More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1970 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01735  protease IV (signal peptide peptidase)  66.83 
 
 
618 aa  869    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0080246  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1876  signal peptide peptidase SppA, 67K type  66.67 
 
 
618 aa  868    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00501003  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1880  protease 4  68.45 
 
 
618 aa  890    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000366121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1968  signal peptide peptidase SppA, 67K type  74.39 
 
 
617 aa  938    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.845166  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2091  protease 4  73.05 
 
 
616 aa  923    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2346  protease 4  72.73 
 
 
616 aa  917    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000106232  decreased coverage  0.00400443 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1425  protease 4  67.15 
 
 
622 aa  873    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107145  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1681  protease 4  67.96 
 
 
618 aa  892    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.239548  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1389  protease 4  68.12 
 
 
618 aa  890    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.146845  normal  0.468871 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1866  protease 4  66.99 
 
 
618 aa  872    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235233  decreased coverage  0.00000640053 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1970  protease 4  100 
 
 
616 aa  1260    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.281538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1850  protease 4  66.99 
 
 
618 aa  872    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0115674  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2051  protease 4  68.28 
 
 
618 aa  888    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.278981 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1990  protease 4  66.99 
 
 
618 aa  871    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0152485  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2722  protease 4  73.95 
 
 
618 aa  949    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35096  hitchhiker  0.004785 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1406  protease 4  68.45 
 
 
618 aa  890    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147485  normal  0.119343 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0442  protease 4  57.28 
 
 
618 aa  724    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.116179  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2021  protease 4  67.15 
 
 
618 aa  874    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124959  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1982  protease 4  72.73 
 
 
616 aa  915    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000207213  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01723  hypothetical protein  66.83 
 
 
618 aa  869    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0152845  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2210  signal peptide peptidase SppA, 67K type  76.62 
 
 
616 aa  1013    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1422  protease 4  68.12 
 
 
618 aa  888    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.671113 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2486  protease 4  67.15 
 
 
618 aa  855    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.944254  normal  0.176457 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2266  protease 4  97.08 
 
 
616 aa  1233    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2157  protease IV (endopeptidase IV)  45.23 
 
 
617 aa  554  1e-156  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1579  protease IV  46.7 
 
 
616 aa  549  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000832547  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03044  protease  45.57 
 
 
616 aa  541  9.999999999999999e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002913  protease IV  45.47 
 
 
616 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000149898  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2055  signal peptide peptidase SppA, 67K type  44.39 
 
 
615 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2411  signal peptide peptidase SppA, 67K type  44.55 
 
 
615 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000075558  hitchhiker  0.0002095 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2294  signal peptide peptidase SppA, 67K type  44.23 
 
 
615 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000944101  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2051  signal peptide peptidase SppA, 67K type  44.23 
 
 
615 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00884416  hitchhiker  0.0000000000873335 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1964  signal peptide peptidase SppA, 67K type  44.03 
 
 
614 aa  497  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000013501  hitchhiker  0.00412535 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2420  signal peptide peptidase SppA, 67K type  43.9 
 
 
614 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1909  signal peptide peptidase SppA, 67K type  44.07 
 
 
614 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000036932  hitchhiker  0.0000182105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2069  signal peptide peptidase SppA, 67K type  43.83 
 
 
614 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000747082  hitchhiker  0.00035323 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2078  signal peptide peptidase SppA, 67K type  42.63 
 
 
615 aa  488  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000218784  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1723  signal peptide peptidase SppA, 67K type  44.52 
 
 
617 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000437439  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2585  signal peptide peptidase SppA, 67K type  40.38 
 
 
637 aa  469  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0908  protease IV family protein  40.82 
 
 
621 aa  465  9.999999999999999e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.378235  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1941  signal peptide peptidase SppA, 67K type  41.41 
 
 
613 aa  464  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0528777  normal  0.0163156 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2311  acid phosphatase  41.72 
 
 
612 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000317657  hitchhiker  0.000195822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2253  signal peptide peptidase SppA, 67K type  41.38 
 
 
613 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00027249  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2299  signal peptide peptidase SppA, 67K type  40.03 
 
 
613 aa  449  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000354581  normal  0.336297 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2145  signal peptide peptidase SppA, 67K type  39.93 
 
 
614 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000233078  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01643  signal peptide peptidase SppA, 67K type  39.93 
 
 
621 aa  432  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.20854  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2367  signal peptide peptidase SppA, 67K type  38.52 
 
 
620 aa  434  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1901  signal peptide peptidase SppA, 67K type  40.85 
 
 
613 aa  428  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000029404  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1983  signal peptide peptidase SppA, 67K type  36.51 
 
 
617 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.265279  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1788  signal peptide peptidase SppA, 67K type  37.74 
 
 
611 aa  396  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.969097  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04043  signal peptide peptidase SppA, 67K type  38.56 
 
 
629 aa  377  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3597  signal peptide peptidase SppA, 67K type  40.98 
 
 
640 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0897  translation elongation factor G  35.56 
 
 
610 aa  360  4e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000153698 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4062  signal peptide peptidase SppA, 67K type  37.6 
 
 
613 aa  356  5.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244218  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2235  protease IV  39.56 
 
 
633 aa  355  1e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2145  signal peptide peptidase SppA, 67K type  39.27 
 
 
633 aa  351  3e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0522  signal peptide peptidase SppA, 67K type  37.68 
 
 
626 aa  348  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200693  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2221  signal peptide peptidase SppA, 67K type  38.48 
 
 
661 aa  334  3e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.431319 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3060  signal peptide peptidase SppA, 67K type  34.9 
 
 
625 aa  316  7e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1590  signal peptide peptidase A  34.37 
 
 
608 aa  315  9.999999999999999e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2462  peptidase S49, protease IV  35.37 
 
 
609 aa  311  2e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.67824  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4597  signal peptide peptidase SppA  34.03 
 
 
611 aa  304  4.0000000000000003e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.129173  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0639  signal peptide peptidase SppA, 67K type  38.36 
 
 
595 aa  294  3e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.352059 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1095  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.16 
 
 
598 aa  283  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1124  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.16 
 
 
598 aa  283  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.712372 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2080  signal peptide peptidase SppA, 67K type  35.22 
 
 
605 aa  280  6e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1737  signal peptide peptidase SppA, 67K type  35.22 
 
 
605 aa  280  6e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000998332  decreased coverage  0.00000852075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3074  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.68 
 
 
590 aa  276  6e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250927 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3962  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.05 
 
 
605 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2467  protease IV; signal peptide peptidase  35.54 
 
 
583 aa  272  1e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.023523 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0656  hypothetical protein  34.84 
 
 
513 aa  267  2.9999999999999995e-70  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1223  signal peptide peptidase SppA, 67K type  35.48 
 
 
590 aa  267  4e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  unclonable  0.000000375913  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5841  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.45 
 
 
587 aa  266  7e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0306  signal peptide peptidase SppA  31.66 
 
 
609 aa  262  1e-68  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000532675  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1718  signal peptide peptidase SppA, 67K type  35.77 
 
 
585 aa  261  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2408  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.45 
 
 
589 aa  259  9e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.150308  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2800  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.69 
 
 
588 aa  254  4.0000000000000004e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2128  signal peptide peptidase SppA, 67K type  30.43 
 
 
604 aa  224  3e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1320  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.01 
 
 
595 aa  224  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0579  signal peptide peptidase A  31.74 
 
 
569 aa  223  7e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.766562  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0402  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.95 
 
 
562 aa  216  9e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8173  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.07 
 
 
566 aa  213  7e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1042  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.54 
 
 
593 aa  212  2e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.824188  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1058  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.54 
 
 
593 aa  212  2e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.329562 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10738  protease IV sppA  32.56 
 
 
623 aa  207  3e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0110097  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1070  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.97 
 
 
593 aa  208  3e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.818145 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2771  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.31 
 
 
584 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2863  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.41 
 
 
563 aa  194  4e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.241333  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3608  signal peptide peptidase SppA, 67K type  29.65 
 
 
570 aa  189  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.113162  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1343  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.7 
 
 
594 aa  189  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.19865  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1434  peptidase S49  27.23 
 
 
552 aa  188  2e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1402  signal peptide peptidase SppA, 36K type  27.67 
 
 
649 aa  185  3e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0628867  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5026  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.15 
 
 
595 aa  184  3e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.025113  normal  0.110244 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1744  Acid phosphatase  27.46 
 
 
566 aa  184  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0430811 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0963  signal peptide peptidase SppA, 36K type  28.14 
 
 
547 aa  181  4e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1267  signal peptide peptidase SppA, 36K type  29.27 
 
 
834 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1186  signal peptide peptidase SppA, 36K type  30.09 
 
 
831 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.504842 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0867  signal peptide peptidase SppA, 36K type  26.92 
 
 
595 aa  176  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1138  signal peptide peptidase A  29.76 
 
 
834 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0560  signal peptide peptidase SppA, 67K type  30.82 
 
 
596 aa  174  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.789825 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>