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2443  patatin  48.94 
 
 		 315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2836  hypothetical protein  49.3 
 
 		 315 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2605  patatin  48.94 
 
 		 315 aa  253  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1538  patatin  49.3 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.546797  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1595  patatin  48.59 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.613745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  43.77 
 
 		 323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0164  patatin  43.1 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1014  hypothetical protein  40.2 
 
 		 292 aa  233  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0981  hypothetical protein  39.67 
 
 		 292 aa  232  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2063  patatin  39.39 
 
 		 327 aa  230  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.340331  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0057  hypothetical protein  41.78 
 
 		 310 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0963  hypothetical protein  40.88 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12534  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1673  Patatin  40.91 
 
 		 316 aa  223  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.797589  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2082  patatin  40.58 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5123  Patatin  39.74 
 
 		 354 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02066  Alpha-beta superfamily hydrolase  34.73 
 
 		 341 aa  219  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3078  Patatin  40.34 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1650  patatin  39.32 
 
 		 347 aa  219  5e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0830  Patatin  40.27 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00263851  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0457  patatin  40.8 
 
 		 322 aa  218  7e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.98723  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0681  patatin-like phospholipase family protein  40.27 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2155  patatin  38.03 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0598189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3270  patatin  38.59 
 
 		 390 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00368888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1469  patatin  39.61 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.434308  normal  0.0917321 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5212  hypothetical protein  39.74 
 
 		 343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1324  patatin  38.33 
 
 		 348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3119  Patatin  40.32 
 
 		 324 aa  212  5.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0353  Patatin  39.06 
 
 		 321 aa  212  7e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.016762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3593  patatin  37.81 
 
 		 335 aa  211  9e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0017391  normal  0.0781992 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  40.34 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  40 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3892  Patatin  36.75 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3230  patatin  37.59 
 
 		 352 aa  202  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.000670188  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  37.79 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  37.83 
 
 		 323 aa  198  7.999999999999999e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3127  patatin  40 
 
 		 344 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  37.54 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1851  Patatin  38.1 
 
 		 320 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202121  normal  0.0299677 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  34.29 
 
 		 368 aa  192  7e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2928  putative patatin-like phospholipase  41.39 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793052  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2051  Patatin  37.41 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2884  Patatin  36.48 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1553  Patatin  40.2 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4637  patatin  38.3 
 
 		 327 aa  186  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0400128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1002  patatin  36.67 
 
 		 326 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2263  patatin  35.62 
 
 		 352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.622551  normal  0.202768 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2220  Patatin  35.09 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0960823 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0488  patatin  35.62 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000268881  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1793  patatin  38.53 
 
 		 343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.810977 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1593  Patatin  35.91 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1047  patatin  36 
 
 		 321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2188  putative phospholipase  33.89 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2538  Patatin  35 
 
 		 352 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.54485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1647  patatin  35.79 
 
 		 373 aa  176  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2826  patatin-like phospholipase family protein  31.27 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3633  hypothetical protein  31.4 
 
 		 345 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43300  hypothetical protein  31.1 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.882188  normal  0.835077 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2204  hypothetical protein  38.19 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.772676  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0190  Patatin  32.69 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2126  patatin  33.22 
 
 		 304 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.375829  hitchhiker  0.00774444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2456  patatin  32.05 
 
 		 336 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10170  FabD/lysophospholipase-like protein  31.71 
 
 		 329 aa  166  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.280701  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1570  patatin  30.33 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1747  patatin  29.41 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000400605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3464  patatin  29.41 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000102358 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2305  patatin  29.41 
 
 		 348 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00029553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1907  patatin  29.12 
 
 		 346 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331125  hitchhiker  0.00000758802 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2469  patatin  31.82 
 
 		 347 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.504238  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2340  alpha-beta hydrolase family esterase  35.44 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>